Bioinfo-fr.net

LaTeX : automatisez le traitement des CSV

7 décembre 2017

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par

Maria Pommeret

dans Didacticiel

Vous avez peut-être vu l'excellent article de Chopopope sur l'utilisation des flottants en LaTeX, et en particulier la partie sur la création de tableaux. Non ? Pour les retardataires, c'est par ici… Vous vous êtes surement rendu compte que créer des tableaux peut être long et fastidieux. De plus, en bons bioinformaticiens, vos données tabulées sont écrites dans des fichiers Exc… CSV. Et vous trouvez un peu bête (pour ne pas dire plus) de devoir recopier votre fichier CSV dans LaTeX tout en formatant le tableau. Mais vous le faites quand même, car il faut bien insérer les données dans le…
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Customiser matplotlib (faire son matplotlibrc)

30 novembre 2017

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par

Maria Pommeret

dans Astuce

Suite à une mésaventure liée à matplotlib sur le chan IRC #bioinfo-fr (mésaventure suite aux fameuses erreurs de display ; si vous voulez tout savoir : si on configure mal son matplotlib on peut générer des erreurs qui font qu'on obtient des images vides… voir la partie sur le backend plus tard :o), j'ai parlé de la joie qu'est d'avoir un matplotlibrc et à quel point ça simplifie la vie. Et comme ça pourrait servir à d'autres, voici un petit article pour parler de fichiers de configuration de matplotlib ! Qu'est-ce qu'un matplotlibrc ? Il s'agit tout simplement d'un fichier de configuration pour matplotlib…
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Les bases de données de séquençage : GEO, SRA, ENA, ArrayExpress

22 novembre 2017

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par

Guillaume Devailly

dans Découverte

De nos jours, lors de la publication de résultats, il est nécessaire de rendre public les éventuelles données de séquençage générées. Si un faible nombre d’irréductibles continuent à ne fournir les données que sur demande, les bonnes pratiques poussent à les déposer dans des bases de données librement accessibles. Quatre grandes bases de données de séquençage existent : les états-uniennes GEO et SRA du NCBI, et les européennes ArrayExpress et ENA de l'EMBL-EBI. Avant une petite visite rapide, précisons que ces bases de données sont gratuites tant pour le dépôt qu'en accès aux données disponibles, et qu'elles rendent donc un service très…
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Maîtrisez le cache de Rmarkdown !

15 novembre 2017

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par

Aurélien C.

dans Astuce, Didacticiel

Pour des raisons de reproduction de la science, il est important de conserver une trace de tout ce que l'on fait sur son ordinateur. Pour cela, faire des rapports est la meilleure manière que je connaisse qui permette d'inclure le code et les résultats d'une analyse. Pour faire ça bien avec R, on a déjà vu dans un article précédant que les rapports Rmarkdown étaient une très bonne solution. Le but de cet article va être de vous permettre de gagner du temps avec le cache de Rmarkdown et quelques autres petites astuces. Pour cela, vous aurez besoin de 2 choses : avoir…
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LaTeX : les maths !

2 novembre 2017

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par

Maria Pommeret

dans Didacticiel

Après avoir appris à compiler, à insérer des flottants et à mettre en forme les paragraphes, on va s'attaquer à un truc plutôt coolish qui fait la force de LaTeX : la mise en forme de maths ! Comme c'est long et vaste, on va faire ça en plusieurs fois 😉 ! Tables des matières : 1. Ce qu'il faut ajouter au préambule 2. Types de formules (de base) 3. Fonctions 3.1. Aperçu des fonctions prédéfinies 3.2. Déclarer sa propre fonction 4. Exposants, indices 5. Fractions, racines 5.1. Fractions 5.2. Racines 6. Texte, police et espacement 7. Les accents et chapeaux 8. Insérer des…
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Jouer avec l'API de KEGG

18 octobre 2017

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par

Nolwenn

dans Didacticiel

Il n'est pas rare que nous ayons un jour besoin de récupérer des informations de la base de données KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Cette base de données fournit un nombre conséquent d'informations sur les génomes et les réseaux de gènes mais également sur les voies métaboliques ou les maladies. Dans ces cas là, bien souvent, nous passons directement par le site internet à l'adresse http://www.kegg.jp/, puis nous effectuons une recherche via le moteur prévu à cet effet, et enfin nous pouvons télécharger les informations souhaitées. Mais cette façon de procéder n'est pas des plus pratiques si l'on…
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Petite introduction sur… les éléments répétés

11 octobre 2017

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par

Léopold Carron

dans Didacticiel

Suite à l'excellent billet proposé par un autre auteur du blog, de nombreuses questions sur ce que sont les éléments répétés sont restées en suspens. Après le séquençage du génome humain dans les années 2000, de nombreux chercheurs ont constaté que la majeure partie du génome n'était pas composée de gènes, mais d'ADN à l'époque qualifié de poubelle. Celui-ci contenant un grand nombre de motifs étranges qui ne semblaient alors pas avoir de sens. Dans ces régions, nous trouvons de nombreuses séquences fort mystérieuses, parmi lesquelles figurent les éléments répétés. Mais à quoi servent donc ces séquences ? Afin de mettre…
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LaTeX : la mise en forme du texte et des paragraphes

4 octobre 2017

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par

Maria Pommeret

dans Didacticiel

Bon maintenant qu'on sait compiler et insérer des flottants, un truc critique à voir c'est comment mettre en forme : mettre en italique, en emphase, en gras, souligner, faire des listes à puces, insérer du code… Préparez-vous, ça risque d'être un peu long :). (Et par un peu long je veux aussi dire un peu enquiquinant, mais il faut y passer…) Mise en forme du texte Faire joujou avec la police Par défaut, LaTeX met les caractères en forme droite en minuscule. On peut changer cela 🙂 Mise en emphase La commande\emph{texte} permet de mettre de l'emphase sur le texte entre…
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