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Compareads et Commet
Lire la suite : Compareads et CommetAprès vous avoir parlé de Métagénomique et de filtre de Bloom, voici un article fusionnant les deux concepts en un algorithme ! Pour rappel, la métagénomique vise à étudier le contenu génétique et génomique d'un milieu donné. On passe généralement par un séquençage NGS et on récupère un grand nombre de courtes séquences d'ADN (lectures, ou "reads") pour chaque échantillon biologique analysé. Toujours pour rappel, le filtre de Bloom est une structure de données simpliste qui sert à tester si un élément fait partie d'un ensemble de données ou non. Cette structure a l'avantage d'être très économe en mémoire et très…
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Questions à… Julien Maupetit
Lire la suite : Questions à… Julien MaupetitM4rsu : Bonjour Julien (très beau prénom !) et merci d'avoir accepté de te prêter à cet exercice. Pour commencer pourrais-tu te présenter rapidement pour nos lecteurs ? Julien : Bonjour. En quelques mots, j'ai eu un parcours universitaire assez classique : après deux premières années de médecine, une année de tristesse en équivalence de DEUG de bio, j'ai commencé à faire des choses intéressantes lors d'un second cycle en biochimie (à mon époque on parlait encore de maîtrise) ; j'ai alors eu l'opportunité de faire un peu d'informatique avec mes mentors de Paris 7, et j'en suis naturellement venu à la bio-informatique. S'en est…
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Dessiner des molécules avec LaTeX
Lire la suite : Dessiner des molécules avec LaTeXVous avez surement déjà entendu un barbu vous dire "Tu vas voir LaTeX c'est génial, tu peux même dessiner des molécules avec !". Et du coup vous vous êtes dit que c'est vrai que ça a l'air bien vu qu'on peut même dessiner des molécules avec ! Et effectivement, on peut ! La molécule suivante a été faite avec LaTeX (le premier qui trouve ce que c'est, gagne… le droit de nous écrire un article sur le sujet de son choix). Et puis vous avez voulu passer à la pratique et dessiner votre molécule. Et là c'est le drame ! Vous avez cherché sur…
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Aux origines de la bioinformatique
Lire la suite : Aux origines de la bioinformatiquePour changer des tutoriels et des perspectives sur l’avenir de la bioinformatique, je vous propose aujourd’hui un retour aux sources. En effet, nous allons voir comment est née la bioinformatique. Nolwenn vous en avait déjà parlé ici, mais plus d'un point de vue méthodologique. S’interroger sur les origines de la bioinformatique nous permettra de répondre (ou pas) à la question « Qu’est-ce que la bioinformatique ? » et nous amènera également à faire un peu de philosophie des sciences. En effet, la bioinformatique est-elle une discipline scientifique ou une technique scientifique ? Cette dernière question se pose pour de nombreuses disciplines scientifiques (sinon toutes) et…
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JOBIM 2015 : le bilan
Lire la suite : JOBIM 2015 : le bilanLes Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques version 2015, organisées par l'Université d'Auvergne, se sont déroulées au Polydôme de Clermont-Ferrand du 6 au 9 juillet. Cette conférence était l'occasion de rassembler les communautés de diverses disciplines, dont la bioinformatique, la biomathématique et les biostatistiques. Les différents thèmes abordés étaient regroupés en sessions, chacune articulée autour d'un invité d'honneur. Les réactions des participants étaient disponibles tout au long de la conférence sur Twitter grâce au mot-dièse #JOBIM2015. Et pour ceux n'ayant pas pu y assister, nous revenons ici succinctement sur les onze thématiques abordées lors de cette 16ème édition des JOBIM. Un point informations en vrac…
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