• Questions à… Bertrand Braunschweig

  19 mars 2014

  -

  par

  Sylvain P.

  dans Entretien

  

  Suite de notre rubrique Ques­tions à… sur Bioin​fo​-Fr​.net. Après avoir ques­tion­né de nom­breux cher­cheurs, il est main­te­nant temps de prendre du recul lors d'un entre­tien avec Ber­trand Braun­sch­weig direc­teur du centre Inria de Rennes-Bre­tagne Atlan­tique, centre qui abrite notam­ment deux équipes de recherche en bio­in­for­ma­tique et une plate-forme dédiée à la bio­in­for­ma­tique. Syl­vain Prigent (S.P.) […]

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• Gephi pour la visualisation et l'analyse de graphes

  5 mars 2014

  -

  par

  Olivier Dameron

  dans Didacticiel

  

  Gephi est un logi­ciel de visua­li­sa­tion et d'analyse de graphes. Il est dis­tri­bué sous les licences CDDL 1.0 et GPLv3, et est dis­po­nible sur les prin­ci­paux sys­tèmes d'exploitation. Gephi est pré­vu d'emblée pour tous types de graphes (pas seule­ment en bio­in­for­ma­tique) dans les prin­ci­paux for­mats. Tulip et Cytos­cape sont des outils simi­laires. Cepen­dant, chez moi […]

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• Formaliser ses protocoles avec Snakemake

  26 février 2014

  -

  par

  Nisaea

  dans Astuce, Découverte, Opinion

  

  Vous avez dit protocole ? Qui dit bio­lo­gie et bio­in­for­ma­tique dit pro­to­cole expé­ri­men­tal. C'est le cœur de la démarche scien­ti­fique, et un for­ma­lisme adap­té est la clef pour assu­rer la repro­duc­ti­bi­li­té des expé­riences, et ain­si garan­tir la vali­da­tion des décou­vertes par la com­mu­nau­té. En paillasse, les solu­tions pour for­ma­li­ser et conser­ver les pro­to­coles sont plu­tôt natu­rel­le­ment […]

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• Jamais 2 sans 3 !

  26 février 2014

  -

  par

  Yoann M.

  dans Editorial

  

  Bir­th­day Cake | Will Clay­ton[/​caption] C'est avec un immense plai­sir que l'ensemble de l'équipe de bioin​fo​-fr​.net souffle sa deuxième bou­gie cette année.Nous espé­rons être tou­jours à la hau­teur de vos attentes et sou­hai­tons bien enten­du faire encore mieux dans l'avenir.Notre rythme de croi­sière à un article par semaine, sauf excep­tion, est main­te­nant bien ancré et […]

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• Il était une fois… l’analyse de séquences d’ADN

  19 février 2014

  -

  par

  Jsobel

  dans Découverte

  

  L'analyse de séquences est une mis­sion cen­trale de la bio­in­for­ma­tique. Quelques mots sur celle de l'ADN, un domaine incon­tour­nable dans lequel les cher­cheurs s’attèlent à com­prendre la fonc­tion des régions régu­la­trices du génome et des gènes grâce aux nou­velles tech­no­lo­gies. Le credo de la bio En bio­lo­gie, il existe de nom­breuses macro­mo­lé­cules ren­fer­mant un code per­met­tant […]

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• De l’utilité (ou pas) d’une thèse en bioinformatique

  12 février 2014

  -

  par

  Estel

  dans Opinion

  

  “Et pour­quoi pas une thèse ?” vous êtes-vous peut-être deman­dé en sor­tant du TD de sta­tis­tiques de mar­di der­nier. Pas for­cé­ment en bio­sta­tis­tiques, la thèse, hein. Mais la bio­in­for­ma­tique, ça vous parle vrai­ment. Vous ado­rez tra­vailler sur des pro­jets concrets, seul ou en groupe. Par contre, pour ce qui est de pen­ser à l’après-Master… Cer­tains […]

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• SIB (Swiss Institute of Bioinformatics)

  5 février 2014

  -

  par

  Akira

  dans Découverte, Formation

  

  Suite à l'article sur l'EMBL, voi­ci la pré­sen­ta­tion d'un autre grand employeur dans le domaine de la bio­in­for­ma­tique. Cette fois-ci c'est un peu plus com­pli­qué, contrai­re­ment à l'EMBL qui a ses propres bâti­ments et fina­le­ment un nombre de lieux de tra­vail réduit, le SIB, dont on va par­ler aujourd'hui, est répar­ti sur tout le ter­ri­toire […]

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• Les mélanges gaussiens

  29 janvier 2014

  -

  par

  Julien Delafontaine

  dans Didacticiel

  

  La plu­part des mesures que l'on obtient des expé­riences en bio­lo­gie suivent approxi­ma­ti­ve­ment une dis­tri­bu­tion dite "nor­male", ou "gaus­sienne", dont la den­si­té a la forme d'une cloche, symé­trique avec un unique som­met au milieu. C'est aus­si l'hypothèse d'un grand nombre d'outils d'analyse sta­tis­tique. Mais que faire quand on observe deux som­mets ou plus ? Le plus […]

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