• Vous ne savez pas comment analyser vos données Hi-C ? Exemple d'utilisation de HiC-pro

  30 mars 2017

  -

  par

  Léopold Carron

  dans Didacticiel

  

  Par­tir de quel­conques don­nées de séquen­çage haut débit brutes pour arri­ver à une ana­lyse com­plète demande au mieux, une cer­taine pra­tique de ces tech­no­lo­gies. Dans bien des cas, on va alors mettre en place un pipe­line repo­sant sur tout un tas d'outils. Il fau­dra pro­ba­ble­ment des heures pour com­prendre les para­mètres de cha­cun d’entre eux […]

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• Packrat ou comment gérer ses packages R par projet

  22 mars 2017

  -

  par

  Gwenaelle

  dans Didacticiel

  

  Je vais m'arrêter là, je pense que vous avez com­pris que la ges­tion de packages sous R est une source d'erreurs faciles. Mais pas d'inquiétude : Packrat fait tout ça , Packrat est simple, Packrat vous veut du bien ! Packrat ? Kézako ? Packrat c'est un petit package R. "Encore un ?!" vous allez me dire, oui mais il […]

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• Comment fixer les problèmes de déploiement et de durabilité des outils en bioinformatique ? Indice : conda !

  16 mars 2017

  -

  par

  bebatut

  dans Astuce, Découverte, Opinion

  

  La diver­si­té des ques­tions que se posent nos amis bio­lo­gistes entraîne une diver­si­té des don­nées : géno­miques, images, etc. De plus, ces don­nées sont géné­rées à des vitesses folles. Pour mani­pu­ler les don­nées et extraire les infor­ma­tions utiles, des solu­tions et outils bio­in­for­ma­tiques sont néces­saires. De nom­breux outils existent déjà pour répondre à de nom­breuses ques­tions. […]

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• Conda le meilleur ami du bioinformaticien

  8 mars 2017

  -

  par

  sacha schutz

  dans Découverte

  

  Conda, le meilleur ami du bioinformaticien Conda est un package mana­ger écrit en python, comme pypi. Mais contrai­re­ment à celui-ci, il per­met d'installer des pro­grammes écrits dans d'autres lan­gages. Notam­ment vos outils bio­in­for­ma­tiques pré­fé­rés par l’intermédiaire du dépôt bio­con­da. C'est-à-dire que tous vos outils, que ce soit sam­tools, bwa, bow­tie, trim­mo­ma­tic, fast­qc et j'en passe, […]

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• Petit panel des journées bioinformatiques organisées par les masters en France !

  1 mars 2017

  -

  par

  Maria Pommeret

  dans Actualité

  

  En col­la­bo­ra­tion avec JeBiF et dans le cadre des bio­in­for­ma­tions , nous met­tons aujourd'hui des ini­tia­tives locales de mas­ters à l'honneur ! Plu­sieurs mas­ters ont, petit à petit, struc­tu­ré leurs acti­vi­tés et créé des jour­nées dédiées à la bio­in­for­ma­tique. Nous par­ta­ge­rons (sans modé­ra­tion 😉 ) les retours que nous ont four­nis 3 villes : Rennes, Mont­pel­lier et Bor­deaux. Cha­cun de […]

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• Tour d'horizon des outils de visualisation des réseaux biologiques

  23 février 2017

  -

  par

  Bunny

  dans Découverte

  

  Après les dif­fé­rentes méthodes d'analyse et de repré­sen­ta­tion de réseaux méta­bo­liques bio­lo­giques, je vais vous par­ler des dif­fé­rents outils de visua­li­sa­tion.  Car oui, la visua­li­sa­tion d'un réseau ou de ses sous-par­ties peut être le début de son ana­lyse, car elle per­met de se rendre compte de sa topo­lo­gie, de sa com­plexi­té, sa connec­ti­vi­té… En bio­lo­gie, on peut […]

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• Dessiner vos gènes à partir d'un GFF3

  15 février 2017

  -

  par

  sacha schutz

  dans Brèves, Découverte

  Je découvre à l'instant geno­me­tools, un outil mul­ti­fonc­tion qui est capable de géné­rer une image repré­sen­tant des anno­ta­tions sur un génome de réfé­rence. Idéal par exemple, si vous vou­lez vous pas­ser d'un genome brow­ser comme UCSC ou Ensem­bl pour incrus­ter des images dans votre rap­port. Installation Vous pou­vez récu­pé­rer et com­pi­ler le code source depuis le site offi­ciel. Pour […]

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• LaTeX : les flottants !

  1 février 2017

  -

  par

  Maria Pommeret

  dans Didacticiel

  

  Chose pro­mise, chose due dans le pré­cé­dent article voi­là les flot­tants dans LaTeX Les flot­tants sont l'ensemble des élé­ments qui per­turbent le flot du texte (pour faire simple) et dési­gnent clas­si­que­ment les tables et les figures ;on peut défi­nir des envi­ron­ne­ments cus­tom de flot­tants, mais on y revien­dra dans un autre article ;). Les flot­tants « nagent » dans le […]

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