• JOBIM 2012 : interview exclusive des organisateurs

  19 mars 2012

  -

  par

  Nico M.

  dans Entretien

  

  Tous les ans, les bio­in­for­ma­ti­ciens fran­co­phones de tout hori­zons sont conviés à JOBIM (Jour­nées Ouvertes en Bio­lo­gie, Infor­ma­tique et Mathé­ma­tiques). Nous avons pro­fi­té de la proxi­mi­té des deux prin­ci­paux orga­ni­sa­teurs de l'évènement de cette année pour aller les ren­con­trer et leur poser quelques ques­tions… Syl­vain P. : "Bon­jour Pierre Peter­lon­go et Claire Lemaitre, vous orga­ni­sez […]

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• Edito

  19 mars 2012

  -

  par

  Yoann M.

  dans Editorial

  Bon­jour à tous, Nou­velle semaine qui com­mence et donc nou­veaux articles en pré­vi­sion. Tout d'abord mer­ci à tous pour votre inté­rêt.À titre d'information, nous avons dénom­bré quelques 1100 visi­teurs uniques le jour de l'annonce sur la liste de la SFBI. Mer­ci encore à eux pour ce fan­tas­tique moyen de dif­fu­sion.Notre objec­tif est donc de vous […]

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• Alignements multiples : quels logiciels choisir ?

  15 mars 2012

  -

  par

  Yoann M.

  dans Découverte

  

  Le but de cet article est de faire gagner du temps à vous, bio­in­for­ma­ti­ciens, qui comme moi auront un jour à tra­vailler sur ce large sujet que sont les ali­gne­ments mul­tiples (ou MSA pour Multiple Sequence Aligne­ments). Dans le cadre de mon tra­vail, j’ai eu à réa­li­ser des ali­gne­ments de séquences sur un nombre de séquences […]

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• Métagénomique : différences fondamentales avec la génomique

  13 mars 2012

  -

  par

  Nico M.

  dans Découverte

  

  Qu'est ce que la métagénomique ?  Depuis quelques années, la méta­gé­no­mique semble s'installer de plus en plus par­mi les sciences du vivant. Bien que plu­sieurs tech­niques et modi ope­ran­di se cachent der­rière le terme "méta­gé­no­mique", on peut y appo­ser une défi­ni­tion géné­rale : la méta­gé­no­mique vise à étu­dier l'ensemble des génomes issus d'un même milieu ain­si que […]

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• Récupérer la fiche d'un gène avec les Eutils du NCBI

  8 mars 2012

  -

  par

  Nolwenn

  dans Découverte

  En bio­in­for­ma­tique il n'est pas rare que l'on ait besoin d’accéder à des infor­ma­tions dis­po­nibles sur des bases de don­nées inter­na­tio­nales, nous ver­rons ici le cas de la banque Gene du NCBI. Avant de s'intéresser à la récu­pé­ra­tion d'une fiche d'un gène en pas­sant par les Eutils, un peu de théo­rie et d'explications sur une fiche […]

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• Edito

  7 mars 2012

  -

  par

  nahoy

  dans Editorial

  Bon­jour. Après deux semaines d'existence, bioin­fo-fr donne nais­sance à une rubrique : le jour­nal-club. Cette rubrique men­suelle nous donne l'occasion de sélec­tion­ner cer­tains papiers scien­ti­fiques d'intérêt bio­in­for­ma­tique. Je vous laisse décou­vrir plus en détails le pre­mier volet. l’équipe bioin­fo-fr

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• Revue de presse : les articles de février que vous avez (peut-être) lus

  7 mars 2012

  -

  par

  Malicia

  dans Journal Club

  

  Ce billet est le pre­mier de notre nou­velle rubrique Jour­nal Club (JC pour les intimes). Le JC est le moment où on parle de papiers récents proches des thé­ma­tiques de recherche des gens de l'équipe. La bio-infor­ma­tique n'échappe pas à cette tra­di­tion : étant un domaine en constante évo­lu­tion et pas­sion­nante ébul­li­tion, un tas d'études et nou­velles […]

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• Transformer une sortie de Blast xml en format GenBank

  6 mars 2012

  -

  par

  Aurélien C.

  dans Astuce

  

  Bon­jour, et bien­ve­nu dans mon pre­mier article concer­nant mon script Perl Blast2Gb​.pl. Ce der­nier illustre par­fai­te­ment ce qu'on peut faire faci­le­ment et rapi­de­ment avec un script Perl : du trai­te­ment de texte. Cet outil per­met de faci­li­ter la vie et de trans­for­mer une tâche labo­rieuse en un trai­te­ment rapide et effi­cace. En effet, qui ne s'est […]

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