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Base de données - notions

24 juillet 2012

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par

nahoy

dans Découverte

Cet article a pour but d'introduire la notion de base de données. Il sera utile pour toute personne ayant déjà entendu le terme, mais ne sachant pas vraiment ce que c'est, ou à quoi cela sert. Définition Une base de données c'est tout simplement une collection d'informations diverses stockées de manière pérenne sur un ordinateur. Celle-ci est organisée de façon à retrouver facilement l'information souhaitée. Les bases de données peuvent bien sûr être très différentes les unes des autres, suivant leurs utilisations ou encore selon les informations qui y sont stockées.Je vous invite à aller sur Wikipédia où vous pourrez…
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De l'intérêt des disciplines transversales

23 juillet 2012

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par

Nisaea

dans Découverte

La bioinformatique fait partie de ce qu'on appelle les disciplines transversales, ces disciplines qui forment un trait d'union entre les disciplines dites classiques. Avec l'avancée des nouvelles technologies et l'étendues des connaissances qu'elles permettent d'acquérir, il devient de plus en plus nécessaire de repenser les différents domaines scientifiques, tant leur cloisonnement historique perd en pertinence. Ainsi, l'apparition de machines extraordinaires, de plus en plus performantes, qui permettent de voyager de plus en plus loin dans l'infiniment petit, capable de mesurer le métabolisme cellulaire ou de séquencer l'ADN à grande vitesse, donne de nouveaux défis à la biologie. La masse de…
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Edito d'été

17 juillet 2012

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Voilà, l'été est là ! JOBIM est passée, et bien passée. Nous attendions que le montage de la vidéo de notre présentation soit fini pour poster ces quelques nouvelles. Vous retrouverez donc l'intégralité de la présentation faite à JOBIM 2012 comme si vous y étiez ici et intégré à l'édito également. Un grand merci à Guillaume notre ingénieur son et images qui a fait un très bon travail. Comme annoncé nous nous concentrons maintenant vers la rentrée et l'avenir du blog. Beaucoup d'idées fusent et il faut canaliser tout ça ! Nous nous réunirons tous au début du mois de Septembre afin…
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Récupérez facilement des données hébergées par le NCBI : BatchEntrez

17 juillet 2012

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par

NiGoPol

dans Astuce

But : Les bases de données du NCBI abritent de très nombreuses informations : génomes, protéines, références bibliographiques, etc. Si vous souhaitez récupérer l'une d'entre-elles, une recherche sur le site est la solution la plus simple, mais si vous avez besoin de récupérer de nombreuses données dans un des formats proposés, alors le NCBI a mis l'outil BatchEntrez à votre disposition. À l'aide d'une liste d'identifiants genbank, refseq ou même pubmed, il vous permet de tout télécharger en une fois (d'où la notion de 'batch'). Difficulté : 1/5 (Très Facile) Prenons un exemple très simple : on souhaite récupérer les séquences FASTA de trois…
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JOBIM 2012 : le bilan

16 juillet 2012

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par

Guillaume Collet

dans Conférence

Les Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) se sont tenues du 3 au 6 juillet 2012 à l'Université de Rennes 1 et plusieurs membres de Bioinfo-Fr y participaient. Nous avons donc souhaité vous faire partager cette conférence, d'une part sur Twitter via le hashtag #JOBIM2012 mais aussi sur notre blog. Afin de rendre la lecture de cet article agréable, nous n'avons pas mis toutes les références aux articles scientifiques. Nous vous invitons à vous rendre sur la page de JOBIM 2012 pour les retrouver. Cet article est assez conséquent du fait des nombreuses informations le composant et nous espérons…
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Expo virtuelle "Le génome humain et la bioinformatique"

13 juillet 2012

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par

Malicia

dans Découverte

C'est ludique, c'est clair, c'est coloré, c'est intéressant… Non, nous ne sommes pas devenu(e)s adeptes d'une secte, cher lecteur. Nous venons de découvrir l'exposition virtuelle ChromosomeWalk, lancée par l'Institut Suisse de Bioinformatique. Quand vous entrez, vous pouvez vous "arrêter devant" tout chromosome qui vous intéresse. Au fil des mots, on découvre plein de choses, souvent même oubliées par nous, les spécialistes 😉 Pour que le néophyte ne se perde pas en errances, chaque terme spécialisé est souligné et lorsqu'on passe la souris dessus, un rectangle avec la définition apparaît. On se plaît à découvrir des anecdotes et à sourire au…
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Comment travailler sur une grappe de serveurs (cluster)

12 juillet 2012

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par

Akira

dans Astuce, Découverte

Avec les avancées en biologie ces dernières années, la quantité de données produites et les ressources informatiques nécessaires à leur traitement ont grandement augmenté. Pour faire face à ces problèmes, l'une des solutions les plus répandues est la mise en place de grappes de serveurs (plus souvent désignées par le terme anglais computer cluster ou simplement cluster). Sur ces systèmes, les commandes à exécuter sont soumises à un gestionnaire de ressources qui répartit les tâches sur les ordinateurs du cluster. Il existe plusieurs solutions sur le marché, mais leur comportement est souvent similaire. Aujourd'hui je vais utiliser l'une d'entre elles,…
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J’ai lu : Bioinformatique – Génomique et post-génomique

11 juillet 2012

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par

nallias

dans J'ai lu

Suite à l'article de Guillaume, voici le deuxième article de la rubrique J’ai lu, portant sur le livre « Bioinformatique – Génomique et post-génomique ». Bioinformatique – Génomique et post-génomique Ouvrage de Frédéric Dardel et François Képès, professeurs à l'École polytechnique, publié en 2002 aux Éditions École polytechnique. Une partie de l’œuvre est disponible sur google docs. © Éditions École Polytechnique, 2002, tous droits réservés
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