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L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement
Lire la suite : L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissementLes annotations sont essentielles lors d'analyses fonctionnelles à large échelle sur le génome. Lorsque l’on pratique des analyses en génomique, basées sur des techniques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec respectivement une liste de transcrits ou de pics (régions génomiques). Dans le cas des analyses de ChIP-seq, on souhaite caractériser les gènes cibles du […]
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RNA-seq : plus de profondeur ou plus d'échantillons ?
Lire la suite : RNA-seq : plus de profondeur ou plus d'échantillons ?Lorsque l'on se lance dans l'aventure du séquençage haut débit de transcriptome, on est amené à se poser LA question, oui LA, celle que l'on redoute à peu près tous quand on a un budget serré : À quelle profondeur dois-je séquencer mes échantillons ? Toutes les publications s'accordent à le dire, plus on a de réplicats, […]
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SARTools : l'analyse différentielle pour tous
Lire la suite : SARTools : l'analyse différentielle pour tousUn article court aujourd’hui pour présenter SARTools, un outil d’analyse différentielle de données de RNA-seq. Plus qu’un outil, SARTools est plutôt un pipeline simplifié pour traiter des données d’analyses réalisées dans un plan d’expérience assez basique. En effet le cadre d’utilisation de SARTools est volontairement limité aux plans d’expérience simples, à savoir des comparaisons de […]
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Ecole doctorale Française en Bio-informatique : Les dates à ne pas manquer
Lire la suite : Ecole doctorale Française en Bio-informatique : Les dates à ne pas manquerEn France, pour faire une thèse, il faut dans la plus grande partie des cas candidater à une école doctorale. Ces écoles, souvent assignées à une ville ou à une région, ont chacune leurs propres emplois du temps et leurs propres règles. Nous vous proposons ici une liste des dates à ne pas manquer pour […]
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iPath partout !
Lire la suite : iPath partout !Depuis quelques mois j'utilise un outil nommé iPath2.0 qui peut être très utile pour certains. Présentation de l'outil iPath2.0 est un outil en ligne, accessible à l'adresse http://pathways.embl.de/iPath2.cgi. Son principal intérêt est la visualisation et l'analyse de voies métabolique.
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Former et se former en bioinformatique avec GOBLET !
Lire la suite : Former et se former en bioinformatique avec GOBLET !Dans cet article, je vous présenterai un nouveau site qui peut être intéressant aussi bien pour les étudiants que pour les enseignants, voire également pour les bioinformaticiens déjà en fonction. Ici je ne vous noierai pas sous les lignes de code, mais je vous décrirai ce que le portail GOBLET vous propose en terme d'exercice. […]
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L'analyse en composantes principales (avec R)
Lire la suite : L'analyse en composantes principales (avec R)L'ACP, ou Analyse en Composantes Principales, est une méthode d'exploration de données qui consiste à réduire la dimensionnalité du problème pour en extraire l'essentiel. Par une projection dans un espace plus petit, on réduit le nombre de variables, et si on réduit suffisamment on peut en faire un outil de diagnostic graphique. Comme c'est une […]
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3 ans de bioinformatique communautaire
Lire la suite : 3 ans de bioinformatique communautaireVoilà on l'a fait ! Nous venons d'acquérir notre Licence en blog bioinformatique mention communauté francophone de Geekus biologicus. Merci à tous de nous suivre, de promouvoir nos articles et d'interagir avec nous par le biais des commentaires. Nous avons volontairement stoppé la publication des articles en ce début d'année afin de nous concentrer sur la […]
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