Qui sommes nous ?
Une communauté d'étudiants et de professionnels
Une base d'articles libres pour tous niveaux
Des salons de discussion actifs au quotidien
-
Venez écrire avec nous !
Lire la suite : Venez écrire avec nous !À vos crayons, trousses et cartables ! La rentrée est bien là et il va falloir ranger les serviettes de plages et les tubes de crème solaire. Attention à ne pas ramener du sable sur votre clavier, ça risquerait de coincer… Nous vous avons préparé pas mal de nouveautés qui arriveront dans le courant des mois de septembre/octobre si tout se passe pour le mieux. On vous tiendra bien évidemment au courant des détails ! Parlons peu, parlons bien : nous sommes actuellement sur nos plannings de publication. Nous souhaiterions une ouverture de l'équipe à de nouveaux arrivants. Nous sommes actuellement environ 25 personnes…
-
L'Encyclopédie ENCODE : coup de génie ou coup de pub ?
Lire la suite : L'Encyclopédie ENCODE : coup de génie ou coup de pub ?Vous avez probablement entendu le buzz du web ou remarqué la soudaine augmentation d'articles autour du projet ENCODE (décodage du génome humain et de ses éléments fonctionnels). En 24 heures, il y a eu une quantité invraisemblable de communiqués de presse, billets de blogs et articles grand public dans les médias anglophones (et je passe sur les applications tablette…). La profusion euphorique laisse cependant transparaître quelques hics que je voudrais soumettre à vos yeux et cerveaux bien reposés des vacances et avides de lecture.
-
Introduction à l'analyse d'images
Lire la suite : Introduction à l'analyse d'imagesCe nouvel article a pour but de donner une brève introduction à l’analyse d’images numériques en bioinformatique. Je préfère prévenir tout de suite, je ne suis pas expert en la matière mais c’est un domaine que je trouve très intéressant et dont il est toujours utile d’avoir quelques notions, pour retoucher vos magnifiques photos de vacances mais surtout pour aider votre collègue biologiste en détresse devant son microscope.
-
Astuce programmation BioPython : Parser les multi-genbank et les multi-FASTA produits par Batch Entrez
Lire la suite : Astuce programmation BioPython : Parser les multi-genbank et les multi-FASTA produits par Batch EntrezPrérequis : Savoir 'un peu' se servir d'un shell et avoir installé Python et son module Bio. But : Redécouper des multi-genbank ou des multi-FASTA en un fichier par entrée. Difficulté : 2/5 (Facile) Principe : Le NCBI propose un outil très pratique pour récupérer facilement des jeux de données diversifiés : BatchEntrez, vous trouverez plus d'information ici. On télécharge ainsi un fichier texte unique réunissant toutes les données. Si les données sont au format FASTA, on obtient un multi-FASTA ; ce format est bien reconnu par les logiciels, par contre, pour des fichiers au format Genbank on obtient un multi-Genbank moins aisé à manipuler. On souhaiterait donc…
-
Les arbres phylogénétiques : construction et interprétation
Lire la suite : Les arbres phylogénétiques : construction et interprétationAprès avoir discuté des alignements multiples (MSA), il s'avérait logique de vous présenter l'étape suivante : la construction d'arbres phylogénétiques. Je précise que je ne parlerai ici que de phylogénie moléculaire. Le but de la phylogénie est de comprendre les relations de parenté, de retracer l’historique évolutif d’un gène, d’une famille de gènes ou d’une espèce. Les arbres phylogénétiques sont une très bonne manière de schématiser et d'appréhender ces relations rapidement. Leur interprétation est également assez aisée du moment que l'on connait leur nomenclature. Avant de vous expliquer celle-ci, je me pencherai donc d'abord sur comment les réaliser. Arbre phylogénétique : définition /…
-
La nouvelle mode d'été : Journal Club au bord de la piscine
Lire la suite : La nouvelle mode d'été : Journal Club au bord de la piscineComme vous l'avez certainement remarqué, le Journal Club du mois dernier n'a pas eu lieu. Je sais que vous en êtes profondément affligé(e)s, donc à charge de revanche, j'ai inclus des articles du mois passé. Il y a un peu plus de mots que d'habitude, mais quand on aime, on ne compte pas ! Et parce que vous le valez bien, commençons par PLoS Computational Biology. Le numéro de juin est vraiment sympa et je ne parle pas seulement de la montagne MCMC ci-contre. Dans la section Education, un article concis et compréhensible vous explique comment visualiser et analyser des images 3D.…
-
La complétion de réseaux métaboliques
Lire la suite : La complétion de réseaux métaboliquesIl y a quelques temps, sur ce blog, j'ai publié un article qui parlait de la reconstruction automatique de réseaux métaboliques à partir d'un génome annoté. Dans cet article je vous ai promis de continuer à parler de ce sujet, notamment pour voir comment l'on pouvait améliorer la qualité d'un réseau métabolique fraichement créé. Pour rappel, la toute première reconstruction d'un réseau métabolique est habituellement de qualité variable, directement dépendant de la qualité de l'annotation du génome, que l'on appelle "draft métabolique". Un génome n'étant jamais annoté parfaitement et les bases de données ne pouvant recenser toutes les réactions métaboliques…
Articles les plus lus ces 7 derniers jours
Les salons de discussion :
La boutique
Quelques liens
Étiquettes
ADN analyse base de données bioinformatique code concours conférence débutant Découverte edito emploi formation Génomique Interview JeBiF JOBIM master modélisation outil programmation Python R Recherche rentrée script SFBI statistiques séquençage tutoriel vacances visualisation