Bioinfo-fr.net

De l'explosion du tout séquençage à la médecine personnalisée

14 mai 2014

-

par

Yoann M.

dans Opinion

Un génome, c'est quoi ? Avant de plonger dans le vif du sujet, mieux vaut s'assurer qu'on ait les bases. Nous allons parler de séquençage de génome. Pour les notions sur le séquençage je vous redirige vers cet excellent article et pour le génome on va partir d'une définition simple et efficace : il s'agit de l'ensemble de l'information génétique portée par l'ADN d'un être vivant. Et ça marche sur tout le vivant, que l'on soit une moule, une éponge, un chamois ou "tout simplement" un homme. Au niveau humain : la course aux données Pour ce qui est de notre espèce, le…
Lire la suite : De l'explosion du tout séquençage à la médecine personnalisée
Quelques pistes pour contrôler vos données de ChIP-seq

7 mai 2014

-

par

Akira

dans Astuce

Le ChIP-seq est une méthode aujourd'hui répandue qui consiste à cibler une partie du génome grâce à une protéine et à séquencer uniquement les parties du génome auxquelles celle-ci s'est fixée. On la capture ensuite avec un anticorps spécifique et on séquence uniquement l'ADN qu'elle protégeait (voir notre article : DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de la régulation de l'expression des gènes ). La technique a été adaptée à de nombreuses sources d'intérêt (facteur de transcription, nucléosome, ARN polymérase…), mais l'objectif reste toujours le même, établir une carte du génome marquant les zones où la protéine s'est fixée. Finalement avec cette…
Lire la suite : Quelques pistes pour contrôler vos données de ChIP-seq
Watson, un système expert en diagnostic

30 avril 2014

-

par

Nolwenn

dans Opinion

Le 11 Février 2013, le magazine Numérama annonçait un partenariat commercial signé aux États-Unis par l'entreprise informatique IBM. Cet article présente tout particulièrement le système expert Watson dont nous vous avions fait une brève description lors de notre compte-rendu sur l'ECCB 2012. Dans ce billet, je me propose de vous présenter rapidement Watson et les systèmes experts, puis de vous exposer mon avis sur un système expert en diagnostic.
Lire la suite : Watson, un système expert en diagnostic
BLAST en pratique

16 avril 2014

-

par

Julien Delafontaine

dans Suivez l'guide

Cet article a pour but de vous montrer une application pratique de BLAST, le fameux programme d'alignement de séquences détenant un record de citations, avec certains problèmes qu'on peut rencontrer et ce qu'on peut tirer de son résultat. BLAST a au moins deux usages typiques en génomique : Pour les initiés, le premier point est à ne pas confondre avec ce qu'on utilise en séquençage à haut débit pour aligner des millions de petites séquences. BLAST recherche des séquences similaires, et pas l'emplacement de la séquence exacte (à erreurs de séquençage près). Il alignera une ou plusieurs parties de la séquence,…
Lire la suite : BLAST en pratique
Introduction à la ligne de commande

9 avril 2014

-

par

I. Stévant

dans Didacticiel

Langage : ShellNiveau : Grand débutant Ce tutoriel n'a originellement pas été écrit ni pour ce blog, ni pour des bioinformaticiens, (ni par moi), mais je pense qu'il a tout à fait sa place ici car il donne les clés pour que n'importe qui puisse se familiariser avec la ligne de commande et sera sûrement très utile pour par exemple des biologistes qui veulent s'essayer à la bioinformatique. L'objectif de ce tutoriel est de démystifier cet outil qu'est la ligne de commande, et constitue d'abord une introduction à celui-ci. Ensuite on rentre plus dans le détail, et on voit comment utiliser la…
Lire la suite : Introduction à la ligne de commande
Parser des fichiers HTML en Python

2 avril 2014

-

par

Nolwenn

dans Didacticiel

Langage : PythonBibliothèques : bioservices, HTMLParser, re (partiellement)Niveau : débutant-intermédiaire Dans un article précédent, je vous ai présenté le module bioservices en Python. Au cours de mon travail j'ai été amenée à récupérer des informations sur les termes Gene Ontology, et notamment sur les relations entre différents termes. Cependant, les formats de fichiers récupérés sont différents en fonction des données qu'ils renferment. Dans cet article, je vais vous présenter comment récupérer dans un format facile à lire les données dans un fichier au format HTML à partir de la bibliothèque standard HTMLParser. Récupérer les termes GO au format HTML Dans un premier temps,…
Lire la suite : Parser des fichiers HTML en Python
Soirée BED & FASTA !

26 mars 2014

-

par

Jsobel

dans Suivez l'guide

Après la petite histoire de l’analyse des séquences d’ADN, voici un tutoriel pour apprendre quelques trucs et astuces dans ce domaine. Biologiste en mal de connaissances de programmation ou pro de R, vous trouverez ici de quoi vous amuser avec un fichier Fasta ou un Bed. Nous allons voir comment faire un alignement multiple de séquences (voir ici pour un état de l'art des logiciels existants), produire un logo, analyser les motifs enrichis dans des pics de CHiP, et plus encore. Vous aurez la possibilité de travailler soit avec des interfaces web, soit avec des lignes de codes R et…
Lire la suite : Soirée BED & FASTA !
Questions à… Bertrand Braunschweig

19 mars 2014

-

par

Julien Fumey

dans Entretien

Suite de notre rubrique Questions à… sur Bioinfo-Fr.net. Après avoir questionné de nombreux chercheurs, il est maintenant temps de prendre du recul lors d'un entretien avec Bertrand Braunschweig directeur du centre Inria de Rennes-Bretagne Atlantique, centre qui abrite notamment deux équipes de recherche en bioinformatique et une plate-forme dédiée à la bioinformatique. Sylvain Prigent (S.P.) : Bertrand Braunschweig bonjour, et merci d'avoir accepté de répondre à quelques questions pour le blog bioinfo-fr.net. Est-ce que vous pourriez commencer par vous présenter rapidement pour nos lecteurs s'il vous plait ? Bertrand Braunschweig (B.L.B.) : Je dirige le centre Inria (Institut national de recherche…
Lire la suite : Questions à… Bertrand Braunschweig