Bioinfo-fr.net

Twitter, arme de communication massive et outil scientifique

17 juin 2015

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par

Jsobel

dans Découverte, Suivez l'guide

Twitter est un réseau social incontournable. Son principe est simple, il s'agit de s'échanger avec ses "followers", des messages ou "tweets" de 140 charactères maximum. Il est surtout utilisé aux Etats-Unis, mais la fièvre Twitter gagne peu à peu l'Europe. De nombreux scientifiques, chefs de labos, doctorants et même des institutions informent par ce biais. En créant votre compte vous pourrez avoir un accès direct à toutes ces personnes (en tant que suiveur) et vous pourrez leur poser des questions au moyen de messages directs (DM). La communication scientifique se fait de plus en plus au moyen de blogs ainsi qu’à travers…
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Git : cloner un projet, travailler à plusieurs et créer des branches

11 juin 2015

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par

Article Collaboratif

dans Didacticiel

Git est un logiciel de contrôle de versions de fichiers. Il est distribué sous licence GNU GPLv2 et est disponible sur les principaux systèmes d'exploitation. Dans l'article précédent, nous avions vu comment installer et configurer git, comment créer un dépôt pour un projet, ainsi que les principes de base de gestion de versions. Dans cet article, nous verrons comment cloner un projet (par exemple pour travailler à plusieurs ou pour faire des sauvegardes), comment synchroniser les différentes copies tout en détectant et résolvant les problèmes éventuels, et comment créer des branches et indiquer les étapes qui correspondent à des versions. Cloner un…
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La bière décodée dans un Hackuarium

9 juin 2015

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par

Jsobel

dans Actualité, Brèves

Vous aimez la bière et la science ? Vous voulez connaître la composition de votre mousse favorite ? Vous avez envie de goûter de nouvelles bières proches de celles que vous connaissez, ou complètement différentes ? Il y a quelques temps déjà, je vous ai décrit la place de la bioinformatique dans les laboratoires citoyens. Aujourd'hui, un projet sympathique de séquençage et d’analyse biochimique voit le jour à Renens (Suisse, VD). Son but : analyser 1000 bières afin de les cartographier et de les répertorier. Une campagne Kickstarter est en cours pour financer ce projet nommé BeerDeCoded. Vous pouvez nous aider en partageant le lien suivant : kck.st/1GCH7cW …
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Créer sa carte géographique avec R

28 mai 2015

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par

Julien Fumey

dans Astuce, Didacticiel

Aujourd’hui je vais vous montrer comment, en utilisant R, on peut faire de belles cartes géographiques. Et là, vous allez me demander, mais pourquoi faire des cartes géographique ? Et pourquoi avec R ? Et bien imaginons que, vous, bioinformaticien de terrain, soyez allé échantillonner des animaux à l’autre bout du monde sur plusieurs sites, par exemple des Marsupilami (totalement au hasard !). Vous voulez faire une carte de ces différents sites d’échantillonnage. Facile ! Il suffit d’utiliser Google Earth, et d’y ajouter les points me direz-vous. Oui, mais voilà, vous avez 500 points d’échantillonnage. Et 500, ça commence à faire beaucoup à faire…
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JOBIM2015, c'est reparti !

20 mai 2015

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

L'année dernière l'ECCB incluait les JOBIM, « soulageant » les français assistant à ces deux conférences d'un déplacement et de frais en plus. Cette année, nous reprenons nos bonnes vieilles habitudes ! Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ouvriront leurs portes à Clermont-Ferrand du Lundi 6 Juillet, au Jeudi 9 Juillet. Comme à notre habitude, nous essayerons de live-tweeter cet événement, mais également de vous faire un résumé de la conférence tout comme nous l'avions fait à l'occasion de l'ECCB'2014. Bien sûr nous serons présents sur place, avec une présentation courte durant la conférence. Mais ce n'est pas tout ! Nos amis…
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Gérer les versions de vos fichiers : premiers pas avec git

20 mai 2015

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par

Article Collaboratif

dans Découverte, Didacticiel

Git est un logiciel de contrôle de versions de fichiers. Il est distribué sous licence GNU GPLv2 et est disponible sur les principaux systèmes d'exploitation. Cet article est le premier d'une série de deux. Nous allons voir ici (1) à quoi sert le contrôle de versions, (2) comment configurer git et (3) les bases de son utilisation. Dans l'article suivant, nous verrons comment cloner un projet (par exemple pour travailler à plusieurs ou pour faire des sauvegardes) et comment synchroniser les différentes copies. Contexte : le contrôle de versions Pourquoi faire ? En bioinformatique comme dans d'autres domaines, nous sommes tous concernés…
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De la procrastination dans l'R

7 mai 2015

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par

jéro

dans Didacticiel

Connaissances requises Introduction Si l'on s'en réfère à la définition : Un informaticien, et a fortiori un bioinformaticien, fera tout pour mettre en œuvre des stratégies lui permettant d'automatiser les tâches répétitives qui lui incombe. Plusieurs avantages à cela, i/ rallonger les pauses café, ii/ profiter du temps gagné pour regarder la guerre des étoiles directement sur le terminal : Je vous rassure, le but ici n'est pas d'apprendre à réaliser des films en caractères ASCII, chose très fastidieuse et dénuée de toute relation avec la bioinformatique. Nous allons cependant voir comment à l'aide d'une petite dose de Markdown et de quelques…
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Présentation du Master Bioinformatique & Génomique de Rennes

29 avril 2015

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par

Arno

dans Formation

Présentation Le Master Bioinformatique & Génomique (BIG) de l'Université de Rennes 1 a pris en 2013 la suite du Master Modélisation de Systèmes Biologiques (MSB). L’objectif principal de ce Master est de former des étudiants issus d’un cursus biologique, informatique ou mathématique aux besoins pluridisciplinaires en bio-informatique et en technologies à haut-débit de génomique fonctionnelle et post-génomique. Néanmoins, le Master a su conserver des enseignements pluridisciplinaires très variés qui permettent à leurs étudiants de se lancer dans la vie active dans de nombreux domaines de la bioinformatique. Formation Le Master BIG est un Master "indifférencié", c'est-à-dire qu'il forme en deux années…
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