Bioinfo-fr.net

Comparaison de structures : le TM-Score

5 novembre 2014

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par

Guillaume Collet

dans Découverte

Pour comparer des structures 3D de protéines, nous avons vu le RMSD dans un précédent article. Je vous propose cette semaine de parler du TM-Score décrit par Zhang et Skolnick en 2004. Les bases Le TM-Score a été développé afin de calculer la qualité des structures de protéines prédites lors de la compétition CASP5. Le but est donc de comparer une prédiction avec un modèle de référence. Le RMSD n'est pas suffisant pour ce genre de comparaisons car il ne tient pas compte du nombre de résidus alignés, il mesure simplement la moyenne des carrés des distances. Du coup, un RMSD…
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Hi-C : Quelques bases

29 octobre 2014

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par

Léopold Carron

dans Découverte

Aujourd'hui on va découvrir ensemble une des petites dernières dans la famille des techniques hauts débits : le High Chromosome Contact map (Hi C)[1] . Revenons sur quelques bases : un gène ne pourra être exprimé que si l'ADN qui le code est déplié. Par conséquent les régions dans lesquelles les gènes ne sont pas exprimés sont quant à elles repliées et forment ce qu'on appelle les domaines topologiques (TADs). La méthode présentée ici permet d'étudier ces domaines et leurs interactions . Tachant en premier lieu de comprendre le protocole biologique de la technique, nous donnerons une idée globale des étapes requises…
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Questions à… nos admins

23 octobre 2014

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par

Julien Fumey

dans Entretien

Cela fait maintenant plusieurs années que Bioinfo-fr.net a été lancé mais connaissez-vous bien les administrateurs de ce site ? Nous vous proposons un entretien croisé de deux de nos administrateurs : Guillaume Collet (Bilouweb) et Isabelle Stévant (ZaZo0o). GC : Bonjour ZaZo0o, merci d'avoir accepter cet entretien croisé, commençons par ton parcours. Qu'est-ce qui t'a menée à la bioinformatique ? IS : Quand j'ai commencé ma licence de biologie, j'ai pris dans mes bagages l'ordinateur familial que mon grand frère avait amoureusement monté quelque temps auparavant. En tant que "libriste", il avait installé comme seul système d'exploitation Mandrake 10.0. À l'époque, je n'y connaissais strictement…
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Portrait ADN bioinformatique

15 octobre 2014

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par

nahoy

dans Brèves

Ce post est le premier d'une nouvelle catégorie du blog vous proposant des articles plus courts et plus légers sur la bioinformatique. Je commence en douceur en vous encourageant à regarder les travaux d'une artiste : Heather Dewey-Hagborg. Les questions posées par son travail et ses recherches sont intéressantes, et à mon avis ne sont plus du tout de la science fiction. Voici une première vidéo (en anglais) où Heather y raconte sa récolte de cheveux dans des endroits publics … jusqu’à la reconstruction faciale des détenteurs de ces cheveux 😀 La deuxième vidéo (toujours en anglais) provient d'un site internet…
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ECCB'14 à Strasbourg - le bilan

8 octobre 2014

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par

waqueteu

dans Conférence

ECCB'14 La conférence ECCB 2014 s’est déroulée cette année du 7 au 10 septembre 2014 à Strasbourg. Elle était couplée avec JOBIM et donc co-organisée par la SFBI. La conférence était précédée par 2 journées de workshops et tutoriels. Le programme complet est accessible à l’adresse suivante : www.eccb14.org Les workshops et tutoriels en marge de la conférence se sont déroulés à la faculté de médecine de Strasbourg. Dans une ambiance bon enfant, on a pu assister à des ateliers très ciblés tels que l’analyse des isoformes par RNA-seq ou les approches informatique du dichroïsme circulaire et à des tutoriels sur des outils…
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École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL)

1 octobre 2014

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par

Yoann M.

dans Découverte, Formation

Il y a quelque temps, Akira vous présentait l'EMBL en Allemagne. Place maintenant à la Suisse et à sa mythique EPFL, lieu où vous pourrez espérer décrocher un stage ou même poser vos bagages pour un contrat un peu plus long. Histoire et géographie Pour commencer, L'EPFL ne se situe pas tout à fait comme son nom l'indique à Lausanne même (Suisse), mais plutôt à sa périphérie. Elle bénéficie d'un magnifique cadre environnemental puisqu'on retrouve, à quelques centaines de mètres de certains de ses bâtiments, le célèbre lac Léman et qu'on peut également y admirer les Alpes au-delà de celui-ci (juste…
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Le rôle de la bioinformatique dans les labos collaboratifs

24 septembre 2014

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par

Jsobel

dans Actualité, Découverte

Y a-t-il une place pour la bioinformatique dans les structures du type « Do it yourself biology », « Bio-hackers spaces » et autres FabLabs ? Avant de répondre à cette question, quelques précisions sur ces espaces collaboratifs sont nécessaires. Il s’agit de curieux et de passionnés qui se retrouvent dans des caves… ou des laboratoires pour élaborer des projets créatifs et novateurs, et défendre la philosophie du libre accès à la connaissance. Le poste de Shalf regroupe quelques vidéos et des sources bibliographiques de références dans ce domaine en ébullition. Ces lieux hors du commun ont été créés aux Etats-Unis par de formidables idéalistes…
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Comparaison de structures : le RMSD

17 septembre 2014

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par

Guillaume Collet

dans Découverte

En 1973, Anfinsen montrait qu'une protéine se replie en une structure unique et stable. Même si des exceptions existent, cette règle s'applique à la plupart des petites protéines globulaires. La structure des protéines est non seulement stable mais aussi plus conservée que la séquence au cours de l'évolution. En effet, des protéines ayant des séquences très divergentes présentent des repliements similaires. Enfin, la structure d'une protéine conditionne souvent sa fonction. Ainsi, lorsqu'une nouvelle structure de protéine est découverte, une première tâche est de la comparer à celles qui sont déjà connues. Je vous propose donc de découvrir des méthodes et mesures…
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