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Cython : votre programme Python mais 100x plus vite

10 septembre 2014

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par

Julien Delafontaine

dans Découverte, Didacticiel

Python est un langage extrêmement pratique car il est facile à lire et à écrire, comparé à un langage de "bas niveau" et compilé comme le C. D'un autre côté, à l'exécution il est beaucoup plus lent. C'est un compromis entre les deux qu'offre Cython, permettant d'accélérer votre programme d'un facteur 2 à plus de 100, et d'intégrer facilement des fonctions déjà écrites en C - d'où son nom. Un très bon exemple d'utilisation de Cython en bioinformatique est la librairie "pysam", le wrapper Python de samtools (code source ici). Cython est en fait une extension du langage Python, c'est-à-dire…
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Rentrée et ECCB14

8 septembre 2014

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Nous revoilà en pleine forme avec de beaux articles en préparation. Les vacances ont été bonnes et il est temps de reprendre le chemin des labos/bureaux/bancs de la fac. En ce moment même se déroule à Strasbourg l'ECCB14, c'est un très bon moyen pour reprendre en douceur. Nous vous proposons donc un "live-tweet" autour de cet événement grâce à nos envoyés spéciaux ! Bonne reprise à tous !
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time.sleep(4233600)

24 juillet 2014

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Très chères lectrices, très chers lecteurs, nous vous informons que notre équipe de Geekus biologicus se retire en vacances d'été. Les articles déjà parus restent disponibles en cas de besoin de révisions soutenues sur le sable blanc, ou pour assouvir une envie soudaine de bioinfo entre un apéro et un festival. Notre retour, prévu d'ici début septembre, se fera accompagné de beaux articles tout bronzés. D'ici là, l'équipe toute entière se joint à moi pour vous souhaiter de bonnes vacances ou une bonne reprise si c'est déjà fini ! À très vite !
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Introduction aux systèmes multi-agents

16 juillet 2014

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par

François Vallée

dans Découverte

Dans le monde merveilleux de l'intelligence artificielle, il existe une catégorie de systèmes de simulation inspirés de la nature et particulièrement adaptés à de nombreuses problématiques en biologie : les systèmes multi-agents. Ces systèmes sont composés d'entités autonomes (les agents) qui interagissent entre elles et avec un environnement dans lequel elles évoluent. Bien évidemment, l'inspiration "biologique" provient des insectes sociaux (fourmis, termites, etc.) dont le comportement individuel et les interactions mènent à l'apparition de phénomènes ou de comportements complexes. Ce phénomène est appelé émergence et représente une caractéristique fondamentale de ces systèmes. Les systèmes multi-agents trouvent des applications dans de très…
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Guide de démarrage pour ggplot2, un package graphique pour R

11 juin 2014

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par

waqueteu

dans Suivez l'guide

Le traitement et l’analyse de données sont une part importante des tâches demandées à un bioinformaticien. L’utilisation de R facilite grandement la manipulation des données et permet également leur représentation de multiples façons. Malgré le potentiel de R, ce dernier est souvent sous-exploité à cause d’une syntaxe parfois trop complexe. Je vais vous présenter aujourd’hui un package R, « ggplot2 », permettant la production de graphiques très élaborés en peu de temps. Un peu d’histoire Ggplot2 est un "package" R créé par Hadley Wickham en 2005. Pour ceux qui ne le connaîtraient pas, Hadley Wickham est un peu le dieu de R…
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Je partage, tu partages… nous partageons !

4 juin 2014

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Bioinfo-fr s'inscrit tranquillement dans la durée et dans la blogosphère scientifique française. Une blogosphère active qui se structure, qui échange, qui débat, bref une blogosphère vivante (voir ici pour un débat et là ou là pour une liste de blogs de science en français). De notre coté, nous sommes toujours autant attachés à faire partager notre passion de la bioinformatique. Mais pas seulement sur notre blog ! Saluons par exemple la participation de Sylvain P. au cycle de conférences du lycée Descartes à Rennes. Il a pu présenter la bioinformatique au cours d'une rencontre avec des lycéens en terminales S (la vidéo). Les actions…
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Ping en JavaScript (jQuery.ajax)

28 mai 2014

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par

nallias

dans Astuce

Dans cet article, nous allons découvrir un moyen de vous faire gagner du temps à travers deux notions étrangères à la Biologie : Le ping et Ajax. Pour les termes techniques, reportez vous au glossaire juste après l'introduction. Mesurer le délai entre un serveur et un client web (on utilisera facilement anglicisme "ping", francisé en "pinguer") d'un site consiste à lui demander juste l'en-tête de sa page principale (afin de diminuer l'impact du poids du site) et à mesurer le temps passé pour recevoir la réponse. En comparant les temps de réponse de plusieurs miroirs d'un site, cette astuce vous donnera…
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The Bio Code : guide du bon broinformaticien

21 mai 2014

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par

Mica

dans Astuce

Malgré la multitude d’outils déjà existants, les occasions d'écrire du code sont nombreuses en bioinformatique. Hormis pour les pousse-boutons avertis, le développement fait souvent partie du quotidien d’un bioinformaticien. Personnellement, c’est une activité qui me plaît beaucoup dans ce métier. Développer ses propres applications et outils apporte toujours une certaine satisfaction (et quand ça fonctionne, c’est encore mieux !). C'est un peu comme la cuisine de Mémé, c'est tellement meilleur quand c'est fait maison. Seulement voilà, nous bioinformaticiens, ne sommes pas analystes programmeurs et cela peut parfois se ressentir sur notre manière de développer. Il suffit d’aller faire un tour…
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