Bioinfo-fr.net

Gephi pour la visualisation et l'analyse de graphes

5 mars 2014

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par

Olivier Dameron

dans Didacticiel

Gephi est un logiciel de visualisation et d'analyse de graphes. Il est distribué sous les licences CDDL 1.0 et GPLv3, et est disponible sur les principaux systèmes d'exploitation. Gephi est prévu d'emblée pour tous types de graphes (pas seulement en bioinformatique) dans les principaux formats. Tulip et Cytoscape sont des outils similaires. Cependant, chez moi Cytoscape demande plein de dépendances difficiles à satisfaire, et Tulip fait un segfault au lancement. Pour créer de petits graphes et placer les noeuds à la main (ou avec des algorithmes de layout simples) yED est assez efficace, mais il n'est pas libre et ne…
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Formaliser ses protocoles avec Snakemake

26 février 2014

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par

Nisaea

dans Astuce, Découverte, Opinion

Vous avez dit protocole ? Qui dit biologie et bioinformatique dit protocole expérimental. C'est le cœur de la démarche scientifique, et un formalisme adapté est la clef pour assurer la reproductibilité des expériences, et ainsi garantir la validation des découvertes par la communauté. En paillasse, les solutions pour formaliser et conserver les protocoles sont plutôt naturellement pragmatiques et éprouvées par les années. Le papier a encore de beaux jours devant lui. Cependant, il est assez difficile d'adapter le principe du cahier de manip au monde de l'informatique, car il est inefficace tel quel. À la place, beaucoup ont adopté les systèmes…
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Jamais 2 sans 3 !

26 février 2014

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Birthday Cake | Will Clayton[/caption] C'est avec un immense plaisir que l'ensemble de l'équipe de bioinfo-fr.net souffle sa deuxième bougie cette année.Nous espérons être toujours à la hauteur de vos attentes et souhaitons bien entendu faire encore mieux dans l'avenir.Notre rythme de croisière à un article par semaine, sauf exception, est maintenant bien ancré et semble satisfaire à la fois nos auteurs, nos relecteurs et vous-même nos chers lecteurs !Quelques petits chiffres en vrac. En deux ans, bioinfo-fr.net ça a été : Merci à vous pour vos encouragements, votre fidélité et vos partages.
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Il était une fois… l’analyse de séquences d’ADN

19 février 2014

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par

Jsobel

dans Découverte

L'analyse de séquences est une mission centrale de la bioinformatique. Quelques mots sur celle de l'ADN, un domaine incontournable dans lequel les chercheurs s’attèlent à comprendre la fonction des régions régulatrices du génome et des gènes grâce aux nouvelles technologies. Le credo de la bio En biologie, il existe de nombreuses macromolécules renfermant un code permettant d’exécuter des processus cellulaires et moléculaires. C’est ce que l’on appelle le dogme central de la biologie moléculaire : un gène est transcrit en ARN messager puis traduit en protéines - principales protagonistes des processus biologiques de la cellule. L'ADN et l'ARN sont faits de longues…
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De l’utilité (ou pas) d’une thèse en bioinformatique

12 février 2014

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par

Estel

dans Opinion

“Et pourquoi pas une thèse ?” vous êtes-vous peut-être demandé en sortant du TD de statistiques de mardi dernier. Pas forcément en biostatistiques, la thèse, hein. Mais la bioinformatique, ça vous parle vraiment. Vous adorez travailler sur des projets concrets, seul ou en groupe. Par contre, pour ce qui est de penser à l’après-Master… Certains de vos collègues ont déjà des plans de carrière précis (“une thèse en 4 ans + deux postdocs à l’étranger + concours maître de conf’”), mais ça n’est pas votre cas. Voici donc un (long) billet, pour vous convaincre que faire une thèse, c’est le…
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SIB (Swiss Institute of Bioinformatics)

5 février 2014

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par

Akira

dans Découverte, Formation

Suite à l'article sur l'EMBL, voici la présentation d'un autre grand employeur dans le domaine de la bioinformatique. Cette fois-ci c'est un peu plus compliqué, contrairement à l'EMBL qui a ses propres bâtiments et finalement un nombre de lieux de travail réduit, le SIB, dont on va parler aujourd'hui, est réparti sur tout le territoire suisse. Je ne vais donc pas parler de tous les laboratoires et de leurs thèmes de recherche (je vous dirai où trouver ces informations), mais je vais présenter de façon générale ce qu'est le SIB. SIB : aux origines Le SIB a été créé en 1998,…
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Les mélanges gaussiens

29 janvier 2014

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par

Julien Delafontaine

dans Didacticiel

La plupart des mesures que l'on obtient des expériences en biologie suivent approximativement une distribution dite "normale", ou "gaussienne", dont la densité a la forme d'une cloche, symétrique avec un unique sommet au milieu. C'est aussi l'hypothèse d'un grand nombre d'outils d'analyse statistique. Mais que faire quand on observe deux sommets ou plus ? Le plus probable, c'est qu'on observe alors un mélange de plusieurs composantes normales, qu'on voudrait séparer. Une fois décomposées, on peut travailler sur chaque composante séparément. Le tout s'appelle un "modèle de mélange gaussien", ou "gaussian mixture model" en anglais pour la littérature. Les exemples d'utilisation sont…
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Flux Balance Analysis ou la simulation du métabolisme d'une cellule

22 janvier 2014

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par

Bunny

dans Découverte

"I thought there couldn't be anything as complicated as the universe, until I started reading about the cell.“ (Systems Biologist Eric de Silva -astrophysicist by training-, Imperial College London.) Avec l'arrivée des technologies de séquençage à haut débit (NGS pour les intimes), de plus en plus de génomes complets sont disponibles dans les banques de données publiques ou non. A partir de ces génomes, on peut faire de la reconstruction automatisée de réseaux métaboliques à l'échelle de l'organisme (ou presque). Une fois qu'on dispose de ces réseaux métaboliques, il existe plusieurs approches de modélisation du métabolisme, afin de comprendre (ou du…
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