Bioinfo-fr.net

Au détour d'une ruelle

11 avril 2016

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par

Gwenaelle

dans En image

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Représenter le métabolisme - les réseaux métaboliques

7 avril 2016

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par

Bunny

dans Découverte

*grosse voix très sérieuse* Attention ! L'article qui suit est le premier d'une série d'articles sur la représentation du métabolisme sous forme de réseaux et leur analyse. Il existe, en bioinformatique, plusieurs catégories de modèles pour décrire le métabolisme.Tout d’abord, les modèles pour l’analyse structurelle du métabolisme. Cette catégorie regroupe principalement les modèles reposant sur la théorie des graphes. Ces derniers sont basés sur les données qualitatives et sont utilisés pour analyser des propriétés topologiques du réseau ainsi que les différentes interactions entre les entités qui y sont représentées. Viennent ensuite les modèles pour l’analyse des flux de matière dans le réseau, notamment avec…
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Résultat du concours IFB

7 avril 2016

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par

Les admin·e·s

dans Actualité

Le tirage au sort ayant été effectué par nos experts, nous sommes heureux d'annoncer que la place pour la formation de l'Institut Français de Bioinformatique, à savoir : IBI-1 - Utilisation de base du cloud IFB a été remportée par Julien Fumey ! Nous lui enverrons donc plus de précisions en privé dans la journée. Bravo à lui et une bonne continuation à tous sur bioinfo-fr.net.
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Concours IFB : gagne ta formation !

4 avril 2016

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par

Les admin·e·s

dans Actualité

En partenariat avec l'Institut Français de Bioinformatique, nous vous proposons aujourd'hui de gagner votre place à la prochaine session de formation "Utilisation de base du cloud IFB" qui aura lieu le mardi 19 avril 2016. Le workshop aura lieu à Gif-sur-Yvette. Le concours ne couvre pas le déplacement de l'heureux/se élu(e). Le nombre de places par formation se limite à 20. Vous aurez donc l'honneur d'être l'un des heureux élus à pouvoir y participer si jamais vous êtes tiré au sort. Comment participer ? Rien de plus simple : envoyez-nous un email avec nom, prénom, employeur et âge à concoursATbioinfo-frDOTnet. Tout cela…
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État de l'emploi bioinformatique en France : analyse des offres de la SFBI

30 mars 2016

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par

Lins`

dans Opinion

Encore une nouvelle journée de code qui commence, j'ouvre ma boîte et… tiens donc, trois nouvelles annonces de la Société Française de BioInformatique. Ça tombe bien, dans quelques mois je soutiens ma thèse, je devrais peut-être commencer à chercher du boulot. Voyons voir ça… CDD développeur web… Post-Doc développeur logiciel… CDD Ingénieur développement logiciel… Bon sang, mais y'en a que pour les devs ! C'est à croire que la bioinfo se limite à ça. Et pas l'ombre d'un CDI en plus ! Mais au fait… Est-ce juste une mauvaise journée, ou est-ce représentatif de la bioinfo d'aujourd'hui ? Si seulement quelqu'un pouvait faire…
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Écrire son parseur à la main — chroniques d'une mauvaise bonne idée

23 mars 2016

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par

Lucas Bourneuf

dans Didacticiel

Partie 1 Où l'on prend conscience de l'existence de standards, et de leur nécessité. Tout petit programme s'éveillant au monde se trouvera un jour face à ses obligations : s’interfacer avec ce dernier. La lumière extérieure devra alors pénétrer son petit antre, apportant malicieusement l'information de mille autres petits programmes, si hétéroclites et désordonnés que nul ne sais vraiment qui fait quoi. Tous forment ainsi un monde d'information partiellement structurée, riche de diversité et de liberté. Un jour fût définit le mot « bordel » comme « le meilleur adjectif décrivant cet ensemble ». Et, afin de permettre à ce bordel de continuer à exister,…
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Les dev' jam c'est bon pour vous !

17 mars 2016

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par

David Picard

dans Découverte, Opinion

Les tribulations de bioinformaticiens en territoire sarthois. Ou pourquoi les dev' jam, c'est le bien. Préambule glorieux. Bonjour à tous ! Vous trouverez dans cet article (mon premier sur internet <3) mon retour sur ma première dev' jam, et l'intérêt qu'il peut y avoir, en tant que bioinformaticien, à se rendre à un tel évènement. Pour ceux qui ne connaitraient pas, une development jam est une sorte de concours de programmation en équipe sur un ou plusieurs sujets imposés, sur une durée de temps limitée (généralement un week-end). Mais quelle est donc cette compagnie, et quel est son objectif ? Le…
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Snakemake pour les nuls (ou comment créer un pipeline facilement ?)

10 mars 2016

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par

lelouar

dans Astuce, Découverte, Didacticiel

Bonjour à tous, et bienvenue dans le premier épisode d'une (longue ?) série de prise en main de l'outil dédié au pipeline : Snakemake. Si vous ne connaissez pas encore cet outil, c'est que vous êtes sûrement passés à côté de cet article écrit par Nisaea. Alors, quel sera les bénéfices de retranscrire vos pipelines déjà tout prêt en Snakefile ? Lisibilité du code, gestion des ressources et reproductibilité Lorsque vous êtes sur le point de publier, il va bien falloir expliquer aux futurs lecteurs comment vous avez obtenu les résultats. Cela permettra ainsi aux autres bioinformaticiens de partir de vos données brutes,…
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