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Hi-C : Quelques bases
Lire la suite : Hi-C : Quelques basesAujourd'hui on va découvrir ensemble une des petites dernières dans la famille des techniques hauts débits : le High Chromosome Contact map (Hi C)[1] . Revenons sur quelques bases : un gène ne pourra être exprimé que si l'ADN qui le code est déplié. Par conséquent les régions dans lesquelles les gènes ne sont pas exprimés sont […]
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Questions à… nos admins
Lire la suite : Questions à… nos adminsCela fait maintenant plusieurs années que Bioinfo-fr.net a été lancé mais connaissez-vous bien les administrateurs de ce site ? Nous vous proposons un entretien croisé de deux de nos administrateurs : Guillaume Collet (Bilouweb) et Isabelle Stévant (ZaZo0o). GC : Bonjour ZaZo0o, merci d'avoir accepter cet entretien croisé, commençons par ton parcours. Qu'est-ce qui t'a menée à la […]
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Portrait ADN bioinformatique
Lire la suite : Portrait ADN bioinformatiqueCe post est le premier d'une nouvelle catégorie du blog vous proposant des articles plus courts et plus légers sur la bioinformatique. Je commence en douceur en vous encourageant à regarder les travaux d'une artiste : Heather Dewey-Hagborg. Les questions posées par son travail et ses recherches sont intéressantes, et à mon avis ne sont plus […]
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ECCB'14 à Strasbourg - le bilan
Lire la suite : ECCB'14 à Strasbourg - le bilanECCB'14 La conférence ECCB 2014 s’est déroulée cette année du 7 au 10 septembre 2014 à Strasbourg. Elle était couplée avec JOBIM et donc co-organisée par la SFBI. La conférence était précédée par 2 journées de workshops et tutoriels. Le programme complet est accessible à l’adresse suivante : www.eccb14.org Les workshops et tutoriels en marge de la conférence […]
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École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL)
Lire la suite : École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL)Il y a quelque temps, Akira vous présentait l'EMBL en Allemagne. Place maintenant à la Suisse et à sa mythique EPFL, lieu où vous pourrez espérer décrocher un stage ou même poser vos bagages pour un contrat un peu plus long. Histoire et géographie Pour commencer, L'EPFL ne se situe pas tout à fait comme […]
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Le rôle de la bioinformatique dans les labos collaboratifs
Lire la suite : Le rôle de la bioinformatique dans les labos collaboratifsY a-t-il une place pour la bioinformatique dans les structures du type « Do it yourself biology », « Bio-hackers spaces » et autres FabLabs ? Avant de répondre à cette question, quelques précisions sur ces espaces collaboratifs sont nécessaires. Il s’agit de curieux et de passionnés qui se retrouvent dans des caves… ou des laboratoires pour élaborer des projets […]
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Comparaison de structures : le RMSD
Lire la suite : Comparaison de structures : le RMSDEn 1973, Anfinsen montrait qu'une protéine se replie en une structure unique et stable. Même si des exceptions existent, cette règle s'applique à la plupart des petites protéines globulaires. La structure des protéines est non seulement stable mais aussi plus conservée que la séquence au cours de l'évolution. En effet, des protéines ayant des séquences très […]
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Cython : votre programme Python mais 100x plus vite
Lire la suite : Cython : votre programme Python mais 100x plus vitePython est un langage extrêmement pratique car il est facile à lire et à écrire, comparé à un langage de "bas niveau" et compilé comme le C. D'un autre côté, à l'exécution il est beaucoup plus lent. C'est un compromis entre les deux qu'offre Cython, permettant d'accélérer votre programme d'un facteur 2 à plus de […]
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