• De l'explosion du tout séquençage à la médecine personnalisée

  14 mai 2014

  -

  par

  Yoann M.

  dans Opinion

  

  Un génome, c'est quoi ? Avant de plonger dans le vif du sujet, mieux vaut s'assurer qu'on ait les bases. Nous allons parler de séquençage de génome. Pour les notions sur le séquençage je vous redirige vers cet excellent article et pour le génome on va partir d'une définition simple et efficace : il s'agit de l'ensemble […]

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• Quelques pistes pour contrôler vos données de ChIP-​seq

  7 mai 2014

  -

  par

  Akira

  dans Astuce

  

  Le ChIP-​seq est une méthode aujourd'hui répandue qui consiste à cibler une partie du génome grâce à une protéine et à séquencer uniquement les parties du génome auxquelles celle-​ci s'est fixée. On la capture ensuite avec un anticorps spécifique et on séquence uniquement l'ADN qu'elle protégeait (voir notre article : DNase-​seq, FAIRE-​seq, ChIP-​seq, trois outils d'analyse de […]

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• Watson, un système expert en diagnostic

  30 avril 2014

  -

  par

  Nolwenn

  dans Opinion

  

  Le 11 Février 2013, le magazine Numérama annonçait un partenariat commercial signé aux États-​Unis par l'entreprise informatique IBM. Cet article présente tout particulièrement le système expert Watson dont nous vous avions fait une brève description lors de notre compte-​rendu sur l'ECCB 2012. Dans ce billet, je me propose de vous présenter rapidement Watson et les […]

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• BLAST en pratique

  16 avril 2014

  -

  par

  Julien Delafontaine

  dans Suivez l'guide

  

  Cet article a pour but de vous montrer une application pratique de BLAST, le fameux programme d'alignement de séquences détenant un record de citations, avec certains problèmes qu'on peut rencontrer et ce qu'on peut tirer de son résultat. BLAST a au moins deux usages typiques en génomique : Pour les initiés, le premier point est à […]

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• Introduction à la ligne de commande

  9 avril 2014

  -

  par

  I. Stévant

  dans Didacticiel

  

  Langage : ShellNiveau : Grand débutant Ce tutoriel n'a originellement pas été écrit ni pour ce blog, ni pour des bioinformaticiens, (ni par moi), mais je pense qu'il a tout à fait sa place ici car il donne les clés pour que n'importe qui puisse se familiariser avec la ligne de commande et sera sûrement très utile […]

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• Parser des fichiers HTML en Python

  2 avril 2014

  -

  par

  Nolwenn

  dans Didacticiel

  

  Langage : PythonBibliothèques : bioservices, HTMLParser, re (partiellement)Niveau : débutant-​intermédiaire Dans un article précédent, je vous ai présenté le module bioservices en Python. Au cours de mon travail j'ai été amenée à récupérer des informations sur les termes Gene Ontology, et notamment sur les relations entre différents termes. Cependant, les formats de fichiers récupérés sont différents en fonction […]

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• Soirée BED & FASTA !

  26 mars 2014

  -

  par

  Jsobel

  dans Suivez l'guide

  

  Après la petite histoire de l’analyse des séquences d’ADN, voici un tutoriel pour apprendre quelques trucs et astuces dans ce domaine. Biologiste en mal de connaissances de programmation ou pro de R, vous trouverez ici de quoi vous amuser avec un fichier Fasta ou un Bed. Nous allons voir comment faire un alignement multiple de […]

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• Questions à… Bertrand Braunschweig

  19 mars 2014

  -

  par

  Julien Fumey

  dans Entretien

  

  Suite de notre rubrique Questions à… sur Bioinfo​-Fr​.net. Après avoir questionné de nombreux chercheurs, il est maintenant temps de prendre du recul lors d'un entretien avec Bertrand Braunschweig directeur du centre Inria de Rennes-​Bretagne Atlantique, centre qui abrite notamment deux équipes de recherche en bioinformatique et une plate-​forme dédiée à la bioinformatique. Sylvain Prigent (S.P.) […]

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