• Créer une documentation automatique avec Doxygen et Sphinx en CI/​CD GitLab

  2 juin 2023

  -

  par

  Samuel Ortion

  dans Didacticiel

  

  Je me suis amu­sé à écrire une mini librai­rie C++ pour l'algèbre linéaire (matrices et vec­teurs, …) et j'ai eu envie de géné­rer une docu­men­ta­tion à par­tir du code source. Je me suis ren­sei­gné un peu et j'ai décou­vert Doxy­gen, un outil écrit en C++ qui per­met de géné­rer de la docu­men­ta­tion à par­tir des […]

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• Fréquences des dinucléotides dans le génome d'organismes modèles

  8 septembre 2022

  -

  par

  Guillaume Devailly

  dans Suivez l'guide

  

  L'analyse de séquences est au cœur de nom­breux domaines de la bio-infor­ma­tique. Le billet du jour s'intéressera aux séquences ADN, en se pro­po­sant de comp­ter la fré­quence en dinu­cléo­tides dans quelques génomes d'organismes modèles (avec une petite arrière-pen­sée der­rière la tête). Qu'est-ce qu'un dinucléotide ? L'ADN double brins est clas­si­que­ment struc­tu­ré sous forme de double hélice, […]

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• Bioin​fo​-fr​.net débarque sur Discord

  5 septembre 2022

  -

  par

  Gwenaelle

  dans Actualité

  

  TLDR ; pour les impa­tients, c'est par là : https://​bioin​fo​-fr​.net/​d​i​s​c​ord On sait, on sait, ça fait des années qu'on nous répète que notre IRC c'est un truc de vieux bar­bus, que plus per­sonne ne veut s'y mettre, que c'est dépas­sé. On y pense depuis un moment à rajou­ter ce nou­veau canal de com­mu­ni­ca­tion, mais il nous fal­lait […]

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• Installer Overleaf pour des documents LaTeX collaboratifs sur votre serveur

  1 septembre 2022

  -

  par

  Samuel Ortion

  dans Didacticiel

  

  Over­leaf est le suc­ces­seur de Sha­re­La­TeX, il résulte de la fusion de l'ancienne ver­sion d'Overleaf avec Sha­re­La­TeX. Il per­met d'éditer des docu­ments LaTeX en col­la­bo­ra­tif [1]. L'interface se divise en trois par­ties. Un ban­deau pour navi­guer dans les fichiers du pro­jet, un édi­teur de texte avec colo­ra­tion syn­taxique, et sug­ges­tion de com­mandes LaTeX au fur […]

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• Manipulation d'intervalles génomiques dans R

  29 juin 2022

  -

  par

  Jonathan Kitt

  dans Suivez l'guide

  

  Introduction Nous avons abor­dé, dans le pré­cé­dent article de cette série, les bases de la mani­pu­la­tion d'intervalles dans R. Ce deuxième article a pour objec­tif de mon­trer com­ment mani­pu­ler des inter­valles géno­miques. Au niveau le plus basique, un inter­valle est défi­ni par deux nombres entiers posi­tifs déli­mi­tant son début et sa fin. Nous allons pou­voir […]

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• Putain, 10 ans !

  2 mars 2022

  -

  par

  Gwenaelle

  dans Bioinformatique

  

  Voi­là une décen­nie que ce blog existe, et même deux ans de plus pour le canal IRC qui était sa genèse ! Ce pro­jet a été ren­du pos­sible grâce à une com­mu­nau­té d'une tren­taine d'auteurs ini­tia­le­ment moti­vés pour faire décou­vrir la bioin­fo au monde fran­co­phone et répondre aux ques­tions les plus fré­quentes qu'ils pou­vaient entendre. La […]

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• Qu'est-ce qu'un bon fichier Lisez-moi.txt

  2 février 2022

  -

  par

  Pierre Marijon

  dans Opinion

  

  Vous venez de finir votre outil sur lequel vous tra­vaillez depuis 1 semaine/​1 mois/​1 an/​10 ans (rayez la men­tion inutile) qui va révo­lu­tion­ner votre domaine. Votre code est ver­sion­né, for­ma­té, com­men­té, docu­men­té, tes­té, les résul­tats sont éva­lués selon le gold stan­dard de la dis­ci­pline sur des jeux de don­nées repré­sen­ta­tifs de la réa­li­té, votre publi­ca­tion […]

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• Mets ta main dans la boite

  9 novembre 2021

  -

  par

  Les admin·e·s

  dans Editorial

  

  Qu'il y a‑t-il dans la boîte ? Spoi­ler : ça sera beau­coup moins dou­lou­reux que dans le film, c'est une pro­messe ! 🙂 Lorsque nous pro­po­sons de venir écrire sur le blog, nous avons sou­vent comme réponse "Mais je ne sau­rais même pas de quoi par­ler !".Pour­tant, cher lec­teur ou lec­trice, nous sommes per­sua­dés que ce que tu […]

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