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Suivez le guide : en quête de HMM

3 juillet 2013

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par

Jsobel

dans Suivez l'guide

Bases Théoriques : Une chaîne de Markov , ça vous dit quelque chose ? Une classe de modèles de Markov, appelée Modèle de Markov Caché (Hidden Markov Model, HMM), est un modèle mathématique permettant de segmenter un signal observé en régions (états cachés) définis par le modèle. Lequel est composé de quatre éléments : N états, une matrice d’émissions, des conditions initiales et une matrice de transition. Le rôle de la matrice de transition est de définir la probabilité de passer d’un état à un autre ou de le maintenir inchangé au cours d’un certain nombre d’observations. Quant à la matrice d’émissions, elle définit la probabilité d’émission…
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Questions à… Olivier Gascuel

26 juin 2013

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par

Julien Fumey

dans Entretien

A la veille des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique, Mathématiques (JOBIM), nous avons trouvé intéressant de revenir à la création de cette conférence. Pour cela, nous avons rencontré Olivier Gascuel, directeur de recherches CNRS au Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), médaille d'argent du CNRS en 2009, qui nous emmène avec lui quelques années en arrière. Attachez vos ceintures !
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JOBIM2013, nous voilà !

25 juin 2013

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

L'été est enfin là (si si…) et comme chaque année les JOBIM reviennent ! Cette année cela se passera à Toulouse du 1er au 4 juillet, et nous y serons. Nous aurons même l'honneur de vous présenter le blog pendant quelques minutes dès le premier jour aux alentours de 16h30. Nous essayerons de live tweeter la conférence pour les absents et tenterons de vous faire, comme l'année dernière, un gros résumé de cette semaine autour de la bioinformatique. Enfin pour ceux qui désireraient approfondir un peu plus la chose avec nous, sachez que nous serons une dizaine de contributeurs du blog…
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Fusionner des fichiers entre eux : la commande join

19 juin 2013

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par

Nolwenn

dans Astuce, Didacticiel

Langage : shell Commande présentée : join Niveau : débutant Présentation de la commande join La commande join est disponible nativement sur les systèmes d'exploitation GNU/Linux. Il s'agit d'une commande POSIX et elle est donc présente sur tous les systèmes d'exploitation UNIX et UNIX-Like. La plupart des gens utilisent cette commande pour récupérer les lignes communes entre deux fichiers mais elle ne se limite pas à ce seul cas. Join vous permet de fusionner des champs (colonnes) précis de deux fichiers textes et d'en récupérer la liste des données communes ou encore de vous afficher un résultat proche de ce que vous pourriez…
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J'ai lu : Statistiques pour statophobes

12 juin 2013

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par

Nisaea

dans J'ai lu

Bonjour à tous. J'aimerais partager avec vous un ouvrage qui a changé ma vie professionnelle, à plusieurs niveaux. En lieu et place d'une introduction, je vous offre quelques morceaux choisis, avec lesquels mes talents de rédactrice ne peuvent pas espérer lutter. Abstract : "Une introduction au monde des tests statistiques à l'intention des étudiants qui n'y entravent que pouic et qui détestent les maths par-dessus le marché." Extrait de l'avant-propos : "J’en ai tant bavé pour comprendre le peu que je sais dans cette discipline, que j’ai soigneusement évité les "explications" telles que : « soit (Ω, F, p) un espace probabilisé modélisant une…
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Jouez avec vos données : utilisez un ORM

6 juin 2013

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par

nahoy

dans Découverte, Suivez l'guide

Il y a quelques temps, je vous ai parlé de base de données, un super moyen pour structurer vos données. Vous êtes maintenant j'en suis sûr, des professionnels du SELECT, des JOIN et autres ALTER. C'est bien, très bien même, mais maintenant je vais vous apprendre à vous en passer. Et oui, la ligne de commande c'est sympa pour des choses simples et/ou rapides, mais dès que vous voulez plus de complexité, il devient difficile de travailler sans un langage de plus haut niveau.
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DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de la régulation de l'expression des gènes

23 mai 2013

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par

I. Stévant

dans Découverte

La régulation de la transcription est un processus indispensable aux cellules pour permettre leur différenciation, exprimer leur spécificité, assurer leur développement, leur prolifération ou encore pour leur permettre de s'adapter à un environnement. L'étude de la régulation de la transcription passe par l'identification d'éléments clés gouvernant ces processus biologiques.Ces éléments de régulations se distinguent en deux groupes : les régions cis-régulatrices (région de l'ADN ayant la particularité de contrôler l'expression de gènes plus ou moins éloignés), et les éléments trans (protéines de liaison à l'ADN reconnaissant la plupart du temps les séquences cis). L'apparition des technologies de séquençage haut débit a…
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Un reporter en congrès : GGMM et GFPP

22 mai 2013

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

L'un de nos contributeur est actuellement en congrès à GGMM (Groupe de Graphisme et de Modélisation Moléculaire) vous pouvez suivre ses live-tweet sur @BioinfoFr. Pour ceux qui ne le savent pas, GGMM est un congrès francophone, qui a lieu une fois tous les deux ans et qui parle de… graphisme et modélisation moléculaire. Alors si vous aimez les champs de force, les "docking" et autres "folding", ça risque de vous intéresser. Le congrès est presque terminé, mais vous pouvez toujours suivre les derniers tweets et voir les sujets qui ont été traités. La semaine prochaine, notre super reporter sera à…
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