• La bière décodée dans un Hackuarium

  9 juin 2015

  -

  par

  Jsobel

  dans Actualité, Brèves

  

  Vous aimez la bière et la science ? Vous vou­lez connaître la com­po­si­tion de votre mousse favo­rite ? Vous avez envie de goû­ter de nou­velles bières proches de celles que vous connais­sez, ou com­plè­te­ment dif­fé­rentes ? Il y a quelques temps déjà, je vous ai décrit la place de la bio­in­for­ma­tique dans les labo­ra­toires citoyens. Aujourd'hui, un pro­jet sym­pa­thique […]

  Lire la suite : La bière décodée dans un Hackuarium

• Créer sa carte géographique avec R

  28 mai 2015

  -

  par

  m4rsu

  dans Astuce, Didacticiel

  

  Aujourd’hui je vais vous mon­trer com­ment, en uti­li­sant R, on peut faire de belles cartes géo­gra­phiques. Et là, vous allez me deman­der, mais pour­quoi faire des cartes géo­gra­phique ? Et pour­quoi avec R ? Et bien ima­gi­nons que, vous, bio­in­for­ma­ti­cien de ter­rain, soyez allé échan­tillon­ner des ani­maux à l’autre bout du monde sur plu­sieurs sites, par exemple […]

  Lire la suite : Créer sa carte géographique avec R

• JOBIM2015, c'est reparti !

  20 mai 2015

  -

  par

  Nolwenn

  dans Editorial

  L'année der­nière l'ECCB incluait les JOBIM, « sou­la­geant » les fran­çais assis­tant à ces deux confé­rences d'un dépla­ce­ment et de frais en plus. Cette année, nous repre­nons nos bonnes vieilles habi­tudes ! Les Jour­nées Ouvertes en Bio­lo­gie, Infor­ma­tique et Mathé­ma­tiques ouvri­ront leurs portes à Cler­mont-Fer­rand du Lun­di 6 Juillet, au Jeu­di 9 Juillet. Comme à notre habi­tude, nous […]

  Lire la suite : JOBIM2015, c'est reparti !

• Gérer les versions de vos fichiers : premiers pas avec git

  20 mai 2015

  -

  par

  Article Collaboratif

  dans Découverte, Didacticiel

  

  Git est un logi­ciel de contrôle de ver­sions de fichiers. Il est dis­tri­bué sous licence GNU GPLv2 et est dis­po­nible sur les prin­ci­paux sys­tèmes d'exploitation. Cet article est le pre­mier d'une série de deux. Nous allons voir ici (1) à quoi sert le contrôle de ver­sions, (2) com­ment confi­gu­rer git et (3) les bases de […]

  Lire la suite : Gérer les versions de vos fichiers : premiers pas avec git

• De la procrastination dans l'R

  7 mai 2015

  -

  par

  jéro

  dans Didacticiel

  

  Connaissances requises Introduction Si l'on s'en réfère à la défi­ni­tion : Un infor­ma­ti­cien, et a for­tio­ri un bio­in­for­ma­ti­cien, fera tout pour mettre en œuvre des stra­té­gies lui per­met­tant d'automatiser les tâches répé­ti­tives qui lui incombe. Plu­sieurs avan­tages à cela, i/​ ral­lon­ger les pauses café, ii/​ pro­fi­ter du temps gagné pour regar­der la guerre des étoiles direc­te­ment […]

  Lire la suite : De la procrastination dans l'R

• Présentation du Master Bioinformatique & Génomique de Rennes

  29 avril 2015

  -

  par

  Arno

  dans Formation

  

  Présentation Le Mas­ter Bio­in­for­ma­tique & Géno­mique (BIG) de l'Université de Rennes 1 a pris en 2013 la suite du Mas­ter Modé­li­sa­tion de Sys­tèmes Bio­lo­giques (MSB). L’objectif prin­ci­pal de ce Mas­ter est de for­mer des étu­diants issus d’un cur­sus bio­lo­gique, infor­ma­tique ou mathé­ma­tique aux besoins plu­ri­dis­ci­pli­naires en bio-infor­ma­tique et en tech­no­lo­gies à haut-débit de géno­mique fonc­tion­nelle et […]

  Lire la suite : Présentation du Master Bioinformatique & Génomique de Rennes

• Automatiser le parcours et la manipulation d’arbres phylogénétiques avec le module Bio.Phylo de BioPython

  23 avril 2015

  -

  par

  bebatut

  dans Didacticiel

  

  La géno­mique com­pa­ra­tive per­met d'étudier l'évolution d'organismes par com­pa­rai­son de leur génome. La repré­sen­ta­tion de la proxi­mi­té entre les orga­nismes, élé­ment essen­tiel de la géno­mique com­pa­ra­tive, repose sur des arbres phy­lo­gé­né­tiques. Mais com­ment mani­pu­ler ces arbres faci­le­ment ? Quand il n’y en a qu’un, pas de pro­blème : on uti­lise un visua­li­sa­teur comme ceux pro­po­sés dans l’article sur les […]

  Lire la suite : Automatiser le parcours et la manipulation d’arbres phylogénétiques avec le module Bio.Phylo de BioPython

• L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

  16 avril 2015

  -

  par

  Jsobel

  dans Astuce, Découverte, Didacticiel, Suivez l'guide

  

  Les anno­ta­tions sont essen­tielles lors d'analyses fonc­tion­nelles à large échelle sur le génome.  Lorsque l’on pra­tique des ana­lyses en géno­mique, basées sur des tech­niques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec res­pec­ti­ve­ment une liste de trans­crits ou de pics (régions géno­miques). Dans le cas des ana­lyses de ChIP-seq, on sou­haite carac­té­ri­ser les gènes cibles du […]

  Lire la suite : L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

Articles les plus lus ces 7 derniers jours

Télécharger des données de séquençage sur le NCBI.. pour les débutants!15 mai 2019Léopold Carron

Chronique d'une soumission de données à GEO18 décembre 2024Isabelle S. (ZaZo0o)

LaTeX : la mise en forme du texte et des paragraphes4 octobre 2017Maria Pommeret