• De beaux outils pour la rentrée

  7 octobre 2021

  -

  par

  Les admin·e·s

  dans Editorial

  Comme chaque année, le blog rentre en déca­lé pour mieux se res­sour­cer ! Nos auteurs sont à bloc et on espère voir de nom­breux contri­bu­teurs les rejoindre pour tou­jours plus d'articles de qua­li­té. Que vous soyez étu­diant, tech­ni­cien, ingé­nieur, cher­cheur, auto­di­dacte, vous pou­vez tous venir nous par­ler de votre champ de recherche, d'une nou­veau­té lue, d'un […]

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• Introduction à la manipulation d'intervalles dans R

  7 octobre 2021

  -

  par

  Jonathan Kitt

  dans Suivez l'guide

  

  Introduction "Quelle est la pro­fon­deur de ce séquen­çage ?" "Quelle pro­por­tion de SNPs se situent dans des exons ?" "Y a‑t-il des pics dans ces don­nées de ChIP-seq ?" "Quelle pro­por­tion de pro­mo­teurs che­vauchent des îlots CpG ?" Voi­là le genre de ques­tions ren­con­trées fré­quem­ment en bio­in­for­ma­tique. Nous pou­vons y répondre à l'aide de la […]

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• Métabarcodes de l'ADN environnemental

  30 septembre 2021

  -

  par

  Pierre-Edouard Guerin

  dans Découverte

  

  L'une des tech­no­lo­gies en géno­mique les plus pro­met­teuses pour l'évaluation de la bio­di­ver­si­té est le méta­bar­code (de l'anglais meta­bar­co­ding) de l'ADN envi­ron­ne­men­tal (ADNe). J'ai tra­vaillé lon­gue­ment sur ces méthodes et déve­lop­pé plu­sieurs work­flows pour trai­ter et ana­ly­ser les don­nées de méta­bar­codes. J'ai notam­ment été en charge du trai­te­ment des don­nées géno­miques récol­tées par l’expédition scien­ti­fique […]

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• Choisir entre R et Python en bioinformatique ? Regards croisés entre collègues enseignants-chercheurs

  22 septembre 2021

  -

  par

  Gaëlle Lelandais

  dans Opinion

  

  Gaëlle Lelan­dais et Pierre Pou­lain Qui sommes-nous ? Tous les deux pas­sion­nés par l’enseignement, les pro­blé­ma­tiques de big data et d’analyse de don­nées en bio­lo­gie, nous nous côtoyons pro­fes­sion­nel­le­ment depuis 15 ans, avec écoute et bien­veillance. Si l’étiquette de « bio­in­for­ma­ti­cien » nous est sou­vent attri­buée, nous sommes pour­tant très dif­fé­rents. Je (Gaëlle) tra­vaille sur des pro­blé­ma­tiques de […]

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• On s'en va se reposer au soleil

  29 juillet 2021

  -

  par

  Les admin·e·s

  dans Editorial

  

  Juillet est déjà bien­tôt ter­mi­né, cer­tains de nos auteurs sont déjà en ran­don­née en mon­tagne ou les pieds dans le sable, alors il est temps de faire notre pause esti­vale ! On se revoit à la ren­trée avec tout plein de super articles qu'on a déjà en stock. Au pro­gramme : un échange d'avis sur R et […]

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• Pourquoi écrire sur un blog communautaire ?

  28 juillet 2021

  -

  par

  Léopold Carron

  dans Opinion

  

  7 ans… 7 ans entre l'écriture de mon pre­mier article ici et aujourd'hui. De cette longue route m'est venue l'envie de faire un billet per­son­nel sur pour­quoi à mon sens, un blog com­mu­nau­taire a plus d'importance qu'un blog per­son­nel. Les réflexions qui suivent sont tota­le­ment per­son­nelles et n'engagent que moi. * Mon histoire sur ce […]

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• Pourquoi certains fichiers FASTQ finissent par 001 ?

  17 juin 2021

  -

  par

  Guillaume Devailly

  dans Découverte

  

  Sur le chan IRC du blog, un de nos membres se deman­dait pour­quoi les noms de fichiers FASTQ devait finir par _001.fastq sur la pla­te­forme de cloud com­pu­ting d'Illumina BaseS­pace. Mais avant de répondre à cette ques­tion pres­sante, repar­tons du début. Les fichiers FASTQ En cette période de domi­na­tion du séquen­çage haut débit de l'ADN, […]

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• Migration de notre IRC de Freenode vers Libera

  16 juin 2021

  -

  par

  bjonnh bjonnh

  dans Actualité

  

  Vous le savez sûre­ment, Bioin­fo-fr ce n'est pas qu'un blog, c'est aus­si un salon de dis­cus­sion (ou chat) en ligne pour dis­cu­ter en direct. His­to­ri­que­ment, notre salon IRC (Inter­net Relay Chat) #bioin­fo-fr était héber­gé sur un réseau nom­mé Free­node, dédié aux pro­jets et logi­ciels libres en tous genres. Ce réseau fon­dé en 1994, comp­tait en […]

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