Bioinfo-fr.net

Quel bioinformaticien êtes-vous ?

2 mai 2013

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par

Yoann M.

dans Opinion

Il est temps de reprendre le clavier et de calmer votre manque d'articles. Nous allons nous y remettre tout doucement en vous proposant aujourd'hui une vision que nous pensons juste, bien que parfois un peu décalée, des divers types de bioinformaticiens existants. Si vous êtes vous-même un bioinformaticien averti, ces différents "portraits" devraient vous rappeler des collègues ou même, tout simplement, vous. Alors que si vous êtes sur le devenir, cela vous permettra de découvrir les différents types de personnes que vous pourrez avoir la chance de côtoyer après l'obtention de votre diplôme. Vous l'aurez donc compris, l'idée ici est…
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Chasse aux oeufs…et aux articles !

28 mars 2013

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Nous profitons de ce long week-end pour vous souhaiter de joyeuses fêtes de Pâques ! Nous travaillons d'arrache-pied à vous préparer un nouveau thème ainsi qu'une belle page de présentation de l'équipe.En ce moment le travail étant assez intense pour la plupart d'entre nous, les articles paraissent plus lentement. Mais ne vous faites pas de soucis pour autant : nous sommes déterminés et la flamme est toujours là !Si par ailleurs vous êtes passionné(e) par la bioinformatique, vous aimez ce qu'on fait et vous souhaitez faire découvrir vos connaissances à la Terre entière : n'hésitez plus et contactez nous ( contribuer@bioinfo-fr.net ) ! La…
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Comment organiser son travail ?

28 mars 2013

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par

Nolwenn

dans Opinion

L'organisation du travail peut sembler facile, ce n'est pas toujours le cas, surtout lorsque l'on est impliqué dans 2 ou 3 projets à la fois. Comment se souvenir de ce que l'on a fait il y a un mois alors même que l'on ne sait plus ce que l'on a fait la veille ? Où sont mes documents dont j'ai besoin pour finir ce script ? Qu'est-ce que j'ai fait de ce foutu papier qui parle de la méthode que je dois appliquer ? Qui d'entre nous ne s'est jamais retrouvé confronté à ce genre de casse-tête ? Très peu j'imagine. Dans ce billet…
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Questions à… Ioannis Xenarios

14 mars 2013

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par

Julien Fumey

dans Entretien

Il s'agit de notre deuxième interview et après Jean-François Gibrat nous avons décidé d'aller nous promener un peu en Suisse. Nous y avons rencontré Ioannis Xenarios, directeur des groupes Vital-IT et Swiss-Prot du SIB : institut Suisse de Bioinformatique, mais aussi professeur à l'Université de Lausanne, et nous en avons profité pour lui poser quelques questions. Nahoy et Yoann M. (Ys) : Bonjour Ioannis. Nous te remercions d’avoir accepté cet entretien pour le blog Bioinfo-fr.net. Pour commencer, peux-tu nous parler de ta formation initiale et de ton parcours professionnel ? Ioannis Xenarios (IX) : Mon background scientifique est la biologie avec une…
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SQLite

12 mars 2013

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par

nahoy

dans Astuce, Didacticiel, Suivez l'guide

Dans un précédent article, nous vous avons parlé des bases de données, leur importance et leur intérêt. Ici je vais vous parler de SQLite, une bibliothèque donnant accès à un moteur de base de données relationnelle qui vous permettra de travailler avec du SQL et cela sans avoir besoin de configurer ou d'installer quoi que ce soit : simple, rapide et efficace. Vous pouvez à loisir l'inclure dans tous vos projets, le code source de SQLite étant dans le domaine public.
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Clusters et pipelines avec LSF

7 mars 2013

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par

Akira

dans Découverte

Aujourd'hui petit mash-up de deux articles précédemment publiés dans nos colonnes. Comme je l'avais promis, je vais vous présenter ma méthode pour faire du pipelining avec le gestionnaire de ressources de notre cluster. Si vous n'avez pas compris la phrase précédente, je vous invite à aller (re-)lire l'article sur les pipelines et celui sur les clusters, tout devrait être plus clair. Je vais présenter une idée simple : comment identifier chacune de vos commandes sur un cluster et utiliser cette identification pour les lier dans un pipeline. Les exemples de l'article sont basés sur le système de management LSF, installé sur…
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Un tour d'horizon des bases de données consacrées au métabolisme

5 mars 2013

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par

Bunny

dans Découverte

La toute première activité enzymatique a été découverte par Anselme Payen, un chimiste industriel français qui a piqué, grâce à son génie, la domination du marché de borax aux néerlandais. C'était une α-amylase, isolée à partir d'un extrait de malt, et capable de découper l'amidon en glucose. Nommée initialement diastase (synonyme d'"enzyme" à l'heure actuelle), c'était la première d'une longue série d'enzymes découvertes depuis et partageant le même suffixe : "ase". Depuis cette époque, les connaissances sur les enzymes n'ont cessé de croître, à tel point qu'à la fin des années 1950, plusieurs équipes de biochimistes se sont mises à vouloir…
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Les identifiants : a (name)space oddity

28 février 2013

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par

Guillaume Collet

dans Découverte

Sur Bioinfo-fr.net, nous avons plusieurs fois parlé des bases de données biologiques. Que ce soit du point de vue de la gestion, de l'exploitation ou même du stockage physique. J'aimerai revenir aujourd'hui sur un souci qui se présente souvent lors de l'exploitation de plusieurs bases de données : les identifiants. Un objet biologique dans une base de données est représenté par un identifiant. Cet identifiant est unique du point de vue de la base considérée. Mais comment faire le lien entre des identifiants venant de différentes bases de données ? Et surtout, comment être sûr qu'ils représentent bien le même objet biologique ?
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