• Comparaison de structures : le RMSD

  17 septembre 2014

  -

  par

  Guillaume Collet

  dans Découverte

  

  En 1973, Anfin­sen mon­trait qu'une pro­téine se replie en une struc­ture unique et stable. Même si des excep­tions existent, cette règle s'applique à la plu­part des petites pro­téines glo­bu­laires. La struc­ture des pro­téines est non seule­ment stable mais aus­si plus conser­vée que la séquence au cours de l'évolution. En effet, des pro­téines ayant des séquences très […]

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• Cython : votre programme Python mais 100x plus vite

  10 septembre 2014

  -

  par

  Julien Delafontaine

  dans Découverte, Didacticiel

  

  Python est un lan­gage extrê­me­ment pra­tique car il est facile à lire et à écrire, com­pa­ré à un lan­gage de "bas niveau" et com­pi­lé comme le C. D'un autre côté, à l'exécution il est beau­coup plus lent. C'est un com­pro­mis entre les deux qu'offre Cython, per­met­tant d'accélérer votre pro­gramme d'un fac­teur 2 à plus de […]

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• Rentrée et ECCB14

  8 septembre 2014

  -

  par

  Yoann M.

  dans Editorial

  Nous revoi­là en pleine forme avec de beaux articles en pré­pa­ra­tion. Les vacances ont été bonnes et il est temps de reprendre le che­min des labos/​bureaux/​bancs de la fac. En ce moment même se déroule à Stras­bourg l'ECCB14, c'est un très bon moyen pour reprendre en dou­ceur. Nous vous pro­po­sons donc un "live-tweet" autour de […]

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• time.sleep(4233600)

  24 juillet 2014

  -

  par

  Yoann M.

  dans Editorial

  

  Très chères lec­trices, très chers lec­teurs, nous vous infor­mons que notre équipe de Gee­kus bio­lo­gi­cus se retire en vacances d'été. Les articles déjà parus res­tent dis­po­nibles en cas de besoin de révi­sions sou­te­nues sur le sable blanc, ou  pour assou­vir une envie sou­daine de bioin­fo entre un apé­ro et un fes­ti­val. Notre retour, pré­vu d'ici […]

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• Introduction aux systèmes multi-agents

  16 juillet 2014

  -

  par

  François Vallée

  dans Découverte

  

  Dans le monde mer­veilleux de l'intelligence arti­fi­cielle, il existe une caté­go­rie de sys­tèmes de simu­la­tion ins­pi­rés de la nature et par­ti­cu­liè­re­ment adap­tés à de nom­breuses pro­blé­ma­tiques en bio­lo­gie : les sys­tèmes mul­ti-agents. Ces sys­tèmes sont com­po­sés d'entités auto­nomes (les agents) qui inter­agissent entre elles et avec un envi­ron­ne­ment dans lequel elles évo­luent. Bien évi­dem­ment, l'inspiration "bio­lo­gique" […]

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• Guide de démarrage pour ggplot2, un package graphique pour R

  11 juin 2014

  -

  par

  waqueteu

  dans Suivez l'guide

  

  Le trai­te­ment et l’analyse de don­nées sont une part impor­tante des tâches deman­dées à un bio­in­for­ma­ti­cien. L’utilisation de R faci­lite gran­de­ment la mani­pu­la­tion des don­nées et per­met éga­le­ment leur repré­sen­ta­tion de mul­tiples façons. Mal­gré le poten­tiel de R, ce der­nier est sou­vent sous-exploi­té à cause d’une syn­taxe par­fois trop com­plexe. Je vais vous pré­sen­ter aujourd’hui […]

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• Je partage, tu partages… nous partageons !

  4 juin 2014

  -

  par

  Guillaume Collet

  dans Editorial

  Bioin­fo-fr s'inscrit tran­quille­ment dans la durée et dans la blo­go­sphère scien­ti­fique fran­çaise. Une blo­go­sphère active qui se struc­ture, qui échange, qui débat, bref une blo­go­sphère vivante (voir ici pour un débat et là ou là pour une liste de blogs de science en fran­çais). De notre coté, nous sommes tou­jours autant atta­chés à faire par­ta­ger notre pas­sion de […]

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• Ping en JavaScript (jQuery.ajax)

  28 mai 2014

  -

  par

  nallias

  dans Astuce

  

  Dans cet article, nous allons décou­vrir un moyen de vous faire gagner du temps à tra­vers deux notions étran­gères à la Bio­lo­gie : Le ping et Ajax. Pour les termes tech­niques, repor­tez vous au glos­saire juste après l'introduction. Mesu­rer le délai entre un ser­veur et un client web (on uti­li­se­ra faci­le­ment angli­cisme "ping", fran­ci­sé en "pin­guer") […]

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