Bioinfo-fr.net

Comment l'étude des intensités d'expression de gène a évolué avec les technologies de transcriptomique ?

22 janvier 2025

-

par

Gwenaelle

dans Découverte

Cet article est en partie basé sur mon introduction de thèse [0], reformatée pour convenir au format du blog et agrémentée des nouvelles informations pour ne pas être un simple catalogue de connaissances. Qu'il s'agisse du génome entier, du génome de tissus ou du génome de cellules spécifiques, l'étude de la quantité de transcrits produits, ou transcriptome, a permis à la recherche en biologie et bioinfo de mieux comprendre le fonctionnement basal et sain de ces entités [1,2]. Un rapide historique L'ARN est une de ces molécules biologiques casse-pieds : sa stabilité est faible et sa dégradation rapide en raison des…
Lire la suite : Comment l'étude des intensités d'expression de gène a évolué avec les technologies de transcriptomique ?
Édito : Bioinfo-fr vous souhaite la bonne année 2025

14 janvier 2025

-

par

Les admin·e·s

dans Editorial

Chers lecteurs, chères lectrices, la nouvelle année commence, et vous avez peut-être (ou pas) pris de bonnes résolutions. La nôtre est de vous offrir la meilleure plateforme de communication possible autours de la bioinfo. Bioinfo-fr existe pour vous, et vie grâce à vous, et nous vous en sommes profondément reconnaissants. Nous essayons de vous fournir la meilleure expérience possible aussi bien sur le blog que sur nos réseaux. N'hésitez pas à nous contacter, soit par mail, soit sur les réseaux, pour nous faire part de vos propositions ou doléances, nous ferons tout notre possible pour nous améliorer. Et vous, quelles…
Lire la suite : Édito : Bioinfo-fr vous souhaite la bonne année 2025
Les Bioinformations n°40 sont là !

20 décembre 2024

-

par

Les admin·e·s

dans Actualité, Astuce, Bioinformatique

Quelles sont les dernières actualités des communautés françaises de bioinformatique ? Vous saurez tout dans ce nouveau numéro des Bioinformations : https://www.bioinformations.fr C'est quoi déjà les Bioinformations ? Il s'agit d'une newsletter trimestrielle créée en 2012, à l'initiative de la Société Française de Bioinformatique (SFBI), l'association de Jeunes Bioinformaticiens de France (JeBiF) et nous-mêmes, le blog collaboratif Bioinfo-fr.net, et qui s'est élargie aujourd'hui avec la participation de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB), du Groupement De Recherche (GDR) bioinformatique moléculaire, et tout récemment du réseau MetiER en bIoinformaTique (MERIT). Elle a pour but de vous tenir informé des activités des différentes (et nombreuses) communautés…
Lire la suite : Les Bioinformations n°40 sont là !
Chronique d'une soumission de données à GEO

18 décembre 2024

-

par

I. Stévant

dans Bioinformatique, Didacticiel

Je vais vous raconter étape par étape ma soumission de données de séquençage à la base de données de génomique GEO (Gene Expression Omnibus) d'un projet en cours de finition. Sommaire GEO, Qu'est-ce que c'est ? Lorsque l'on veut publier les résultats d'une étude comprenant du séquençage haut débit, nous devons publier les données brutes et "pré-processées" sur un site de dépôt de données publiques. De là, n'importe quel chercheur peut accéder à ces données, vérifier la justesse de notre étude, ou bien réanalyser les données dans le cadre de leurs propres projets. Les deux dépôts les plus connus sont ArrayExpress,…
Lire la suite : Chronique d'une soumission de données à GEO
Concours CRCN-CNRS 2025

13 novembre 2024

-

par

I. Stévant

dans Actualité, Brèves

Comme tous les ans, le CNRS ouvre de nouveaux postes permanents de chargé de recherche au concours, et comme chaque année, la communication autours du concours est une vraie nébuleuse. D'après l'INS2I (branche sciences informatiques du CNRS), la campagne 2025 devrait s'ouvrir ce 9 décembre et se clôturer le 8 janvier 2025 : https://www.ins2i.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/concours-chercheurs-2025-liste-des-postes-abondes-par-cnrs-sciences-informatiques Il s'agit des dates de dépôt du dossier de candidature, qui consiste en un rapport sur votre parcours et vos travaux de recherches passés, ainsi qu'un projet de recherche devant proposer un projet innovant ciblant un ou plusieurs laboratoires d'accueil potentiels. Le nombre de postes ouverts par…
Lire la suite : Concours CRCN-CNRS 2025
Les pièges mentaux à éviter pour les plus jeunes chercheurs

13 novembre 2024

-

par

Léopold Carron

dans Bioinformatique, Opinion

Aujourd'hui, j'aimerais exprimer une opinion que je ne vois pas et qui fait suite à quelques conseils données aux doctorants dans ce blog. Ce message s'adresse à tous, dans une communauté à laquelle je n'appartiens plus vraiment n'étant plus dans l'académique. Nous évoquerons ici certains clichés que j'ai entendu. Un jour on est jeune, on fait sa thèse, on est recruté. Le lendemain on encadre un doctorant, puis un autre. La réalité des doctorants, des stagiaires d'aujourd'hui n'est plus la même que celle d'hier. Du haut de mes 32 ans, jours ou je finalise ces lignes, la réalité que j'ai…
Lire la suite : Les pièges mentaux à éviter pour les plus jeunes chercheurs
Le jeu de la vie — comment un jeu peut-il aider la biologie ?

16 octobre 2024

-

par

Ista

dans Découverte

À la suite d'un projet réalisé durant ma deuxième année de master, et après avoir vu une excellente vidéo sur ce sujet, j'ai eu envie de partager également ce jeu, aux règles simples, créant la complexité. Ce billet n'a aucun but exhaustif et j'espère qu'il apportera de nouvelles pistes de réflexion pour de futurs chercheurs ou bien des vétérans de laboratoires ! Le Jeu de la vie : Game of life En 1970, John Horton Conway, un professeur de mathématiques à Cambridge, crée une simulation mathématique intitulée "Game of Life". Cette simulation possède des caractéristiques très simples à comprendre, mais qui peut…
Lire la suite : Le jeu de la vie — comment un jeu peut-il aider la biologie ?
Les IA génératives ne sont pas vos amies !

9 octobre 2024

-

par

Pierre Marijon

dans Bioinformatique, Opinion

Cher journal, je t'écris pour répondre à un billet que tu as publié plus tôt. Pour le résumer avec un peu de mauvaise foi : utiliser des IA génératives, c'est trop cool. Contexte ? Je ne vais ici parler que d'IA générative, pas d'autres méthodes d'IA comme celles qui permettent de faire de la classification ou du repliement de protéines1. Je ne suis pas un expert en IA et je n'utilise pas d'IA générative, je n'ai donc qu'un point de vue extérieur alimenté par les différentes vulgarisations auquel je n'ai pas pu échapper. De plus, comme vous l'avez sans doute déjà noté,…
Lire la suite : Les IA génératives ne sont pas vos amies !