• Autumn Leaves

  15 novembre 2013

  -

  par

  Guillaume Collet

  dans Editorial

  

  L'automne est déjà bien ins­tal­lé… Les feuilles rou­gissent comme nos joues au vent froid du matin. Mais nos doigts de bio­in­for­ma­ti­ciens conti­nuent de pia­no­ter sur nos cla­viers afin de vous livrer de nou­veaux articles. Nous arri­vons main­te­nant à gar­der le rythme d'un article par semaine, nous espé­rons que cela vous convient. Si vous avez des […]

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• J'ai lu : Bioinformatique, Cours et cas pratiques

  13 novembre 2013

  -

  par

  Guillaume Collet

  dans J'ai lu

  

  Ce mois-ci, j'ai lu pour vous "Bioin­fo­ma­tique, Cours et cas pra­tique," un ouvrage de Gil­bert Deléage et Mano­lo Gouy, paru en 2013 aux édi­tions Dunod. Il s'agit d'un livre à des­ti­na­tion des étu­diants en licence et mas­ter qui sou­haitent décou­vrir la bio­in­for­ma­tique des pro­téines du point de vue du bio­lo­giste. C'est donc un ouvrage très […]

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• Fabriquer un trackhub dans UCSC

  6 novembre 2013

  -

  par

  Yoann M.

  dans Astuce

  

  J'ai déci­dé de par­ta­ger avec vous la petite astuce du moment que j'ai décou­verte grâce à Jona­than et que j'ai incor­po­rée dans mon tra­vail actuel (mer­ci encore à lui, il a lu toute l’infâme docu­men­ta­tion de UCSC). Le navi­ga­teur géno­mique (pour ne pas dire genome brow­ser) de UCSC nous auto­rise donc à géné­rer et visua­li­ser […]

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• Un bookmarklet pour accéder plus facilement aux publications

  30 octobre 2013

  -

  par

  max

  dans Astuce

  Si vous êtes au CNRS, ou à l'Inserm, vous êtes pro­ba­ble­ment fami­liers avec BiblioIn­serm ou Biblio­VIE, les por­tails d’informations et d’accès aux revues de ces ins­ti­tu­tions.   Le por­tail BiblioIn­serm   Le por­tail Biblio­VIE Ces por­tails vous per­mettent d’accéder par exemple à PUBMED et d’y cher­cher des articles, sous réserve d’avoir un iden­ti­fiant et le mot […]

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• Julia : le successeur de R ?

  23 octobre 2013

  -

  par

  Julien Delafontaine

  dans Découverte

  

  Actuel­le­ment le lan­gage R est incon­tour­nable pour qui veut mani­pu­ler des don­nées en bio­in­for­ma­tique, en par­ti­cu­lier pour l'analyse sta­tis­tique. Mais un suc­ces­seur est en passe de s'imposer : Julia, com­bi­nant puis­sance du lan­gage avec les fonc­tion­na­li­tés de R, et com­blant les nom­breux défauts de ce der­nier - mais plus encore ! Voi­ci une pré­sen­ta­tion de ce tout […]

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• Analyses rapides de fichiers

  16 octobre 2013

  -

  par

  Nolwenn

  dans Astuce

  

  Lan­gage : shell, sous GNU/​Linux Com­mandes pré­sen­tées :wc, awk, sed, tr, head, nl, cut Niveau : débu­tant Dans le cadre de notre tra­vail, nous sommes sou­vent ame­nés à mani­pu­ler de nom­breux fichiers conte­nant des mil­liers de lignes et des dizaines de champs. Dans ces cas-là, nous avons sou­vent ten­dance à virer à la para­noïa et à vou­loir nous […]

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• Tests Statistiques : suivez l'guide

  9 octobre 2013

  -

  par

  Delphine-L

  dans Suivez l'guide

  

  Introduction : Pourquoi des tests statistiques ? Les tests sta­tis­tiques sont de puis­sants outils d’aide à la déci­sion pour le cher­cheur, qui lui per­mettent de véri­fier des hypo­thèses expé­ri­men­tales, avec un cer­tain seuil de pro­ba­bi­li­té. Ces tests sont simples à appli­quer, mais par­fois moins simples à com­prendre. C’est pour­quoi nous allons étu­dier ensemble ces tests pas à pas […]

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• Questions à… Virginie Martiny

  2 octobre 2013

  -

  par

  Gophys

  dans Entretien

  

  C'est la ren­trée, les vacances sont ter­mi­nées et les étu­diants reprennent le che­min des bancs de la fac, tan­dis que les ensei­gnants-cher­cheurs repassent devant le tableau noir pour trans­mettre leurs connais­sances. C'est aus­si la période où une par­tie des étu­diants fran­chissent la der­nière ligne droite : la remise du manus­crit de thèse et la sou­mis­sion devant […]

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