Bioinfo-fr.net

Questions à… Jean-Marc Victor

24 mai 2017

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par

Julien Fumey

dans Entretien

Retranscription de la Table Ouverte en bioinformatique (TOBi) du mois d'avril 2017 avec Jean-Marc Victor, directeur de recherche CNRS au LPTMC et responsable du GdR ADN. Pouvez-vous vous présenter ?Jean-Marc Victor : Je ne suis pas bioinformaticien. Je suis un peu bio, mais pas trop informaticien. Et je suis physicien. Et il parait que c'est la première fois qu'un physicien vient.Alors je sais d'expérience que si vous avez fait de la bioinfo, c'est qu'en particulier vous ne vouliez pas faire de physique.Du coup je ne sais pas bien ce que vous attendez. Je ne vais pas vous convaincre qu'il faut faire de la…
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Identification des relations entre la variabilité génétique et le phénotype : cartographie QTL

17 mai 2017

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par

Bunny

dans Découverte

Les individus d’une même espèce, à moins qu’ils ne soient des clones identiques, sont tous légèrement différents les uns des autres. Cette différence s’exprime à tous les niveaux, de l’apparence (phénotype macroscopique), au génome (différents allèles pour le même gène), en passant par les phénotypes microscopiques (aussi appelés moléculaires - on pensera ici aux transcriptomes, (phospho)protéomes, ou encore metabolomes). Depuis les tout débuts de la génétique moderne, les généticiens du monde entier se sont efforcés de relier les traits observables aux gènes qui peuvent être à leur origine, dans l’espoir d’en apprendre suffisamment pour pouvoir améliorer les traits d’interêt et…
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Représenter rapidement une ACP avec R et ggplot2

10 mai 2017

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par

I. Stévant

dans Astuce, Didacticiel, Suivez l'guide

Je ne sais pas pour vous, mais moi, à chaque fois que j'assiste à une réunion de labo, il y a quasi systématiquement un graphique d'ACP pour montrer les données. Et à chaque fois, il s'agit d'un graphique de base, généré avec R, avec la fonction plot(), des couleurs qui piquent les yeux et des axes et légendes illisibles. La critique est facile, me direz-vous,, j'avoue avoir moi aussi présenté ce genre de graphique assez souvent. Mais au bout d'un moment, vu que les ACP ça devient très très routinier dans le travail d'un "data analyste", la nécessité de produire…
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Questions à… Marie Beurton Aimar

4 mai 2017

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par

Julien Fumey

dans Entretien

Retrouvez ici la retranscription de la première Table Ouverte en BIonformatique (TOBi) organisée à Lyon le 16 mars 2017 Clément DELESTRE (CD) : Merci d'être présente pour ce premier TOBi à Lyon, est-ce que tu peux nous présenter ta formation, ton parcours, etc ? Marie Beurton-Aimar (MBA) : On va rire là… Alors moi je suis informaticienne, un peu atypique parce que je suis allée à l'université tard, j'ai fait ma thèse tard ; j'ai passé ma thèse en 2000 donc il n'y a pas très longtemps, même si pour vous ça parait peut-être loin… J'ai même travaillé dans le privé avant.…
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"IRC ? Mais c'est quoi en fait ?"

27 avril 2017

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par

Gwenaelle

dans Didacticiel

EDIT Nous avons migré du réseau freenode au réseau libera. Plus d'informations dans cet article : Migration de notre IRC de Freenode vers Libera. Les informations concernant IRC en général restent toutefois à jour dans l'article ci-dessous. Cette question, je l'entends maintenant depuis pas mal de temps quand je parle du blog à mon entourage (étudiants de mon ex-master, personnes rencontrées aux JeBiF Pubs et TOBi, collègues, bioinformaticiens croisés, etc.). C'en est arrivé au point que je me sens vieille je me suis dit que faire un article de présentation de cet outil qu'est IRC, adjoint d'un mini tutoriel serait une…
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Eh toi ! rev_comp, tu l'écris comment ?

12 avril 2017

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par

Pierre Marijon

dans Découverte, Didacticiel, Suivez l'guide

Écrire un algorithme de rev_comp ou complément inverse, on l'a tous déjà fait. Aujourd'hui c'est devenu un classique des cours d'algorithmique en étude de bioinformatique, c'est un algorithme simple mais qui demande de savoir utiliser les structures de contrôle de base. À la fois un bon exercice pratique et pédagogique, doit-il cependant rester implémenté comme à nos débuts ? Cette question m'a traversé l'esprit durant un cours où mon implémentation et celles de mes camarades étaient toutes différentes avec à chaque fois différents algorithmes de base. Ne voulant en rester là, j'ai donc passé mon week-end (et au final les deux…
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Retour d'expérience : bonnes pratiques à appliquer en cas de déréférencement Google (et autres)

6 avril 2017

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par

Yoann M.

dans Découverte

Avertissement : cet article déroge exceptionnellement à la ligne éditoriale que nous nous sommes imposées depuis le début de l'aventure. Nous n'allons pas parler de bioinformatique de près ou de loin dans cet article. Quoique les plus enthousiastes d'entre vous pourraient dire que cela peut arriver à une application web bioinfo 🙂 Mise en bouche Nous avons malheureusement, et à notre grande surprise, vécu récemment un déréférencement inattendu de tous les plus gros moteurs de recherche connus et reconnus : Google, Duckduckgo, Yahoo, Bing, Lycos, … Tous sans exception nous ont d'un coup d'un seul effacé du réseau. Net, propre, sans bavure.…
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Vous ne savez pas comment analyser vos données Hi-C ? Exemple d'utilisation de HiC-pro

30 mars 2017

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par

Léopold Carron

dans Didacticiel

Partir de quelconques données de séquençage haut débit brutes pour arriver à une analyse complète demande au mieux, une certaine pratique de ces technologies. Dans bien des cas, on va alors mettre en place un pipeline reposant sur tout un tas d'outils. Il faudra probablement des heures pour comprendre les paramètres de chacun d’entre eux et regrouper l'ensemble en une jolie chaine de traitement pour arriver au résultat souhaité (qui restera bien sûr à interpréter hum..). Suite aux remarques sur un autre article concernant les points importants à ne pas louper dans le cas d'analyse de carte de contact chromosomique…
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