Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012
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Des salons de discussion actifs au quotidien
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C'est le printemps, on refait sa garde robe !
Cela fait un an maintenant que la boutique du blog est disponible, il est temps de renouveler les modèles pour que vous puissiez défiler fièrement dans la rue, dans vos labo, dans vos facs avec vos nouveaux t‑shirts, tote bags, ou encore mugs et tapis de souris. On vous propose de nouveaux modèles en plus :…
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9 ans, c'est pas tout neuf ! Et si c'était la dernière ?
Cette année nous n'avons pas soufflé notre neuvième bougie car ce n'est "pas très COVID". Cette année nous avons regardé derrière nous et nous avons été plutôt fiers de tout ce que nous avons pu faire ici, tous ensemble. Et cette année enfin et surtout nous nous sommes demandés si cela n'allait pas être la…
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Meet-4EU+, le bilan !
Bien le bonjour amis lecteurs. Pour le billet du jour je vous propose une visite dans les coulisses d'un cours/projet déroulé cette année à l'université de la Sorbonne : Meet-4EU+. J'apporterai ainsi mon regard sur l'organisation de cette année, agrémentée de quelques petites anecdotes subjectives. L'idée de ce cours est de proposer aux étudiants de master…
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Big Day 2020 : Invitation à un événement de partage autour de la bioinformatique
Que faites-vous le vendredi 27 novembre prochain ? Et pourquoi ne pas réserver ce jour pour découvrir le Big Day 2020 ? C’est un événement gratuit, organisé par des étudiant⋅e⋅s pour des étudiant⋅e⋅s, mais aussi pour n’importe quelle personne intéressée par le domaine de la bioinformatique. Qu'est-ce que le Big Day ? Le Big Day se veut être…
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La transcriptomique spatiale
Non, on ne va pas partir faire du RNA-seq dans la station spatiale internationale, rassurez-vous. Je vais vous parler de cette (relativement) nouvelle technique qui permet en une seule expérience de mesurer l'expression des gènes et de localiser cette expression dans un organe plus ou moins complexe. Pour faire une analyse à large échelle du…
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Rentrée masquée
Tout comme cet été la rentrée 2020 s'annonce très spéciale. Nous revenons malgré tout pour entamer la route vers notre 9ème année à vos côtés.On espère que vous et vos proches allez tous bien et que le coronavirus aura su vous laisser tranquille.Comme beaucoup de scientifiques, nous préconisons le port du masque comme mesure barrière contre…
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Qu'est ce qu'un TAD ? (Topological associated domain)
Dans l'article précédent, j'ai parlé des différentes échelles d'organisation de la chromatine mais me suis attardé sur les échelons les plus grands. Cette observation globale de la carte a alors permis de définir la notion de compartiment génomique. Mais comment l'ADN s'organise localement ? Qu'observe-t-on sur une carte de contact chromosomique en zoomant finement sur une…
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Pourquoi et comment déposer un package R sur Bioconductor ?
Ça y est, votre code R un poil brut commence à avoir de la substance et vous envisagez d'en faire un outil à part entière. Comme tout bioinformaticien qui se respecte, vous envisagez donc de packager (ou paqueter en français) proprement cet ensemble de scripts R. Non on ne largue pas une nuée de scripts…
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Créer des Heatmaps à partir de grosses matrices en R
En génomique, et sans doute dans tout un tas d'autres domaines omiques ou big data, nous essayons souvent de tracer des grosses matrices sous forme d'heatmap. Par grosse matrice, j'entends une matrice dont le nombre de lignes et/ou de colonnes est plus grand que le nombre de pixels sur l'écran que vous utilisez. Par exemples,…