• Watson, un système expert en diagnostic

  30 avril 2014

  -

  par

  Nolwenn

  dans Opinion

  

  Le 11 Février 2013, le maga­zine Numé­ra­ma annon­çait un par­te­na­riat com­mer­cial signé aux États-Unis par l'entreprise infor­ma­tique IBM. Cet article pré­sente tout par­ti­cu­liè­re­ment le sys­tème expert Wat­son dont nous vous avions fait une brève des­crip­tion lors de notre compte-ren­du sur l'ECCB 2012. Dans ce billet, je me pro­pose de vous pré­sen­ter rapi­de­ment Wat­son et les […]

  Lire la suite : Watson, un système expert en diagnostic

• BLAST en pratique

  16 avril 2014

  -

  par

  Julien Delafontaine

  dans Suivez l'guide

  

  Cet article a pour but de vous mon­trer une appli­ca­tion pra­tique de BLAST, le fameux pro­gramme d'ali­gne­ment de séquences déte­nant un record de cita­tions, avec cer­tains pro­blèmes qu'on peut ren­con­trer et ce qu'on peut tirer de son résul­tat. BLAST a au moins deux usages typiques en géno­mique : Pour les ini­tiés, le pre­mier point est à […]

  Lire la suite : BLAST en pratique

• Introduction à la ligne de commande

  9 avril 2014

  -

  par

  Isabelle S. (ZaZo0o)

  dans Didacticiel

  

  Lan­gage : ShellNiveau : Grand débu­tant Ce tuto­riel n'a ori­gi­nel­le­ment pas été écrit ni pour ce blog, ni pour des bio­in­for­ma­ti­ciens, (ni par moi), mais je pense qu'il a tout à fait sa place ici car il donne les clés pour que n'importe qui puisse se fami­lia­ri­ser avec la ligne de com­mande et sera sûre­ment très utile […]

  Lire la suite : Introduction à la ligne de commande

• Parser des fichiers HTML en Python

  2 avril 2014

  -

  par

  Nolwenn

  dans Didacticiel

  

  Lan­gage : PythonBiblio­thèques : bio­ser­vices, HTML­Par­ser, re (par­tiel­le­ment)Niveau : débu­tant-inter­mé­diaire Dans un article pré­cé­dent, je vous ai pré­sen­té le module bio­ser­vices en Python. Au cours de mon tra­vail j'ai été ame­née à récu­pé­rer des infor­ma­tions sur les termes Gene Onto­lo­gy, et notam­ment sur les rela­tions entre dif­fé­rents termes. Cepen­dant, les for­mats de fichiers récu­pé­rés sont dif­fé­rents en fonc­tion […]

  Lire la suite : Parser des fichiers HTML en Python

• Soirée BED & FASTA !

  26 mars 2014

  -

  par

  Jsobel

  dans Suivez l'guide

  

  Après la petite his­toire de l’analyse des séquences d’ADN, voi­ci un tuto­riel pour apprendre quelques trucs et astuces dans ce domaine. Bio­lo­giste en mal de connais­sances de pro­gram­ma­tion ou pro de R, vous trou­ve­rez ici de quoi vous amu­ser avec un fichier Fas­ta ou un Bed. Nous allons voir com­ment faire un ali­gne­ment mul­tiple de […]

  Lire la suite : Soirée BED & FASTA !

• Questions à… Bertrand Braunschweig

  19 mars 2014

  -

  par

  Sylvain P.

  dans Entretien

  

  Suite de notre rubrique Ques­tions à… sur Bioin​fo​-Fr​.net. Après avoir ques­tion­né de nom­breux cher­cheurs, il est main­te­nant temps de prendre du recul lors d'un entre­tien avec Ber­trand Braun­sch­weig direc­teur du centre Inria de Rennes-Bre­tagne Atlan­tique, centre qui abrite notam­ment deux équipes de recherche en bio­in­for­ma­tique et une plate-forme dédiée à la bio­in­for­ma­tique. Syl­vain Prigent (S.P.) […]

  Lire la suite : Questions à… Bertrand Braunschweig

• Gephi pour la visualisation et l'analyse de graphes

  5 mars 2014

  -

  par

  Olivier Dameron

  dans Didacticiel

  

  Gephi est un logi­ciel de visua­li­sa­tion et d'analyse de graphes. Il est dis­tri­bué sous les licences CDDL 1.0 et GPLv3, et est dis­po­nible sur les prin­ci­paux sys­tèmes d'exploitation. Gephi est pré­vu d'emblée pour tous types de graphes (pas seule­ment en bio­in­for­ma­tique) dans les prin­ci­paux for­mats. Tulip et Cytos­cape sont des outils simi­laires. Cepen­dant, chez moi […]

  Lire la suite : Gephi pour la visualisation et l'analyse de graphes

• Formaliser ses protocoles avec Snakemake

  26 février 2014

  -

  par

  Nisaea

  dans Astuce, Découverte, Opinion

  

  Vous avez dit protocole ? Qui dit bio­lo­gie et bio­in­for­ma­tique dit pro­to­cole expé­ri­men­tal. C'est le cœur de la démarche scien­ti­fique, et un for­ma­lisme adap­té est la clef pour assu­rer la repro­duc­ti­bi­li­té des expé­riences, et ain­si garan­tir la vali­da­tion des décou­vertes par la com­mu­nau­té. En paillasse, les solu­tions pour for­ma­li­ser et conser­ver les pro­to­coles sont plu­tôt natu­rel­le­ment […]

  Lire la suite : Formaliser ses protocoles avec Snakemake

Articles les plus lus ces 7 derniers jours

LaTeX : la mise en forme du texte et des paragraphes4 octobre 2017Maria Pommeret

Les arbres phylogénétiques : construction et interprétation2 août 2012Yoann M.

Chronique d'une soumission de données à GEO18 décembre 2024Isabelle S. (ZaZo0o)