Bioinfo-fr.net

Team Pétanque !

27 juillet 2016

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

L'été est enfin là et bien là, du coup nous allons en profiter pour faire notre pause annuelle de publications. Nous vous avons produit tout un tas d'articles que vous pourrez lire et re-lire sur la plage entre deux Galas, même si, disons-le tout de suite, Bioinfo-Fr est plus cool à consulter 🙂 ! Vous pouvez aussi aller lire les Bioinformations de l'été ! Cette année nous vous avons gâté en compagnie de nos copains de JeBiF avec une série d'entretiens plus régulière qu'avant. Et ce n'est pas fini ! Nous aurons encore d'autres surprises pour vous à la rentrée. Donc, d'ici…
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Ajoutez une interface graphique à votre script en 4 lignes avec Gooey

6 juillet 2016

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par

ClemBuntu

dans Suivez l'guide

Vous venez de terminer votre analyse bio-informatique. Pour cette dernière, vous avez réalisé un script qui pour l'instant, il faut le dire, n'est pas du tout réutilisable par une tierce personne. Même vous dans 6 mois vous n'êtes pas sûr de vous souvenir de ce que vous avez fait. Pourtant, l'un des intérêts de la programmation est de pouvoir répéter des calculs de manière automatique. Par conséquent, ce serait pratique de rendre votre script un peu plus souple afin de ne pas devoir modifier son code source à chaque fois qu'un paramètre de votre analyse change. De plus, il serait…
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Analyse de réseaux : du degré des noeuds aux centralités

29 juin 2016

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par

Bunny

dans Didacticiel

Le deuxième article sur la représentation du métabolisme et son analyse ! Pour rappel, le premier volet est ici ! Un grand nombre de phénomènes biologiques peuvent être représentés sous la forme d'un réseau. Qui n'a jamais entendu parler de réseaux d'intéraction protéine-protéine (fameux réseaux "PPI"), de réseaux de gènes ou encore de réseaux métaboliques ? En fait, dès qu'il s'agit de représenter des connexions ou des intéractions entre des entités, que ce soit en biologie ou dans un autre domaine. Je pourrais citer, entre nombreux autres, la sociologie - pensez aux réseaux sociaux d'intéractions de personnes entre elles, la physique - notamment…
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État de l'emploi bioinformatique en France : analyse des offres de la SFBI (2ème partie)

22 juin 2016

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par

Lins`

dans Actualité, Didacticiel, Opinion

Nous revoilà pour la suite de notre premier article sur l'analyse des offres de la SFBI. On vous avait promis une analyse de l'évolution du marché, et c'est ce dont nous allons parler dans cet article. Je vous renvoie au premier article si vous voulez plus d'informations sur l'origine des données et la disponibilité du code. Les contributions sur le Github du projet ont été bien ternes… ou plutôt inexistantes. C'est bien dommage car nous nourrissions le secret espoir de publier ici vos meilleurs graphes. Le code n'est probablement pas facile à prendre en main. Nous avons donc choisi un…
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Software Carpentry ou la transmission de bonnes pratiques en informatique

16 juin 2016

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bebatut

dans Découverte, Opinion

Avec l’augmentation de la capacité des ordinateurs et de la qualité des algorithmes, l’informatique prend une place de plus en plus importante dans la vie de tous les jours, mais aussi dans la recherche. Cela est rendu aussi possible grâce à la programmation et aux améliorations des languages, des outils et des pratiques. Les développeurs sont devenus plus productifs. Mais l’impact sur les scientifiques est plus mitigé. En effet, la production de nouveaux résultats est ralentie par le temps nécessaire pour écrire, tester, débugger, installer et maintenir des logiciels. Et la plupart des scientifiques n’ont jamais appris comment faire cela efficacement.…
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Snakemake aller plus loin avec la parallélisation

9 juin 2016

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par

lelouar

dans Didacticiel

Bonjour à tous, bienvenue dans un nouvel épisode de tutoriels sur Snakemake (épisode précédent). Aujourd'hui nous allons voir ensemble comment paralléliser facilement par la donnée grâce à Snakemake. L'idée générale consiste à découper les fichiers bruts au début de notre pipeline et de les rassembler après les étapes lourdes en calcul. Nous allons également voir comment utiliser le fichier de configuration au format Json. Ce fichier est l'équivalent d'un dictionnaire/tables de hachage et peut être utilisé pour stocker les variables globales ou les paramètres utilisés par les règles. Ainsi, il sera plus facile de généraliser votre workflow et modifier les paramètres…
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Le Master de Bordeaux s'internationalise !

1 juin 2016

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par

Nisaea

dans Formation

Le Master Bioinformatique de Bordeaux propose à présent 3 parcours, dès la rentrée 2016-2017 : Le parcours "Biologie Computationnelle" est centré sur l'acquisition de compétences en développement logiciel et les méthodologies de gestion de données incluant la modélisation, la simulation de processus et l'analyse d'images biologiques. Le parcours "Du Génome aux Ecosystèmes" est focalisé sur l'utilisation avancée des logiciels de bioinformatique avec une spécialisation possible sur les applications moléculaire ("omics") et/ou environnementale (génétique des populations). Le parcours international Bioinformatics and Omics qui s’appuie sur une collaboration étroite et complémentaire avec l’Université du Pays Basque (Bilbao, Espagne) et vise à former des…
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JOBIM2016 : BioInfuse

31 mai 2016

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Un petit édito car : le dernier commençait à dater ; nous voulions vous annoncer que nous serons à JOBIM2016, et qu'on aura même un magnifique poster à vous présenter. Donc n'hésitez surtout pas à venir nous offrir une bière interpeller ; on voulait aussi vous signaler l'existence du concours BioInfuse proposé par nos copains de JeBiF. Le principe : créer une courte vidéo de vulgarisation scientifique autour de la bioinfo. Le/la gagnant(e) verra son œuvre cinématographique projeté dans l'amphi de JOBIM cet été et une petite récompense accompagnera la séance. Vulgarisateurs en herbe : n'hésitez plus, c'est votre chance ! On se voit à JOBIM…
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