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SQL Tips : Créer une table avec le résultat d'une requête
Lire la suite : SQL Tips : Créer une table avec le résultat d'une requêteBut : Notre but dans cette exemple est de pouvoir travailler sur une copie des lignes ayant une longueur comprisent entre 10 et 400. Mais cette astuce peux aussi être utilisée pour : Créer un clone d'une table, figer les données à un instant donné, travailler sur un sous ensemble de données, simplifier un ordre sql, etc. […]
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Présentation du master BIBS d'Orsay (Paris XI)
Lire la suite : Présentation du master BIBS d'Orsay (Paris XI)Cet article ouvre une catégorie sur les formations de bioinformatique en France (et pourquoi pas ailleurs). Je vais donc vous parler du Master que j'ai suivi : le master Bioinformatique et Biostatistiques (BIBS) d'Orsay (Paris XI) co-habilité par l’École Polytechnique. Ce master à plusieurs années mais il a sa forme actuelle pour la 2ème année consécutive. […]
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JOBIM 2012 : interview exclusive des organisateurs
Lire la suite : JOBIM 2012 : interview exclusive des organisateursTous les ans, les bioinformaticiens francophones de tout horizons sont conviés à JOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques). Nous avons profité de la proximité des deux principaux organisateurs de l'évènement de cette année pour aller les rencontrer et leur poser quelques questions… Sylvain P. : "Bonjour Pierre Peterlongo et Claire Lemaitre, vous organisez […]
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Edito
Lire la suite : EditoBonjour à tous, Nouvelle semaine qui commence et donc nouveaux articles en prévision. Tout d'abord merci à tous pour votre intérêt.À titre d'information, nous avons dénombré quelques 1100 visiteurs uniques le jour de l'annonce sur la liste de la SFBI. Merci encore à eux pour ce fantastique moyen de diffusion.Notre objectif est donc de vous […]
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Alignements multiples : quels logiciels choisir ?
Lire la suite : Alignements multiples : quels logiciels choisir ?Le but de cet article est de faire gagner du temps à vous, bioinformaticiens, qui comme moi auront un jour à travailler sur ce large sujet que sont les alignements multiples (ou MSA pour Multiple Sequence Alignements). Dans le cadre de mon travail, j’ai eu à réaliser des alignements de séquences sur un nombre de séquences […]
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Métagénomique : différences fondamentales avec la génomique
Lire la suite : Métagénomique : différences fondamentales avec la génomiqueQu'est ce que la métagénomique ? Depuis quelques années, la métagénomique semble s'installer de plus en plus parmi les sciences du vivant. Bien que plusieurs techniques et modi operandi se cachent derrière le terme "métagénomique", on peut y apposer une définition générale : la métagénomique vise à étudier l'ensemble des génomes issus d'un même milieu ainsi que […]
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Récupérer la fiche d'un gène avec les Eutils du NCBI
Lire la suite : Récupérer la fiche d'un gène avec les Eutils du NCBIEn bioinformatique il n'est pas rare que l'on ait besoin d’accéder à des informations disponibles sur des bases de données internationales, nous verrons ici le cas de la banque Gene du NCBI. Avant de s'intéresser à la récupération d'une fiche d'un gène en passant par les Eutils, un peu de théorie et d'explications sur une fiche […]
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