• time.sleep(4233600)

  24 juillet 2014

  -

  par

  Yoann M.

  dans Editorial

  

  Très chères lec­trices, très chers lec­teurs, nous vous infor­mons que notre équipe de Gee­kus bio­lo­gi­cus se retire en vacances d'été. Les articles déjà parus res­tent dis­po­nibles en cas de besoin de révi­sions sou­te­nues sur le sable blanc, ou  pour assou­vir une envie sou­daine de bioin­fo entre un apé­ro et un fes­ti­val. Notre retour, pré­vu d'ici […]

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• Introduction aux systèmes multi-agents

  16 juillet 2014

  -

  par

  François Vallée

  dans Découverte

  

  Dans le monde mer­veilleux de l'intelligence arti­fi­cielle, il existe une caté­go­rie de sys­tèmes de simu­la­tion ins­pi­rés de la nature et par­ti­cu­liè­re­ment adap­tés à de nom­breuses pro­blé­ma­tiques en bio­lo­gie : les sys­tèmes mul­ti-agents. Ces sys­tèmes sont com­po­sés d'entités auto­nomes (les agents) qui inter­agissent entre elles et avec un envi­ron­ne­ment dans lequel elles évo­luent. Bien évi­dem­ment, l'inspiration "bio­lo­gique" […]

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• Guide de démarrage pour ggplot2, un package graphique pour R

  11 juin 2014

  -

  par

  waqueteu

  dans Suivez l'guide

  

  Le trai­te­ment et l’analyse de don­nées sont une part impor­tante des tâches deman­dées à un bio­in­for­ma­ti­cien. L’utilisation de R faci­lite gran­de­ment la mani­pu­la­tion des don­nées et per­met éga­le­ment leur repré­sen­ta­tion de mul­tiples façons. Mal­gré le poten­tiel de R, ce der­nier est sou­vent sous-exploi­té à cause d’une syn­taxe par­fois trop com­plexe. Je vais vous pré­sen­ter aujourd’hui […]

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• Je partage, tu partages… nous partageons !

  4 juin 2014

  -

  par

  Guillaume Collet

  dans Editorial

  Bioin­fo-fr s'inscrit tran­quille­ment dans la durée et dans la blo­go­sphère scien­ti­fique fran­çaise. Une blo­go­sphère active qui se struc­ture, qui échange, qui débat, bref une blo­go­sphère vivante (voir ici pour un débat et là ou là pour une liste de blogs de science en fran­çais). De notre coté, nous sommes tou­jours autant atta­chés à faire par­ta­ger notre pas­sion de […]

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• Ping en JavaScript (jQuery.ajax)

  28 mai 2014

  -

  par

  nallias

  dans Astuce

  

  Dans cet article, nous allons décou­vrir un moyen de vous faire gagner du temps à tra­vers deux notions étran­gères à la Bio­lo­gie : Le ping et Ajax. Pour les termes tech­niques, repor­tez vous au glos­saire juste après l'introduction. Mesu­rer le délai entre un ser­veur et un client web (on uti­li­se­ra faci­le­ment angli­cisme "ping", fran­ci­sé en "pin­guer") […]

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• The Bio Code : guide du bon broinformaticien

  21 mai 2014

  -

  par

  Mica

  dans Astuce

  

  Mal­gré la mul­ti­tude d’outils déjà exis­tants, les occa­sions d'écrire du code sont nom­breuses en bio­in­for­ma­tique. Hor­mis pour les pousse-bou­tons aver­tis, le déve­lop­pe­ment fait sou­vent par­tie du quo­ti­dien d’un bio­in­for­ma­ti­cien. Per­son­nel­le­ment, c’est une acti­vi­té qui me plaît beau­coup dans ce métier. Déve­lop­per ses propres appli­ca­tions et outils apporte tou­jours une cer­taine satis­fac­tion (et quand ça fonc­tionne, […]

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• De l'explosion du tout séquençage à la médecine personnalisée

  14 mai 2014

  -

  par

  Yoann M.

  dans Opinion

  

  Un génome, c'est quoi ? Avant de plon­ger dans le vif du sujet, mieux vaut s'assurer qu'on ait les bases. Nous allons par­ler de séquen­çage de génome. Pour les notions sur le séquen­çage je vous redi­rige vers cet excellent article et pour le génome on va par­tir d'une défi­ni­tion simple et effi­cace : il s'agit de l'ensemble […]

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• Quelques pistes pour contrôler vos données de ChIP-seq

  7 mai 2014

  -

  par

  Akira

  dans Astuce

  

  Le ChIP-seq est une méthode aujourd'hui répan­due qui consiste à cibler une par­tie du génome grâce à une pro­téine et à séquen­cer uni­que­ment les par­ties du génome aux­quelles celle-ci s'est fixée. On la cap­ture ensuite avec un anti­corps spé­ci­fique et on séquence uni­que­ment l'ADN qu'elle pro­té­geait (voir notre article : DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de […]

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