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Les mélanges gaussiens
Lire la suite : Les mélanges gaussiensLa plupart des mesures que l'on obtient des expériences en biologie suivent approximativement une distribution dite "normale", ou "gaussienne", dont la densité a la forme d'une cloche, symétrique avec un unique sommet au milieu. C'est aussi l'hypothèse d'un grand nombre d'outils d'analyse statistique. Mais que faire quand on observe deux sommets ou plus ? Le plus […]
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Flux Balance Analysis ou la simulation du métabolisme d'une cellule
Lire la suite : Flux Balance Analysis ou la simulation du métabolisme d'une cellule"I thought there couldn't be anything as complicated as the universe, until I started reading about the cell.“ (Systems Biologist Eric de Silva -astrophysicist by training-, Imperial College London.) Avec l'arrivée des technologies de séquençage à haut débit (NGS pour les intimes), de plus en plus de génomes complets sont disponibles dans les banques de données […]
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Bioservices, un module Python très utile
Lire la suite : Bioservices, un module Python très utileDans notre domaine si vaste, il existe de nombreuses bases de données (cf. Bases de données, notions par nahoy), et parmi ces bases, un certain nombre d'entre elles propose un service web pour accéder à leurs données à partir d'un script. Le problème principal qui peut nous freiner, ou nous faire peur, lorsque l'on se […]
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Bonnes Fêtes de fin d'Année
Lire la suite : Bonnes Fêtes de fin d'AnnéeLe froid s'est abattu sur l'Europe, signe que l'année va bientôt se terminer. Cela fait bientôt un an que nous avons échappé à la fin du monde. Nous avons pu vous fournir, nous l'espérons, un joli lot d'articles intéressants depuis. Nous poursuivrons nos efforts l'année prochaine pour vous informer sur la bioinformatique actuelle et à […]
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Introduction aux ontologies
Lire la suite : Introduction aux ontologiesQu'est-ce que c'est ? Les ontologies telles qu'on les emploie en informatique (car le concept est philosophique avant tout) ont d'abord été mises au point pour l'intelligence artificielle. Leur objectif est de décrire ce qui existe et la définition formelle est assez complexe mais je vais m'efforcer de présenter les choses plus simplement. Dans sa définition, […]
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Single-cell sequencing : le séquençage à la cellule près
Lire la suite : Single-cell sequencing : le séquençage à la cellule prèsDans la grande famille du séquençage, on distingue le DNAseq et le RNAseq. Le premier capture la séquence d'ADN contenue dans un organisme, un tissu, une tumeur. C'est un peu comme décompiler le code source d'un être vivant pour comprendre comment il fonctionne. Le postulat de l'ADN est qu'il est sensé être le même dans […]
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Assembler un génome sur un Raspberry Pi
Lire la suite : Assembler un génome sur un Raspberry PiAssembler un génome est une tâche fastidieuse et surtout très coûteuse. Pour un génome de 100 Mbp (Million de paires de bases), Velvet ou SOAPdenovo utilisent 20 à 30 Go de mémoire, voire plus. Je voudrais partager avec vous une idée complètement farfelue qui nous est venue et qui nous a fait gagner (Guillaume Rizk et […]
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Frederick Sanger nous a quitté
Lire la suite : Frederick Sanger nous a quittéSi la nouvelle ne vous est pas encore parvenue, nous vous annonçons que Frederick Sanger, le père de la génomique, est décédé le mardi 19 novembre 2013 à l'âge de 95 ans. Frederick Sanger est né en 1918 dans un petit village du Gloucestershire en Angleterre. Il étudie les sciences naturelles dans le prestigieux Saint […]
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