Bioinfo-fr.net

Bioservices, un module Python très utile

15 janvier 2014

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par

Nolwenn

dans Découverte

Dans notre domaine si vaste, il existe de nombreuses bases de données (cf. Bases de données, notions par nahoy), et parmi ces bases, un certain nombre d'entre elles propose un service web pour accéder à leurs données à partir d'un script. Le problème principal qui peut nous freiner, ou nous faire peur, lorsque l'on se lance dans cette quête, c'est le nombre de services web dont nous devrons connaître la technologie. Ne serait-il pas plus simple pour nous de pouvoir interroger tous ces services sans avoir à devenir des experts en services web, d'autant plus si nous sommes pris par…
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Bonnes Fêtes de fin d'Année

18 décembre 2013

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Le froid s'est abattu sur l'Europe, signe que l'année va bientôt se terminer. Cela fait bientôt un an que nous avons échappé à la fin du monde. Nous avons pu vous fournir, nous l'espérons, un joli lot d'articles intéressants depuis. Nous poursuivrons nos efforts l'année prochaine pour vous informer sur la bioinformatique actuelle et à venir. Il est cependant temps pour nous de prendre quelques jours de vacances et de faire une pause de la publication jusqu'à la mi-janvier. Cela nous donnera juste le temps de faire le plein d'énergie pour vous apporter des articles tout chauds. Toute l'équipe…
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Introduction aux ontologies

11 décembre 2013

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par

François Vallée

dans Découverte

Qu'est-ce que c'est ? Les ontologies telles qu'on les emploie en informatique (car le concept est philosophique avant tout) ont d'abord été mises au point pour l'intelligence artificielle. Leur objectif est de décrire ce qui existe et la définition formelle est assez complexe mais je vais m'efforcer de présenter les choses plus simplement. Dans sa définition, une ontologie est un ensemble structuré de termes et de concepts d'un domaine particulier en précisant les relations entre ces termes et leurs propriétés. Chaque terme d'une ontologie doit posséder une définition pour être sûr de la signification qui y est associée. Une ontologie présente…
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Single-cell sequencing : le séquençage à la cellule près

5 décembre 2013

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par

I. Stévant

dans Découverte

Dans la grande famille du séquençage, on distingue le DNAseq et le RNAseq. Le premier capture la séquence d'ADN contenue dans un organisme, un tissu, une tumeur. C'est un peu comme décompiler le code source d'un être vivant pour comprendre comment il fonctionne. Le postulat de l'ADN est qu'il est sensé être le même dans toutes les cellules d'un organisme (à part de rares exceptions). Le RNAseq, quant à lui, permet de capturer le produit de l'expression des gènes à un moment donné dans un tissu spécifique. En effet, les gènes ne s'expriment pas de la même manière d'un tissu…
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Assembler un génome sur un Raspberry Pi

27 novembre 2013

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par

Samuel Ortion

dans Découverte

Assembler un génome est une tâche fastidieuse et surtout très coûteuse. Pour un génome de 100 Mbp (Million de paires de bases), Velvet ou SOAPdenovo utilisent 20 à 30 Go de mémoire, voire plus. Je voudrais partager avec vous une idée complètement farfelue qui nous est venue et qui nous a fait gagner (Guillaume Rizk et moi-même) le prix du meilleur poster lors de JOBIM 2013 : et si on faisait de l'assemblage de génome sur un Raspberry Pi ? Remettons-nous d'abord dans le contexte… L'assemblage de génome Je ne vais pas décrire ici tout ce qui concerne l'assemblage de génome, cela méritera un…
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Frederick Sanger nous a quitté

22 novembre 2013

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par

I. Stévant

dans Actualité

Si la nouvelle ne vous est pas encore parvenue, nous vous annonçons que Frederick Sanger, le père de la génomique, est décédé le mardi 19 novembre 2013 à l'âge de 95 ans. Frederick Sanger est né en 1918 dans un petit village du Gloucestershire en Angleterre. Il étudie les sciences naturelles dans le prestigieux Saint John's College de Cambridge, puis effectue une thèse en métabolisme dans le département de biochimie de l'University of Cambridge. Suite à sa thèse, il enchaîne dans le même laboratoire sur l'étude de la composition de l'insuline. En moins de dix ans (de 1943 à 1951),…
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ELIXIR, un savant mélange de pays

20 novembre 2013

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par

max

dans Actualité, Découverte

Vous avez peut-être entendu parler d'ELIXIR récemment, car la France vient de rejoindre le projet. Mais ELIXIR, c'est quoi ? Pour faire simple, ELIXIR c'est la réponse aux défis suivants, chers aux chercheurs en Science de la Vie : Ces défis étant justement d'une portée trop vaste pour être géré par une seule institution ou un seul pays, tout l'intérêt d'ELIXIR réside dans sa dimension européenne. Son but est donc de construire et d'exploiter durablement une infrastructure permettant l'échange et le stockage de données biologiques, au niveau européen. En Octobre 2006, l'European Strategy Forum on Research and Innovation (ESFRI), organisme mis en…
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Autumn Leaves

15 novembre 2013

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

L'automne est déjà bien installé… Les feuilles rougissent comme nos joues au vent froid du matin. Mais nos doigts de bioinformaticiens continuent de pianoter sur nos claviers afin de vous livrer de nouveaux articles. Nous arrivons maintenant à garder le rythme d'un article par semaine, nous espérons que cela vous convient. Si vous avez des remarques ou des idées à nous soumettre, n'oubliez pas que vous pouvez nous contacter ici. Que s'est-il passé depuis septembre ? Au niveau européen, la France a rejoint Elixir. Au niveau du blog, Guillaume Collet a rejoint l'équipe des administrateurs. Ensuite, comme l'année dernière, nous participons…
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