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La diversité des algorithmes de clustering
Lire la suite : La diversité des algorithmes de clusteringIntroduction Cette plante est-elle comestible ? Cet animal est-il dangereux ? Classer des choses similaires dans une même catégorie et des choses dissimilaires dans différentes catégories est une idée intuitive que les enfants pratiquent dès le plus jeune âge. On utilise ainsi le même mot, « une chaise » par exemple, pour désigner une très grande variété d’objets possédant […]
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R : Convertir des Ensembl IDs en symboles de gènes
Lire la suite : R : Convertir des Ensembl IDs en symboles de gènesLorsque l'on traite des données de RNA-seq, il arrive très souvent de se retrouver avec une matrice de quantification de l'expression des gènes (un tableau avec le nombre de reads par gène) dont le nom des gènes est représenté par leur identifiant (ou ID) de chez Ensembl (ex. : "ENSG00000128573") et non par leurs symboles […]
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Pause estivale
Lire la suite : Pause estivaleC'est la période des vacances aussi pour Bioinfo-fr.net ! Nous mettons en pause le blog jusqu'à la rentrée prochaine afin de faire le plein d'énergie et de vitamine D. Retrouvez-nous en septembre pour une nouvelle saison que l'on espère riche en échanges et en partages autour de la bioinformatique. Nous restons cependant actifs sur nos réseaux […]
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Dans l'antre des réseaux : Principes et perspectives dans la biologie
Lire la suite : Dans l'antre des réseaux : Principes et perspectives dans la biologieAvant d'aller plus loin sur ce billet, je souhaite préciser que je ne connais absolument pas tout sur la théorie des graphes. Ceci n'est qu'une modeste introduction, visant soit à inspirer de nouvelles idées pour de futurs articles, soit à susciter un simple "Hmmm… intéressant." chez le lecteur. Mes connaissances sont assez limitées à ce […]
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R : représenter des genomic tracks avec Gviz
Lire la suite : R : représenter des genomic tracks avec GvizSi vous analysez des données d'épigénomique telles que de l'ATAC-seq ou des ChIP-seq, vous souhaitez sûrement pouvoir représenter des exemples de pics sous forme de genomic tracks comme on en voit souvent dans les publications. Lorsque l'on inspecte ses données de coverage (ou couverture), on charge généralement le fichier Bam ou le fichier BigWig dans […]
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Appel à contribution
Lire la suite : Appel à contributionVous étiez nombreux à JOBIM 2024 à nous écouter présenter Bioinfo-fr et à vous inscrire sur notre serveur Discord. Merci à vous, et nous espérons que vous passerez de bons moments et que vous trouverez toute l'aide dont vous avez besoin, que ce soit sur le blog ou sur les réseaux. Dans le but de […]
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Les Bioinformations n°38 sont là !
Lire la suite : Les Bioinformations n°38 sont là !Quelles sont les dernières actualités des communautés françaises de bioinformatique ? Vous saurez tout dans ce nouveau numéro des Bioinformations : https://www.bioinformations.fr C'est quoi déjà les Bioinformations ? Il s'agit d'une newsletter trimestrielle créée en 2012, à l'initiative de la Société Française de Bioinformatique (SFBI), l'association de Jeunes Bioinformaticiens de France (JeBiF) et nous-mêmes, le blog collaboratif Bioinfo-fr.net, […]
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Coder sous Windows avec WSL2
Lire la suite : Coder sous Windows avec WSL2Quand on n'a pas le choix que de coder sous Windows alors qu'on aimerait pouvoir coder sous Unix/Linux, peu d'offres sont disponibles pour développer dans des conditions correctes. Il y en a globalement 2 : soit on crée une machine virtuelle qui fait tourner son OS préféré (ce qui consomme pas mal de ressources du PC […]
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