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Qu'est-ce que la toxicogénomique ?
Lire la suite : Qu'est-ce que la toxicogénomique ?Oyez, oyez humble lecteur, aujourd'hui je vous propose de partir en voyage dans le monde de la toxicologie. À quoi peut bien servir les données OMICS pour un toxicologue ? Hé bien, à faire de la toxicogénomique pardi ! Dans ce billet je vous propose une petite porte sur ce domaine d'application des omics et de se […]
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Bonnes fêtes de fin d'année !
Lire la suite : Bonnes fêtes de fin d'année !Chers bioinfo-freurs et bioinfo-freuses, nous vous souhaitons de très bonne fêtes ! Que cette fin d'année soit aussi douce et agréable qu'une bonne tasse de chocolat chaud au coin du feu. De nôtre côté, nous disons au revoir avec la larmichette à l'oeil à notre co-fondateur et administrateur historique Yoann Mouscaz, qui part voguer sous d'autres […]
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Pourquoi je ne lis pas tous les CVs de la même manière
Lire la suite : Pourquoi je ne lis pas tous les CVs de la même manièreDans un précédent billet je me suis laissé vagabonder autour de l'idée qu'un bioinformaticien était un data truc comme un autre. Dans ces lignes je vais exprimer pourquoi il est important à mon sens de bien travailler son CV… et ce qui personnellement me fait réfléchir sur la forme de CV liée à nos métiers. […]
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Les mystérieuses cités d'or
Lire la suite : Les mystérieuses cités d'orLa bioinformatique est un domaine de recherche donc, avec régulièrement de nouveaux logiciels et très souvent* votre premier contact avec ce nouveau logiciel se fait via la forge logiciel GitHub. Sur GitHub la première chose que l'utilisateur voit c'est le Readme (pour plus de détails sur ce fichier aller lire cet excellent billet de blog). […]
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Bioinformatique et IA : un premier pas
Lire la suite : Bioinformatique et IA : un premier pasIntelligence Artificielle, Machine Learning, Deep-Learning, quid du Data-Scientist Intelligence artificielle (IA), Machine learning (Apprentissage machine, pour les francophones), Deep-learning (Apprentissage profond), autant de termes si étrangers et familiers à la fois… Comment se retrouver dans cette jungle de termes techniques ? Commençons par définir ce qu'est l'IA. Base de science-fiction pour certains, source d'inquiétudes pour d'autres, […]
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De bioinformaticien à data scientist, un simple pas ?
Lire la suite : De bioinformaticien à data scientist, un simple pas ?Nombreux parmi nous se retrouvent un jour en fin de master/thèse ou postdoc de bioinformatique. A ce moment là, dans les difficultés de la recherche d'emplois on vient à se demander : "Et si je postulais à toutes ces offres de data scientist ?"Dans ces lignes, je vais donner mon avis de manière libre, sur pourquoi […]
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Créer une documentation automatique avec Doxygen et Sphinx en CI/CD GitLab
Lire la suite : Créer une documentation automatique avec Doxygen et Sphinx en CI/CD GitLabJe me suis amusé à écrire une mini librairie C++ pour l'algèbre linéaire (matrices et vecteurs, …) et j'ai eu envie de générer une documentation à partir du code source. Je me suis renseigné un peu et j'ai découvert Doxygen, un outil écrit en C++ qui permet de générer de la documentation à partir des […]
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Fréquences des dinucléotides dans le génome d'organismes modèles
Lire la suite : Fréquences des dinucléotides dans le génome d'organismes modèlesL'analyse de séquences est au cœur de nombreux domaines de la bio-informatique. Le billet du jour s'intéressera aux séquences ADN, en se proposant de compter la fréquence en dinucléotides dans quelques génomes d'organismes modèles (avec une petite arrière-pensée derrière la tête). Qu'est-ce qu'un dinucléotide ? L'ADN double brins est classiquement structuré sous forme de double hélice, […]
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