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Introduction à l'analyse des SNPs
Lire la suite : Introduction à l'analyse des SNPsIntroduction Un SNP (Single Nucleotid Polymorphism) est la mutation d'un seul nucléotide à une position donnée, entre individus d'une même population. Ces substitutions ponctuelles permettent d'identifier des sous-populations. Vous avez sûrement étudié en cours l'exemple de la drépanocytose, une maladie causée par la mutation ponctuelle d'un gène. L'origine de cette maladie génétique peut être observée en analysant les SNPs dans la population humaine. Analyser ces derniers peut ainsi permettre de trouver des prédispositions à certaines maladies, mais peut également être utile entre autres, en génétique des populations ou en cancérologie. L'arrivée des séquenceurs de deuxième génération (les fameux NGS) a facilité…
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Questions à… Gabriel Chandesris
Lire la suite : Questions à… Gabriel ChandesrisComme chaque mois à présent, retrouvez la retranscription du TOBi organisé par JeBiF. Gwenaëlle Lemoine (Gwenaëlle L.) : Bonjour Gabriel, nous sommes ravis de te recevoir pour ce 4ème TOBi ! Tu travailles actuellement chez Dassault Systèmes et plus précisément Biovia mais n'en dévoilons pas plus. Je te laisse nous présenter ta formation, ton parcours professionnel … Gabriel Chandesris (Gabriel C.) : Eh bien j'ai 34 ans. J'ai passé mon bac en 2000 et poursuivit par un IUT génie biologique pour finalement l'abandonner au bout d'un an. Je me suis redirigé vers un BTS biochimie (obtenu en 2003) que j'ai complété par des…
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Introduction à la structure secondaire des ARN
Lire la suite : Introduction à la structure secondaire des ARNQuand j'étais étudiante en master, la grande majorité des cours de structure étaient réservés aux protéines, ce qui fait que la structure des ARN n'a pas été très développée au cours de mon cursus. Du coup, je vous livre ici une partie de ce que j'ai appris en stage. Définition 0 : ARN L'ARN (acide ribonucléique) est une macromolécule biologique qui remplit de nombreuses fonctions biologiques telle que : support intermédiaire de la traduction de l'ADN en protéines, catalyseur de l'activité peptidyltransférase menant à la formation d'une liaison peptidique, régulateur de l'expression génique grâce aux riboswitch ou a de petites molécules interférenetes, ou…
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Généralité autour du concept de machine learning à partir d'automate
Lire la suite : Généralité autour du concept de machine learning à partir d'automatePour beaucoup de personnes, le machine learning consiste à apprendre un classifieur de données. Un exemple d'application principal serait d'être capable de différencier de manière automatique plusieurs variétés d'iris selon la taille de leurs pétales. Mais selon moi, le machine learning représente beaucoup plus : c'est une science qui permet d'expliquer à un ordinateur comment réaliser une tâche d'apprentissage de manière automatique. Alors oui, cela prend en compte la classification automatique, mais pas que ! La prédiction de séquence, l'inférence grammaticale (qui peut être utile en bio-informatique oui oui !) et tellement d'autres concepts sont englobés dans cette définition. Si bien qu'il me faudrait écrire…
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Champs de force, énergie potentielle et autres joyeusetés en modélisation moléculaire
Lire la suite : Champs de force, énergie potentielle et autres joyeusetés en modélisation moléculaireIntroduction Cet article, d'une très longue série, a pour but de donner plus de détails et peut-être - qui sait - vous titiller suffisamment pour enjamber la barrière physique (au sens littéral) et rejoindre le fabuleux monde d'Oz de la bioinformatique structurale. Avant de commencer, je vous conseille de prendre du papier, un crayon, un thé ou un café. Ces breuvages serviront à illustrer mes exemples et faire une pause dans votre lecture. La bioinformatique structurale, aussi connue sous le nom barbare de biologie structurale computationnelle, a pour objectif de comprendre les facteurs d'influence qui déterminent la fonction biologique. Quoi ?…
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Automatiser la récupération de données biologiques
Lire la suite : Automatiser la récupération de données biologiquesQui dit bioinformatique, dit récupération et manipulation des données. Ces données peuvent être générées à partir d'algorithmes ou bien récupérées depuis des bases de données biologiques. Aujourd'hui, le nombre de ces bases de données est en constante augmentation. Chaque mécanisme biologique, famille moléculaire ou organisme est associé à un ou plusieurs de ces dépôts de données. Si un biologiste peut en général se "contenter" d'une exploitation visuelle des données au moyen d'un site web, le bioinformaticien sera plus sensible à deux aspects importants : les interfaces permettant de récupérer automatiquement ces données (lien de téléchargement, site FTP,…) et leur(s) format(s). Cet article va s'intéresser à un moyen…
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Questions à… Sophie Schbath
Lire la suite : Questions à… Sophie SchbathCa y est ! Le concept des Tables Ouvertes en BioInformatique (TOBi), petit descendant des feus JeBiF Pub Paris, commence à bien s’implanter ! Un rapide rappel du concept pour les retardataires : tous les deuxièmes jeudi du mois au Café Six, retrouvez autour d'un verre l'association JeBiF et son invité du jour qui viendra présenter ses travaux, son parcours, une technique, un institut, etc. Et qui répondra à toutes vos questions ! Les deux premières éditions ayant rencontré un franc succès, nous avons décidé avec nos chers admins de retranscrire ici le contenu de ces rencontres. Les absents, retardataires et personnes extérieures à Paris n'auront donc…
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