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Frederick Sanger nous a quitté
Lire la suite : Frederick Sanger nous a quittéSi la nouvelle ne vous est pas encore parvenue, nous vous annonçons que Frederick Sanger, le père de la génomique, est décédé le mardi 19 novembre 2013 à l'âge de 95 ans. Frederick Sanger est né en 1918 dans un petit village du Gloucestershire en Angleterre. Il étudie les sciences naturelles dans le prestigieux Saint […]
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ELIXIR, un savant mélange de pays
Lire la suite : ELIXIR, un savant mélange de paysVous avez peut-être entendu parler d'ELIXIR récemment, car la France vient de rejoindre le projet. Mais ELIXIR, c'est quoi ? Pour faire simple, ELIXIR c'est la réponse aux défis suivants, chers aux chercheurs en Science de la Vie : Ces défis étant justement d'une portée trop vaste pour être géré par une seule institution ou un seul […]
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Autumn Leaves
Lire la suite : Autumn LeavesL'automne est déjà bien installé… Les feuilles rougissent comme nos joues au vent froid du matin. Mais nos doigts de bioinformaticiens continuent de pianoter sur nos claviers afin de vous livrer de nouveaux articles. Nous arrivons maintenant à garder le rythme d'un article par semaine, nous espérons que cela vous convient. Si vous avez des […]
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J'ai lu : Bioinformatique, Cours et cas pratiques
Lire la suite : J'ai lu : Bioinformatique, Cours et cas pratiquesCe mois-ci, j'ai lu pour vous "Bioinfomatique, Cours et cas pratique," un ouvrage de Gilbert Deléage et Manolo Gouy, paru en 2013 aux éditions Dunod. Il s'agit d'un livre à destination des étudiants en licence et master qui souhaitent découvrir la bioinformatique des protéines du point de vue du biologiste. C'est donc un ouvrage très […]
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Fabriquer un trackhub dans UCSC
Lire la suite : Fabriquer un trackhub dans UCSCJ'ai décidé de partager avec vous la petite astuce du moment que j'ai découverte grâce à Jonathan et que j'ai incorporée dans mon travail actuel (merci encore à lui, il a lu toute l’infâme documentation de UCSC). Le navigateur génomique (pour ne pas dire genome browser) de UCSC nous autorise donc à générer et visualiser […]
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Un bookmarklet pour accéder plus facilement aux publications
Lire la suite : Un bookmarklet pour accéder plus facilement aux publicationsSi vous êtes au CNRS, ou à l'Inserm, vous êtes probablement familiers avec BiblioInserm ou BiblioVIE, les portails d’informations et d’accès aux revues de ces institutions. Le portail BiblioInserm Le portail BiblioVIE Ces portails vous permettent d’accéder par exemple à PUBMED et d’y chercher des articles, sous réserve d’avoir un identifiant et le mot […]
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Julia : le successeur de R ?
Lire la suite : Julia : le successeur de R ?Actuellement le langage R est incontournable pour qui veut manipuler des données en bioinformatique, en particulier pour l'analyse statistique. Mais un successeur est en passe de s'imposer : Julia, combinant puissance du langage avec les fonctionnalités de R, et comblant les nombreux défauts de ce dernier - mais plus encore ! Voici une présentation de ce tout […]
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Analyses rapides de fichiers
Lire la suite : Analyses rapides de fichiersLangage : shell, sous GNU/Linux Commandes présentées :wc, awk, sed, tr, head, nl, cut Niveau : débutant Dans le cadre de notre travail, nous sommes souvent amenés à manipuler de nombreux fichiers contenant des milliers de lignes et des dizaines de champs. Dans ces cas-là, nous avons souvent tendance à virer à la paranoïa et à vouloir nous […]
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