• Les mystérieuses cités d'or

  21 juin 2023

  -

  par

  Pierre Marijon

  dans Découverte

  

  La bio­in­for­ma­tique est un domaine de recherche donc, avec régu­liè­re­ment de nou­veaux logi­ciels et très souvent​​*​ votre pre­mier contact avec ce nou­veau logi­ciel se fait via la forge logi­ciel GitHub. Sur GitHub la pre­mière chose que l'utilisateur voit c'est le Readme (pour plus de détails sur ce fichier aller lire cet excellent billet de blog). […]

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• Bioinformatique et IA : un premier pas

  14 juin 2023

  -

  par

  Sébastien Gradit

  dans Suivez l'guide

  

  Intelligence Artificielle, Machine Learning, Deep-Learning, quid du Data-Scientist Intel­li­gence arti­fi­cielle (IA), Machine lear­ning (Appren­tis­sage machine, pour les fran­co­phones), Deep-lear­ning (Appren­tis­sage pro­fond), autant de termes si étran­gers et fami­liers à la fois… Com­ment se retrou­ver dans cette jungle de termes tech­niques ? Com­men­çons par défi­nir ce qu'est l'IA. Base de science-fic­tion pour cer­tains, source d'inquiétudes pour d'autres, […]

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• De bioinformaticien à data scientist, un simple pas ?

  7 juin 2023

  -

  par

  Léopold Carron

  dans Opinion

  

  Nom­breux par­mi nous se retrouvent un jour en fin de master/​thèse ou post­doc de bio­in­for­ma­tique. A ce moment là, dans les dif­fi­cul­tés de la recherche d'emplois on vient à se deman­der : "Et si je pos­tu­lais à toutes ces offres de data scien­tist ?"Dans ces lignes, je vais don­ner mon avis de manière libre, sur pour­quoi […]

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• Créer une documentation automatique avec Doxygen et Sphinx en CI/​CD GitLab

  2 juin 2023

  -

  par

  Samuel Ortion

  dans Didacticiel

  

  Je me suis amu­sé à écrire une mini librai­rie C++ pour l'algèbre linéaire (matrices et vec­teurs, …) et j'ai eu envie de géné­rer une docu­men­ta­tion à par­tir du code source. Je me suis ren­sei­gné un peu et j'ai décou­vert Doxy­gen, un outil écrit en C++ qui per­met de géné­rer de la docu­men­ta­tion à par­tir des […]

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• Fréquences des dinucléotides dans le génome d'organismes modèles

  8 septembre 2022

  -

  par

  Guillaume Devailly

  dans Suivez l'guide

  

  L'analyse de séquences est au cœur de nom­breux domaines de la bio-infor­ma­tique. Le billet du jour s'intéressera aux séquences ADN, en se pro­po­sant de comp­ter la fré­quence en dinu­cléo­tides dans quelques génomes d'organismes modèles (avec une petite arrière-pen­sée der­rière la tête). Qu'est-ce qu'un dinucléotide ? L'ADN double brins est clas­si­que­ment struc­tu­ré sous forme de double hélice, […]

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• Bioin​fo​-fr​.net débarque sur Discord

  5 septembre 2022

  -

  par

  Gwenaelle

  dans Actualité

  

  TLDR ; pour les impa­tients, c'est par là : https://​bioin​fo​-fr​.net/​d​i​s​c​ord On sait, on sait, ça fait des années qu'on nous répète que notre IRC c'est un truc de vieux bar­bus, que plus per­sonne ne veut s'y mettre, que c'est dépas­sé. On y pense depuis un moment à rajou­ter ce nou­veau canal de com­mu­ni­ca­tion, mais il nous fal­lait […]

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• Installer Overleaf pour des documents LaTeX collaboratifs sur votre serveur

  1 septembre 2022

  -

  par

  Samuel Ortion

  dans Didacticiel

  

  Over­leaf est le suc­ces­seur de Sha­re­La­TeX, il résulte de la fusion de l'ancienne ver­sion d'Overleaf avec Sha­re­La­TeX. Il per­met d'éditer des docu­ments LaTeX en col­la­bo­ra­tif [1]. L'interface se divise en trois par­ties. Un ban­deau pour navi­guer dans les fichiers du pro­jet, un édi­teur de texte avec colo­ra­tion syn­taxique, et sug­ges­tion de com­mandes LaTeX au fur […]

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• Manipulation d'intervalles génomiques dans R

  29 juin 2022

  -

  par

  Jonathan Kitt

  dans Suivez l'guide

  

  Introduction Nous avons abor­dé, dans le pré­cé­dent article de cette série, les bases de la mani­pu­la­tion d'intervalles dans R. Ce deuxième article a pour objec­tif de mon­trer com­ment mani­pu­ler des inter­valles géno­miques. Au niveau le plus basique, un inter­valle est défi­ni par deux nombres entiers posi­tifs déli­mi­tant son début et sa fin. Nous allons pou­voir […]

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