• The Bio Code : guide du bon broinformaticien

  21 mai 2014

  -

  par

  Mica

  dans Astuce

  

  Mal­gré la mul­ti­tude d’outils déjà exis­tants, les occa­sions d'écrire du code sont nom­breuses en bio­in­for­ma­tique. Hor­mis pour les pousse-bou­tons aver­tis, le déve­lop­pe­ment fait sou­vent par­tie du quo­ti­dien d’un bio­in­for­ma­ti­cien. Per­son­nel­le­ment, c’est une acti­vi­té qui me plaît beau­coup dans ce métier. Déve­lop­per ses propres appli­ca­tions et outils apporte tou­jours une cer­taine satis­fac­tion (et quand ça fonc­tionne, […]

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• De l'explosion du tout séquençage à la médecine personnalisée

  14 mai 2014

  -

  par

  Yoann M.

  dans Opinion

  

  Un génome, c'est quoi ? Avant de plon­ger dans le vif du sujet, mieux vaut s'assurer qu'on ait les bases. Nous allons par­ler de séquen­çage de génome. Pour les notions sur le séquen­çage je vous redi­rige vers cet excellent article et pour le génome on va par­tir d'une défi­ni­tion simple et effi­cace : il s'agit de l'ensemble […]

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• Quelques pistes pour contrôler vos données de ChIP-seq

  7 mai 2014

  -

  par

  Akira

  dans Astuce

  

  Le ChIP-seq est une méthode aujourd'hui répan­due qui consiste à cibler une par­tie du génome grâce à une pro­téine et à séquen­cer uni­que­ment les par­ties du génome aux­quelles celle-ci s'est fixée. On la cap­ture ensuite avec un anti­corps spé­ci­fique et on séquence uni­que­ment l'ADN qu'elle pro­té­geait (voir notre article : DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de […]

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• Watson, un système expert en diagnostic

  30 avril 2014

  -

  par

  Nolwenn

  dans Opinion

  

  Le 11 Février 2013, le maga­zine Numé­ra­ma annon­çait un par­te­na­riat com­mer­cial signé aux États-Unis par l'entreprise infor­ma­tique IBM. Cet article pré­sente tout par­ti­cu­liè­re­ment le sys­tème expert Wat­son dont nous vous avions fait une brève des­crip­tion lors de notre compte-ren­du sur l'ECCB 2012. Dans ce billet, je me pro­pose de vous pré­sen­ter rapi­de­ment Wat­son et les […]

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• BLAST en pratique

  16 avril 2014

  -

  par

  Julien Delafontaine

  dans Suivez l'guide

  

  Cet article a pour but de vous mon­trer une appli­ca­tion pra­tique de BLAST, le fameux pro­gramme d'ali­gne­ment de séquences déte­nant un record de cita­tions, avec cer­tains pro­blèmes qu'on peut ren­con­trer et ce qu'on peut tirer de son résul­tat. BLAST a au moins deux usages typiques en géno­mique : Pour les ini­tiés, le pre­mier point est à […]

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• Introduction à la ligne de commande

  9 avril 2014

  -

  par

  Isabelle S. (ZaZo0o)

  dans Didacticiel

  

  Lan­gage : ShellNiveau : Grand débu­tant Ce tuto­riel n'a ori­gi­nel­le­ment pas été écrit ni pour ce blog, ni pour des bio­in­for­ma­ti­ciens, (ni par moi), mais je pense qu'il a tout à fait sa place ici car il donne les clés pour que n'importe qui puisse se fami­lia­ri­ser avec la ligne de com­mande et sera sûre­ment très utile […]

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• Parser des fichiers HTML en Python

  2 avril 2014

  -

  par

  Nolwenn

  dans Didacticiel

  

  Lan­gage : PythonBiblio­thèques : bio­ser­vices, HTML­Par­ser, re (par­tiel­le­ment)Niveau : débu­tant-inter­mé­diaire Dans un article pré­cé­dent, je vous ai pré­sen­té le module bio­ser­vices en Python. Au cours de mon tra­vail j'ai été ame­née à récu­pé­rer des infor­ma­tions sur les termes Gene Onto­lo­gy, et notam­ment sur les rela­tions entre dif­fé­rents termes. Cepen­dant, les for­mats de fichiers récu­pé­rés sont dif­fé­rents en fonc­tion […]

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• Soirée BED & FASTA !

  26 mars 2014

  -

  par

  Jsobel

  dans Suivez l'guide

  

  Après la petite his­toire de l’analyse des séquences d’ADN, voi­ci un tuto­riel pour apprendre quelques trucs et astuces dans ce domaine. Bio­lo­giste en mal de connais­sances de pro­gram­ma­tion ou pro de R, vous trou­ve­rez ici de quoi vous amu­ser avec un fichier Fas­ta ou un Bed. Nous allons voir com­ment faire un ali­gne­ment mul­tiple de […]

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