Bioinfo-fr.net

Les Bioinformations n°38 sont là !

19 juin 2024

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par

Les admin·e·s

dans Actualité, Bioinformatique, Editorial

Quelles sont les dernières actualités des communautés françaises de bioinformatique ? Vous saurez tout dans ce nouveau numéro des Bioinformations : https://www.bioinformations.fr C'est quoi déjà les Bioinformations ? Il s'agit d'une newsletter trimestrielle créée en 2012, à l'initiative de la Société Française de Bioinformatique (SFBI), l'association de Jeunes Bioinformaticiens de France (JeBiF) et nous-mêmes, le blog collaboratif Bioinfo-fr.net, et qui s'est élargie aujourd'hui avec la participation de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB), du Groupement De Recherche (GDR) bioinformatique moléculaire, et tout récemment du réseau MetiER en bIoinformaTique (MERIT). Elle a pour but de vous tenir informé des activités des différentes (et nombreuses) communautés…
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Coder sous Windows avec WSL2

12 juin 2024

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par

azerin

dans Didacticiel

Quand on n'a pas le choix que de coder sous Windows alors qu'on aimerait pouvoir coder sous Unix/Linux, peu d'offres sont disponibles pour développer dans des conditions correctes. Il y en a globalement 2 : soit on crée une machine virtuelle qui fait tourner son OS préféré (ce qui consomme pas mal de ressources du PC & de réglages en amont, et est interdit dans la plupart des entreprises), soit on utilise un outil Windows (qui jusqu'à il y a 2 ans était suffisamment peu fiable pour que je ne fasse pas d'article sur le sujet).La bonne nouvelle c'est que Microsoft…
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Caricature de la bioinformatique pour mon collègue IT

29 mai 2024

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par

Léopold Carron

dans Bioinformatique, Opinion

Ce blog n'est pas toujours lisible pour ma mère. Ce blog n'est pas lisible pour mes grands-parents, mais surtout, il ne l'est pas pour toi, mon collègue informaticien. Toi qui ne me comprends pas quand je te dis que je travaille sur des données de grande dimension et qui imagines des images ou du texte. Toi, mon collègue, qui ne sais pas ce qu'est un gène. Voici un petit lexique de base de quelques clichés de notre monde. Bien sûr, comme nous sommes dans un article et non un livre, tout ne sera pas dit. Mais, je suis sûr que…
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Synchronisez vos PDF Zotero sur Android

28 février 2024

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par

I. Stévant

dans Astuce, Didacticiel

[Update 06/2024] Une application Android officielle est en Bêta Test : https://play.google.com/store/apps/details?id=org.zotero.android&hl=fr Après un an d'errance, j'ai enfin réussi à synchroniser ma collection d'articles en PDF entre mon pc et ma liseuse, et surtout les annotations faites depuis ma liseuse. Bon, j'avais lâché l'affaire pendant longtemps, mais un message de @sebgra sur notre serveur Discord m'a fait remettre les mains dans le cambouis. Comme vous le savez, Zotero est un gestionnaire de références bibliographiques libre, gratuit, et multiplate-forme. L'application pour [insérez votre OS ici] vous permet non seulement de synchroniser votre bibliothèque entre plusieurs ordinateurs, mais aussi de lire et annoter…
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IA et bioinformatique : exploitons les réseaux convolutionnels (CNN)

16 février 2024

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par

Sébastien Gradit

dans Bioinformatique, Suivez l'guide

Interessons-nous aujourd'hui aux séquences d’ADN. Nous utiliserons le dataset téléchargeable ici : https://www.kaggle.com/datasets/nageshsingh/dna-sequence-dataset L'ensemble des fichiers nécessaire à cet article sont disponibles ici. Vous trouverez dans ce lot de données un ensemble de séquences d’ADN issues de 3 espèces : l’homme, le chien et le chimpanzé. Chacune de ces séquences appartient à une des 7 familles de séquences proposées. Ces 7 classes correspondent respectivement à : L’idée sera donc ici de nous placer dans un contexte de classification à classes multiples, qui diffère de la classification binaire que nous avions réalisée ici : https://bioinfo-fr.net/bioinformatique-et-ia-un-premier-pas. Nous aurons recours à un encodage des séquences afin qu’elles…
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Licence double "Informatique - Sciences de la vie" à Évry

18 janvier 2024

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par

Samuel Ortion

dans Formation

La licence double Informatique - Sciences de la vie est une formation double diplôme de l'Université Paris - Saclay dispensée à la fois à l'Université de Versailles Saint-Quentin et à l'Université d'Évry val d'Essonne. Cette formation en trois ans vise à apporter aux étudiants des compétences solides dans les deux domaines que sont la biologie et l'informatique, en vue du métier de bioinformaticien, ou dans l'un ou l'autre des domaines étudiés. Cette licence prépare aux différents masters de biologie et d'informatique, mais aussi et surtout au masters orientés bioinfo. Après cette licence, les étudiants peuvent se diriger par exemple vers…
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Qu'est-ce que la toxicogénomique ?

10 janvier 2024

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par

Léopold Carron

dans Découverte

Oyez, oyez humble lecteur, aujourd'hui je vous propose de partir en voyage dans le monde de la toxicologie. À quoi peut bien servir les données OMICS pour un toxicologue ? Hé bien, à faire de la toxicogénomique pardi ! Dans ce billet je vous propose une petite porte sur ce domaine d'application des omics et de se demander à quoi ça sert au quotidien ! C'est quoi la toxicologie ? Avant d'introduire plus en détail la toxicogénomique, il me semble intéressant de remonter d'un niveau et faire une définition simplifiée de la toxicologie. Pour un bioinformaticien/statisticien/data truc de mon espèce, un toxicologue est un…
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Bonnes fêtes de fin d'année !

19 décembre 2023

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Chers bioinfo-freurs et bioinfo-freuses, nous vous souhaitons de très bonne fêtes ! Que cette fin d'année soit aussi douce et agréable qu'une bonne tasse de chocolat chaud au coin du feu. De nôtre côté, nous disons au revoir avec la larmichette à l'oeil à notre co-fondateur et administrateur historique Yoann Mouscaz, qui part voguer sous d'autres horizons, hors du royaume de la bioinfo. Nous lui souhaitons gloire, réussite, et plein de bonheur. Sans lui, nous n'existerions pas. Gros big up vieille branche ! À cette occasion, côté admin nous sommes en plein remaniement. Le mois de janvier sera riche de discussions afin…
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