Bioinfo-fr.net

3 ans de bioinformatique communautaire

26 février 2015

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Voilà on l'a fait ! Nous venons d'acquérir notre Licence en blog bioinformatique mention communauté francophone de Geekus biologicus. Merci à tous de nous suivre, de promouvoir nos articles et d'interagir avec nous par le biais des commentaires. Nous avons volontairement stoppé la publication des articles en ce début d'année afin de nous concentrer sur la restructuration de l'équipe et le planning de parution d'articles. Après l'appel du début d'année lancé sur la liste mail SFBI, nous comptons un peu plus de 50 contributeurs dans l'équipe. Les parutions repartiront à partir de la semaine prochaine et on commencera d'ailleurs très fort…
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2015 : partage de connaissances

14 janvier 2015

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Les admin·e·s

dans Editorial

Bioinfo-fr reprend du service pour une nouvelle année et souhaite que 2015 réalise vos vœux les plus chers ! Première parution de l'année : les Bioinformations. Le bulletin commun SFBI, JeBiF et bioinfo-fr vous informe sur les évènements à ne pas manquer et l'emploi en bioinformatique. Il vous donne également quelques astuces bien pratiques. Enfin, l'association JeBiF vous présente son concept "JeBiF Pub !" La nouvelle année, c'est aussi le moment des bonnes résolutions… et nous vous invitons à les tenir. La première d'entre-elles : participer à ce blog !! Vous le lisez, vous le suivez régulièrement, vous le consultez occasionnellement, vous êtes étudiants,…
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Joyeux code et bonnes analyses !

18 décembre 2014

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Toute l'équipe de bioinfo-fr.net se joint à moi pour vous souhaiter de très bonnes fêtes de fin d'année !On espère que vous avez été sages et gentils durant cette année qui s'achève et que le Papa Noël vous amènera plein de nouveaux projets, de nouvelles données et de nouvelles publications. Quant à nous, nous reviendrons avec tout plein de nouveaux articles à la mi-janvier ! Bonnes vacances !
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De la nécessité d’une pratique collaborative en bioinformatique

10 décembre 2014

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par

MtheG

dans Opinion

Depuis l’avènement des algorithmes d’alignement de séquences jusqu’aux outils d’analyses de réseaux de protéines, la bioinformatique se cherche une définition et une place dans la science. Est-ce une discipline ? Est-ce un outil ? Quelle formation faut-il avoir pour être bioinformaticien ? Et à quoi ressemblerait idéalement un diplôme en bioinformatique ? On sera tous d’accord qu’il n’y a pas une seule réponse à ces questions. La raison est que la bioinformatique est basée sur l’apport de plusieurs disciplines. Le plus souvent on utilisera même bioinformatique, biologie computationnelle, biologie théorique de façon interchangeable… (voir : Bien commencer en bioinformatique) BIO-informatique La plupart du temps, la…
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Open Refine

3 décembre 2014

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par

nahoy

dans Découverte

Un grand coup de balai Le nettoyage de données est un défi en bioinformatique. Entre les personnes qui veulent réinventer les standards et les personnes qui ne savent pas les suivre, nous nous trouvons souvent en train de nettoyer, de formater et de changer la structure de nos données pour qu'elles soient conformes à une certaine norme ou compréhensibles par nos programmes. Il existe une grande variété de types de donnés, et l'un des plus couramment utilisés est le format TSV (Tabulation-Separated Value): il permet de structurer assez facilement les données et reste compatible avec la plupart des outils bioinformatiques.…
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Python fait la numba

26 novembre 2014

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par

nahoy

dans Découverte, Didacticiel

Suite à cet article, j'ai eu envie de comparer les temps d'exécution de Cython et Numba.Il est toujours intéressant de faire des tests de performances (benchmarks) de temps à autre, pour voir si on ne peut pas améliorer certains de nos algorithmes 🙂 Cython est un très bon moyen pour optimiser vos programmes, mais il est encore compliqué (pour moi) à appréhender et nécessite de faire des efforts d'apprentissage pour accéder à toute sa puissance. Donc j'ai entendu parler de Numba, un projet encore en béta, ayant pour but de générer du code machine en utilisant une machine virtuelle à…
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Le recrutement en bioinfo

19 novembre 2014

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par

waqueteu

dans Opinion

Oncle Sam le dit : "I want you". Et il n'est pas le seul. En cette période de crise, le marché de la bioinfo se porte plutôt pas trop mal. Cela dit, il y a beaucoup de candidats et on peut facilement passer à coté d'une offre si on ne fait pas attention à quelques détails. C'est pourquoi j'ai eu envie d'écrire ce petit guide sur les étapes du recrutement en bioinfo ; petit guide qui n'a ni la prétention d'être exhaustif, ni de détenir la vérité universelle sur le recrutement. Le but est de seulement partager quelques réflexions aux lecteurs de…
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Les 10 ans du World Community Grid

12 novembre 2014

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par

Estel

dans Actualité, Découverte

Le 16 novembre 2014, le World Community Grid (WCG) fête ses 10 ans d’existence. Créé par IBM en 2004, ce projet de grille de calcul distribué par ordinateur se donne pour mission de soutenir des projets de recherche à fins humanitaires. Selon Wikipedia, une grille de calcul est une infrastructure virtuelle "qui exploite la puissance de calcul (processeurs, mémoires, …) de milliers d'ordinateurs afin de donner l'illusion d'un ordinateur virtuel très puissant". Dans cet article, je vais vous expliquer quels sont les projets soutenus par le WCG, comment est utilisé le temps de calcul et pour quels résultats, et comment…
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