• RNA-seq : plus de profondeur ou plus d'échantillons ?

  8 avril 2015

  -

  par

  Isabelle S. (ZaZo0o)

  dans Astuce

  

  Lorsque l'on se lance dans l'aventure du séquen­çage haut débit de trans­crip­tome, on est ame­né à se poser LA ques­tion, oui LA, celle que l'on redoute à peu près tous quand on a un bud­get ser­ré : À quelle pro­fon­deur dois-je séquen­cer mes échan­tillons ? Toutes les publi­ca­tions s'accordent à le dire, plus on a de répli­cats, […]

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• SARTools : l'analyse différentielle pour tous

  1 avril 2015

  -

  par

  waqueteu

  dans Découverte, Didacticiel

  

  Un article court aujourd’hui pour pré­sen­ter SAR­Tools, un outil d’analyse dif­fé­ren­tielle de don­nées de RNA-seq. Plus qu’un outil, SAR­Tools est plu­tôt un pipe­line sim­pli­fié pour trai­ter des don­nées d’analyses réa­li­sées dans un plan d’expérience assez basique. En effet le cadre d’utilisation de SAR­Tools est volon­tai­re­ment limi­té aux plans d’expérience simples, à savoir des com­pa­rai­sons de […]

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• Ecole doctorale Française en Bio-informatique : Les dates à ne pas manquer

  26 mars 2015

  -

  par

  Léopold Carron

  dans Actualité, Suivez l'guide

  

  En France, pour faire une thèse, il faut dans la plus grande par­tie des cas can­di­da­ter à une école doc­to­rale. Ces écoles, sou­vent assi­gnées à une ville ou à une région, ont cha­cune leurs propres emplois du temps et leurs propres règles. Nous vous pro­po­sons ici une liste des dates à ne pas man­quer pour […]

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• iPath partout !

  18 mars 2015

  -

  par

  Nico M.

  dans Découverte, Suivez l'guide

  

  Depuis quelques mois j'utilise un outil nom­mé iPath2.0 qui peut être très utile pour cer­tains. Présentation de l'outil iPath2.0 est un outil en ligne, acces­sible à l'adresse http://​path​ways​.embl​.de/​i​P​a​t​h​2​.​cgi. Son prin­ci­pal inté­rêt est la visua­li­sa­tion et l'analyse de voies méta­bo­lique.

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• Former et se former en bioinformatique avec GOBLET !

  11 mars 2015

  -

  par

  Nolwenn

  dans Brèves, Découverte

  

  Dans cet article, je vous pré­sen­te­rai un nou­veau site qui peut être inté­res­sant aus­si bien pour les étu­diants que pour les ensei­gnants, voire éga­le­ment pour les bio­in­for­ma­ti­ciens déjà en fonc­tion. Ici je ne vous noie­rai pas sous les lignes de code, mais je vous décri­rai ce que le por­tail GOBLET vous pro­pose en terme d'exercice. […]

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• L'analyse en composantes principales (avec R)

  4 mars 2015

  -

  par

  Julien Delafontaine

  dans Découverte, Didacticiel

  

  L'ACP, ou Ana­lyse en Com­po­santes Prin­ci­pales, est une méthode d'exploration de don­nées qui consiste à réduire la dimen­sion­na­li­té du pro­blème pour en extraire l'essentiel. Par une pro­jec­tion dans un espace plus petit, on réduit le nombre de variables, et si on réduit suf­fi­sam­ment on peut en faire un outil de diag­nos­tic gra­phique. Comme c'est une […]

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• 3 ans de bioinformatique communautaire

  26 février 2015

  -

  par

  Yoann M.

  dans Editorial

  Voi­là on l'a fait ! Nous venons d'acquérir notre Licence en blog bio­in­for­ma­tique men­tion com­mu­nau­té fran­co­phone de Gee­kus bio­lo­gi­cus. Mer­ci à tous de nous suivre, de pro­mou­voir nos articles et d'interagir avec nous par le biais des com­men­taires. Nous avons volon­tai­re­ment stop­pé la publi­ca­tion des articles en ce début d'année afin de nous concen­trer sur la […]

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• 2015 : partage de connaissances

  14 janvier 2015

  -

  par

  Guillaume Collet

  dans Editorial

  Bioin­fo-fr reprend du ser­vice pour une nou­velle année et sou­haite que 2015 réa­lise vos vœux les plus chers ! Pre­mière paru­tion de l'année : les Bio­in­for­ma­tions. Le bul­le­tin com­mun SFBI, JeBiF et bioin­fo-fr vous informe sur les évè­ne­ments à ne pas man­quer et l'emploi en bio­in­for­ma­tique. Il vous donne éga­le­ment quelques astuces bien pra­tiques. Enfin, l'association JeBiF […]

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