Bioinfo-fr.net

Les Bioinformations n°39 sont là !

3 octobre 2024

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par

Les admin·e·s

dans Actualité, Bioinformatique, Editorial

Quelles sont les dernières actualités des communautés françaises de bioinformatique ? Vous saurez tout dans ce nouveau numéro des Bioinformations : https://www.bioinformations.fr C'est quoi déjà les Bioinformations ? Il s'agit d'une newsletter trimestrielle créée en 2012, à l'initiative de la Société Française de Bioinformatique (SFBI), l'association de Jeunes Bioinformaticiens de France (JeBiF) et nous-mêmes, le blog collaboratif Bioinfo-fr.net, et qui s'est élargie aujourd'hui avec la participation de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB), du Groupement De Recherche (GDR) bioinformatique moléculaire, et tout récemment du réseau MetiER en bIoinformaTique (MERIT). Elle a pour but de vous tenir informé des activités des différentes (et nombreuses) communautés…
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Ne devenez pas un dinosaures : adoptez un copilot !

2 octobre 2024

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par

Léopold Carron

dans Opinion

Sauf si vous vivez dans une grotte, sur une planète sans ordinateur ni télévision, le terme ChatGPT doit maintenant résonner à vos oreilles comme le dernier jouet à la mode. Après avoir fait des ravages considérables dans le domaine du traitement du langage, de l'imagerie et de nombreux autres domaines, le Deep Learning est en train de bouleverser durablement notre quotidien avec le nouveau cycle de la révolution : l'IA générative. Aujourd'hui, j'aimerais aborder avec vous plusieurs points. En commençant par la manière dont je perçois la recherche académique sur l'IA générative, j'aimerais ensuite mettre en avant un outil qui, je…
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La diversité des algorithmes de clustering

25 septembre 2024

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par

Évoluscope

dans Bioinformatique, Découverte

Introduction Cette plante est-elle comestible ? Cet animal est-il dangereux ? Classer des choses similaires dans une même catégorie et des choses dissimilaires dans différentes catégories est une idée intuitive que les enfants pratiquent dès le plus jeune âge. On utilise ainsi le même mot, « une chaise » par exemple, pour désigner une très grande variété d’objets possédant toutefois un certain nombre de propriétés communes : objet artificiel, permettant de s’asseoir, conçu pour une seule personne, possédant quatre pieds, un dossier, suffisamment étroit pour s’encastrer sous une table. Mais ces catégories à la fois subjectives et floues des langues naturelles sont généralement inadéquates pour…
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R : Convertir des Ensembl IDs en symboles de gènes

18 septembre 2024

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par

I. Stévant

dans Astuce, Bioinformatique, Didacticiel

Lorsque l'on traite des données de RNA-seq, il arrive très souvent de se retrouver avec une matrice de quantification de l'expression des gènes (un tableau avec le nombre de reads par gène) dont le nom des gènes est représenté par leur identifiant (ou ID) de chez Ensembl (ex. : "ENSG00000128573") et non par leurs symboles (ex. : "Foxp2", le gène de la parole). Afin de donner du sens à nos résultats et faire de belles figures pour les publications, nous devons transformer les IDs en symboles de gènes. Il y a 2 façons de faire : C'est cette dernière solution que…
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Pause estivale

24 juillet 2024

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

C'est la période des vacances aussi pour Bioinfo-fr.net ! Nous mettons en pause le blog jusqu'à la rentrée prochaine afin de faire le plein d'énergie et de vitamine D. Retrouvez-nous en septembre pour une nouvelle saison que l'on espère riche en échanges et en partages autour de la bioinformatique. Nous restons cependant actifs sur nos réseaux Discord et Matrix si vous souhaitez nous contacter ou nous raconter votre été. À très vite, Vos admin·e·s chéri·e·s
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Dans l'antre des réseaux : Principes et perspectives dans la biologie

17 juillet 2024

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par

Ista

dans Astuce, Bioinformatique, Brèves

Avant d'aller plus loin sur ce billet, je souhaite préciser que je ne connais absolument pas tout sur la théorie des graphes. Ceci n'est qu'une modeste introduction, visant soit à inspirer de nouvelles idées pour de futurs articles, soit à susciter un simple "Hmmm… intéressant." chez le lecteur. Mes connaissances sont assez limitées à ce sujet, les cours que j'ai eues commençant à dater. La théorie des graphes : Kezako ? La théorie des graphes est un sujet de recherche en mathématiques et informatique qui étudie… les graphes. Surprenant, non ? Elle prend racine avec Euler et le problème des ponts de Königsberg,…
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R : représenter des genomic tracks avec Gviz

10 juillet 2024

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par

I. Stévant

dans Astuce, Découverte

Si vous analysez des données d'épigénomique telles que de l'ATAC-seq ou des ChIP-seq, vous souhaitez sûrement pouvoir représenter des exemples de pics sous forme de genomic tracks comme on en voit souvent dans les publications. Lorsque l'on inspecte ses données de coverage (ou couverture), on charge généralement le fichier Bam ou le fichier BigWig dans notre navigateur de génome préféré (pour ma part IGV, mais aussi IGB ou UCSC). Après quelques paramétrages, on peut visualiser et comparer plusieurs échantillons ensemble comme dans l'exemple ci-dessous : IGV, c'est super pratique pour inspecter ses données, se balader le long du génome et regarder…
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Appel à contribution

3 juillet 2024

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Vous étiez nombreux à JOBIM 2024 à nous écouter présenter Bioinfo-fr et à vous inscrire sur notre serveur Discord. Merci à vous, et nous espérons que vous passerez de bons moments et que vous trouverez toute l'aide dont vous avez besoin, que ce soit sur le blog ou sur les réseaux. Dans le but de redynamiser l'activité du blog, nous avons besoin d'auteurs, mais aussi de relecteurs pour les articles. N'hésitez pas à nous faire savoir si vous souhaitez participer ! Petit rappel de notre mode de fonctionnement : Pour contribuer au blog, il nous faut vous créer un compte. Pour cela,…
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