• Identification des relations entre la variabilité génétique et le phénotype : cartographie QTL

  17 mai 2017

  -

  par

  Bunny

  dans Découverte

  

  Les indi­vi­dus d’une même espèce, à moins qu’ils ne soient des clones iden­tiques, sont tous légè­re­ment dif­fé­rents les uns des autres. Cette dif­fé­rence s’exprime à tous les niveaux, de l’apparence (phé­no­type macro­sco­pique), au génome (dif­fé­rents allèles pour le même gène), en pas­sant par les phé­no­types micro­sco­piques (aus­si appe­lés molé­cu­laires — on pen­se­ra ici aux trans­crip­tomes, […]

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• Représenter rapidement une ACP avec R et ggplot2

  10 mai 2017

  -

  par

  Isabelle S. (ZaZo0o)

  dans Astuce, Didacticiel, Suivez l'guide

  

  Je ne sais pas pour vous, mais moi, à chaque fois que j'assiste à une réunion de labo, il y a qua­si sys­té­ma­ti­que­ment un gra­phique d'ACP pour mon­trer les don­nées. Et à chaque fois, il s'agit d'un gra­phique de base, géné­ré avec R, avec la fonc­tion plot(), des cou­leurs qui piquent les yeux et des […]

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• Questions à… Marie Beurton Aimar

  4 mai 2017

  -

  par

  Yoann M.

  dans Entretien

  

  Retrou­vez ici la retrans­crip­tion de la pre­mière Table Ouverte en  BIon­for­ma­tique (TOBi) orga­ni­sée à Lyon le 16 mars 2017 Clé­ment DELESTRE (CD) : Mer­ci d'être pré­sente pour ce pre­mier TOBi à Lyon, est-ce que tu peux nous pré­sen­ter ta for­ma­tion, ton par­cours, etc ? Marie Beur­ton-Aimar (MBA) : On va rire là… Alors moi je suis […]

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• "IRC ? Mais c'est quoi en fait ?"

  27 avril 2017

  -

  par

  Gwenaelle

  dans Didacticiel

  

  EDIT Nous avons migré du réseau free­node au réseau libe­ra. Plus d'informations dans cet article : Migra­tion de notre IRC de Free­node vers Libe­ra. Les infor­ma­tions concer­nant IRC en géné­ral res­tent tou­te­fois à jour dans l'article ci-des­sous. Cette ques­tion, je l'entends main­te­nant depuis pas mal de temps quand je parle du blog à mon entou­rage (étu­diants […]

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• Eh toi ! rev_​comp, tu l'écris comment ?

  12 avril 2017

  -

  par

  Pierre Marijon

  dans Découverte, Didacticiel, Suivez l'guide

  

  Écrire un algo­rithme de rev_​comp ou com­plé­ment inverse, on l'a tous déjà fait. Aujourd'hui c'est deve­nu un clas­sique des cours d'algorithmique en étude de bio­in­for­ma­tique, c'est un algo­rithme simple mais qui demande de savoir uti­li­ser les struc­tures de contrôle de base. À la fois un bon exer­cice pra­tique et péda­go­gique, doit-il cepen­dant res­ter implé­men­té comme […]

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• Retour d'expérience : bonnes pratiques à appliquer en cas de déréférencement Google (et autres)

  6 avril 2017

  -

  par

  Yoann M.

  dans Découverte

  

  Aver­tis­se­ment : cet article déroge excep­tion­nel­le­ment à la ligne édi­to­riale que nous nous sommes impo­sées depuis le début de l'aventure. Nous n'allons pas par­ler de bio­in­for­ma­tique de près ou de loin dans cet article. Quoique les plus enthou­siastes d'entre vous pour­raient dire que cela peut arri­ver à une appli­ca­tion web bioin­fo 🙂 Mise en bouche Nous […]

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• Vous ne savez pas comment analyser vos données Hi‑C ? Exemple d'utilisation de HiC-pro

  30 mars 2017

  -

  par

  Léopold Carron

  dans Didacticiel

  

  Par­tir de quel­conques don­nées de séquen­çage haut débit brutes pour arri­ver à une ana­lyse com­plète demande au mieux, une cer­taine pra­tique de ces tech­no­lo­gies. Dans bien des cas, on va alors mettre en place un pipe­line repo­sant sur tout un tas d'outils. Il fau­dra pro­ba­ble­ment des heures pour com­prendre les para­mètres de cha­cun d’entre eux […]

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• Packrat ou comment gérer ses packages R par projet

  22 mars 2017

  -

  par

  Gwenaelle

  dans Didacticiel

  

  Je vais m'arrêter là, je pense que vous avez com­pris que la ges­tion de packages sous R est une source d'erreurs faciles. Mais pas d'inquiétude : Packrat fait tout ça , Packrat est simple, Packrat vous veut du bien ! Packrat ? Kézako ? Packrat c'est un petit package R. "Encore un ?!" vous allez me dire, oui mais il […]

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