Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012
Qui sommes nous ?
Une communauté d'étudiants et de professionnels
Une base d'articles libres pour tous niveaux
Des salons de discussion actifs au quotidien
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Introduction à la manipulation d'intervalles dans R
Introduction "Quelle est la profondeur de ce séquençage ?" "Quelle proportion de SNPs se situent dans des exons ?" "Y a‑t-il des pics dans ces données de ChIP-seq ?" "Quelle proportion de promoteurs chevauchent des îlots CpG ?" Voilà le genre de questions rencontrées fréquemment en bioinformatique. Nous pouvons y répondre à l'aide de la…
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Métabarcodes de l'ADN environnemental
L'une des technologies en génomique les plus prometteuses pour l'évaluation de la biodiversité est le métabarcode (de l'anglais metabarcoding) de l'ADN environnemental (ADNe). J'ai travaillé longuement sur ces méthodes et développé plusieurs workflows pour traiter et analyser les données de métabarcodes. J'ai notamment été en charge du traitement des données génomiques récoltées par l’expédition scientifique…
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Choisir entre R et Python en bioinformatique ? Regards croisés entre collègues enseignants-chercheurs
Gaëlle Lelandais et Pierre Poulain Qui sommes-nous ? Tous les deux passionnés par l’enseignement, les problématiques de big data et d’analyse de données en biologie, nous nous côtoyons professionnellement depuis 15 ans, avec écoute et bienveillance. Si l’étiquette de « bioinformaticien » nous est souvent attribuée, nous sommes pourtant très différents. Je (Gaëlle) travaille sur des problématiques de…
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On s'en va se reposer au soleil
Juillet est déjà bientôt terminé, certains de nos auteurs sont déjà en randonnée en montagne ou les pieds dans le sable, alors il est temps de faire notre pause estivale ! On se revoit à la rentrée avec tout plein de super articles qu'on a déjà en stock. Au programme : un échange d'avis sur R et…
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Pourquoi écrire sur un blog communautaire ?
7 ans… 7 ans entre l'écriture de mon premier article ici et aujourd'hui. De cette longue route m'est venue l'envie de faire un billet personnel sur pourquoi à mon sens, un blog communautaire a plus d'importance qu'un blog personnel. Les réflexions qui suivent sont totalement personnelles et n'engagent que moi. * Mon histoire sur ce…
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Pourquoi certains fichiers FASTQ finissent par 001 ?
Sur le chan IRC du blog, un de nos membres se demandait pourquoi les noms de fichiers FASTQ devait finir par _001.fastq sur la plateforme de cloud computing d'Illumina BaseSpace. Mais avant de répondre à cette question pressante, repartons du début. Les fichiers FASTQ En cette période de domination du séquençage haut débit de l'ADN,…
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Migration de notre IRC de Freenode vers Libera
Vous le savez sûrement, Bioinfo-fr ce n'est pas qu'un blog, c'est aussi un salon de discussion (ou chat) en ligne pour discuter en direct. Historiquement, notre salon IRC (Internet Relay Chat) #bioinfo-fr était hébergé sur un réseau nommé Freenode, dédié aux projets et logiciels libres en tous genres. Ce réseau fondé en 1994, comptait en…
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Installer JupyterHub pour des Notebooks hébergés sur votre serveur
Vous connaissez sans doute déjà les notebooks Jupyter [1], ces documents web où l'on peut rédiger du contenu en Markdown, pouvant contenir des formules mathématiques en LaTeX, mêlées à des cellules de code Python, (ou R, Julia etc.) que l'on peut exécuter au cas par cas de façon interactive. Ils sont pas mal utilisés en…
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Organiser une conférence en ligne : trucs et astuces
Organiser une conférence est complexe. Mais organiser une conférence en ligne… c'est TRÈS complexe. Si l'ordinateur qui diffuse la conférence plante… comment prévenir l'audience ? La moindre erreur technique fait d'avantage peur car il devient plus difficile de rebondir et d’expliquer l'issue à la 'salle'. Aujourd'hui je vous propose un partage de toutes les stratégies envisagées pour…