• Conda le meilleur ami du bioinformaticien

  8 mars 2017

  -

  par

  sacha schutz

  dans Découverte

  

  Conda, le meilleur ami du bioinformaticien Conda est un package mana­ger écrit en python, comme pypi. Mais contrai­re­ment à celui-ci, il per­met d'installer des pro­grammes écrits dans d'autres lan­gages. Notam­ment vos outils bio­in­for­ma­tiques pré­fé­rés par l’intermédiaire du dépôt bio­con­da. C'est-à-dire que tous vos outils, que ce soit sam­tools, bwa, bow­tie, trim­mo­ma­tic, fast­qc et j'en passe, […]

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• Petit panel des journées bioinformatiques organisées par les masters en France !

  1 mars 2017

  -

  par

  Maria Pommeret

  dans Actualité

  

  En col­la­bo­ra­tion avec JeBiF et dans le cadre des bio­in­for­ma­tions , nous met­tons aujourd'hui des ini­tia­tives locales de mas­ters à l'honneur ! Plu­sieurs mas­ters ont, petit à petit, struc­tu­ré leurs acti­vi­tés et créé des jour­nées dédiées à la bio­in­for­ma­tique. Nous par­ta­ge­rons (sans modé­ra­tion 😉 ) les retours que nous ont four­nis 3 villes : Rennes, Mont­pel­lier et Bor­deaux. Cha­cun de […]

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• Tour d'horizon des outils de visualisation des réseaux biologiques

  23 février 2017

  -

  par

  Bunny

  dans Découverte

  

  Après les dif­fé­rentes méthodes d'analyse et de repré­sen­ta­tion de réseaux méta­bo­liques bio­lo­giques, je vais vous par­ler des dif­fé­rents outils de visua­li­sa­tion.  Car oui, la visua­li­sa­tion d'un réseau ou de ses sous-par­ties peut être le début de son ana­lyse, car elle per­met de se rendre compte de sa topo­lo­gie, de sa com­plexi­té, sa connec­ti­vi­té… En bio­lo­gie, on peut […]

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• Dessiner vos gènes à partir d'un GFF3

  15 février 2017

  -

  par

  sacha schutz

  dans Brèves, Découverte

  Je découvre à l'instant geno­me­tools, un outil mul­ti­fonc­tion qui est capable de géné­rer une image repré­sen­tant des anno­ta­tions sur un génome de réfé­rence. Idéal par exemple, si vous vou­lez vous pas­ser d'un genome brow­ser comme UCSC ou Ensem­bl pour incrus­ter des images dans votre rap­port. Installation Vous pou­vez récu­pé­rer et com­pi­ler le code source depuis le site offi­ciel. Pour […]

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• LaTeX : les flottants !

  1 février 2017

  -

  par

  Maria Pommeret

  dans Didacticiel

  

  Chose pro­mise, chose due dans le pré­cé­dent article voi­là les flot­tants dans LaTeX Les flot­tants sont l'ensemble des élé­ments qui per­turbent le flot du texte (pour faire simple) et dési­gnent clas­si­que­ment les tables et les figures ;on peut défi­nir des envi­ron­ne­ments cus­tom de flot­tants, mais on y revien­dra dans un autre article ;). Les flot­tants « nagent » dans le […]

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• 2017, on y est !

  31 janvier 2017

  -

  par

  Gwenaelle

  dans Editorial

  

  L'ensemble de l'équipe de bioin​fo​-fr​.net vous sou­haite une excel­lente année 2017 et plein de réus­sites pro et per­so (oui, on a atten­du le der­nier jour de jan­vier pour vous dire ça 🙂 ). Nous avons pré­vu quelques nou­veau­tés à venir dans le cou­rant de l'année. Nous essayons de faire au mieux et au plus rapide […]

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• dplyr et le génome humain

  25 janvier 2017

  -

  par

  Guillaume Devailly

  dans Suivez l'guide

  

  Introduction Non, ne fuyez pas tout de suite, chers lec­teurs, tout va s'éclaircir : dplyr, c’est plyr pour les data.frame (les tableaux de don­nées). Atten­dez, j’y viens, plyr, c’est un package R pour appli­quer (apply) des fonc­tions. Donc, dplyr (pro­non­cez “diplir”), c’est un package R, pour appli­quer des fonc­tions à un tableau de don­nées. Et ça, […]

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• Nowel approche…

  19 décembre 2016

  -

  par

  Gwenaelle

  dans Editorial

  … et avec lui son lot de fes­ti­vi­tés et fes­tins en tout genre à venir ! Le blog s'est encore enri­chi cette année de nom­breux et beaux articles, et ce grâce à la par­ti­ci­pa­tion de tous nos auteur.e.s et relecteur.trice.s tou­jours au top ! Mer­ci à eux pour leur tra­vail. Et si jamais vous, oui vous qui […]

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