• De la procrastination dans l'R

  7 mai 2015

  -

  par

  jéro

  dans Didacticiel

  

  Connaissances requises Introduction Si l'on s'en réfère à la défi­ni­tion : Un infor­ma­ti­cien, et a for­tio­ri un bio­in­for­ma­ti­cien, fera tout pour mettre en œuvre des stra­té­gies lui per­met­tant d'automatiser les tâches répé­ti­tives qui lui incombe. Plu­sieurs avan­tages à cela, i/​ ral­lon­ger les pauses café, ii/​ pro­fi­ter du temps gagné pour regar­der la guerre des étoiles direc­te­ment […]

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• Présentation du Master Bioinformatique & Génomique de Rennes

  29 avril 2015

  -

  par

  Arno

  dans Formation

  

  Présentation Le Mas­ter Bio­in­for­ma­tique & Géno­mique (BIG) de l'Université de Rennes 1 a pris en 2013 la suite du Mas­ter Modé­li­sa­tion de Sys­tèmes Bio­lo­giques (MSB). L’objectif prin­ci­pal de ce Mas­ter est de for­mer des étu­diants issus d’un cur­sus bio­lo­gique, infor­ma­tique ou mathé­ma­tique aux besoins plu­ri­dis­ci­pli­naires en bio-infor­ma­tique et en tech­no­lo­gies à haut-débit de géno­mique fonc­tion­nelle et […]

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• Automatiser le parcours et la manipulation d’arbres phylogénétiques avec le module Bio.Phylo de BioPython

  23 avril 2015

  -

  par

  bebatut

  dans Didacticiel

  

  La géno­mique com­pa­ra­tive per­met d'étudier l'évolution d'organismes par com­pa­rai­son de leur génome. La repré­sen­ta­tion de la proxi­mi­té entre les orga­nismes, élé­ment essen­tiel de la géno­mique com­pa­ra­tive, repose sur des arbres phy­lo­gé­né­tiques. Mais com­ment mani­pu­ler ces arbres faci­le­ment ? Quand il n’y en a qu’un, pas de pro­blème : on uti­lise un visua­li­sa­teur comme ceux pro­po­sés dans l’article sur les […]

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• L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

  16 avril 2015

  -

  par

  Jsobel

  dans Astuce, Découverte, Didacticiel, Suivez l'guide

  

  Les anno­ta­tions sont essen­tielles lors d'analyses fonc­tion­nelles à large échelle sur le génome.  Lorsque l’on pra­tique des ana­lyses en géno­mique, basées sur des tech­niques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec res­pec­ti­ve­ment une liste de trans­crits ou de pics (régions géno­miques). Dans le cas des ana­lyses de ChIP-seq, on sou­haite carac­té­ri­ser les gènes cibles du […]

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• RNA-seq : plus de profondeur ou plus d'échantillons ?

  8 avril 2015

  -

  par

  Isabelle S. (ZaZo0o)

  dans Astuce

  

  Lorsque l'on se lance dans l'aventure du séquen­çage haut débit de trans­crip­tome, on est ame­né à se poser LA ques­tion, oui LA, celle que l'on redoute à peu près tous quand on a un bud­get ser­ré : À quelle pro­fon­deur dois-je séquen­cer mes échan­tillons ? Toutes les publi­ca­tions s'accordent à le dire, plus on a de répli­cats, […]

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• SARTools : l'analyse différentielle pour tous

  1 avril 2015

  -

  par

  waqueteu

  dans Découverte, Didacticiel

  

  Un article court aujourd’hui pour pré­sen­ter SAR­Tools, un outil d’analyse dif­fé­ren­tielle de don­nées de RNA-seq. Plus qu’un outil, SAR­Tools est plu­tôt un pipe­line sim­pli­fié pour trai­ter des don­nées d’analyses réa­li­sées dans un plan d’expérience assez basique. En effet le cadre d’utilisation de SAR­Tools est volon­tai­re­ment limi­té aux plans d’expérience simples, à savoir des com­pa­rai­sons de […]

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• Ecole doctorale Française en Bio-informatique : Les dates à ne pas manquer

  26 mars 2015

  -

  par

  Léopold Carron

  dans Actualité, Suivez l'guide

  

  En France, pour faire une thèse, il faut dans la plus grande par­tie des cas can­di­da­ter à une école doc­to­rale. Ces écoles, sou­vent assi­gnées à une ville ou à une région, ont cha­cune leurs propres emplois du temps et leurs propres règles. Nous vous pro­po­sons ici une liste des dates à ne pas man­quer pour […]

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• iPath partout !

  18 mars 2015

  -

  par

  Nico M.

  dans Découverte, Suivez l'guide

  

  Depuis quelques mois j'utilise un outil nom­mé iPath2.0 qui peut être très utile pour cer­tains. Présentation de l'outil iPath2.0 est un outil en ligne, acces­sible à l'adresse http://​path​ways​.embl​.de/​i​P​a​t​h​2​.​cgi. Son prin­ci­pal inté­rêt est la visua­li­sa­tion et l'analyse de voies méta­bo­lique.

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