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Introduction aux ontologies
Lire la suite : Introduction aux ontologiesQu'est-ce que c'est ? Les ontologies telles qu'on les emploie en informatique (car le concept est philosophique avant tout) ont d'abord été mises au point pour l'intelligence artificielle. Leur objectif est de décrire ce qui existe et la définition formelle est assez complexe mais je vais m'efforcer de présenter les choses plus simplement. Dans sa définition, […]
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Single-cell sequencing : le séquençage à la cellule près
Lire la suite : Single-cell sequencing : le séquençage à la cellule prèsDans la grande famille du séquençage, on distingue le DNAseq et le RNAseq. Le premier capture la séquence d'ADN contenue dans un organisme, un tissu, une tumeur. C'est un peu comme décompiler le code source d'un être vivant pour comprendre comment il fonctionne. Le postulat de l'ADN est qu'il est sensé être le même dans […]
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Assembler un génome sur un Raspberry Pi
Lire la suite : Assembler un génome sur un Raspberry PiAssembler un génome est une tâche fastidieuse et surtout très coûteuse. Pour un génome de 100 Mbp (Million de paires de bases), Velvet ou SOAPdenovo utilisent 20 à 30 Go de mémoire, voire plus. Je voudrais partager avec vous une idée complètement farfelue qui nous est venue et qui nous a fait gagner (Guillaume Rizk et […]
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Frederick Sanger nous a quitté
Lire la suite : Frederick Sanger nous a quittéSi la nouvelle ne vous est pas encore parvenue, nous vous annonçons que Frederick Sanger, le père de la génomique, est décédé le mardi 19 novembre 2013 à l'âge de 95 ans. Frederick Sanger est né en 1918 dans un petit village du Gloucestershire en Angleterre. Il étudie les sciences naturelles dans le prestigieux Saint […]
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ELIXIR, un savant mélange de pays
Lire la suite : ELIXIR, un savant mélange de paysVous avez peut-être entendu parler d'ELIXIR récemment, car la France vient de rejoindre le projet. Mais ELIXIR, c'est quoi ? Pour faire simple, ELIXIR c'est la réponse aux défis suivants, chers aux chercheurs en Science de la Vie : Ces défis étant justement d'une portée trop vaste pour être géré par une seule institution ou un seul […]
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Autumn Leaves
Lire la suite : Autumn LeavesL'automne est déjà bien installé… Les feuilles rougissent comme nos joues au vent froid du matin. Mais nos doigts de bioinformaticiens continuent de pianoter sur nos claviers afin de vous livrer de nouveaux articles. Nous arrivons maintenant à garder le rythme d'un article par semaine, nous espérons que cela vous convient. Si vous avez des […]
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J'ai lu : Bioinformatique, Cours et cas pratiques
Lire la suite : J'ai lu : Bioinformatique, Cours et cas pratiquesCe mois-ci, j'ai lu pour vous "Bioinfomatique, Cours et cas pratique," un ouvrage de Gilbert Deléage et Manolo Gouy, paru en 2013 aux éditions Dunod. Il s'agit d'un livre à destination des étudiants en licence et master qui souhaitent découvrir la bioinformatique des protéines du point de vue du biologiste. C'est donc un ouvrage très […]
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Fabriquer un trackhub dans UCSC
Lire la suite : Fabriquer un trackhub dans UCSCJ'ai décidé de partager avec vous la petite astuce du moment que j'ai découverte grâce à Jonathan et que j'ai incorporée dans mon travail actuel (merci encore à lui, il a lu toute l’infâme documentation de UCSC). Le navigateur génomique (pour ne pas dire genome browser) de UCSC nous autorise donc à générer et visualiser […]
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