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J'ai lu : Bioinformatique, Cours et cas pratiques

13 novembre 2013

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par

Guillaume Collet

dans J'ai lu

Ce mois-ci, j'ai lu pour vous "Bioinfomatique, Cours et cas pratique," un ouvrage de Gilbert Deléage et Manolo Gouy, paru en 2013 aux éditions Dunod. Il s'agit d'un livre à destination des étudiants en licence et master qui souhaitent découvrir la bioinformatique des protéines du point de vue du biologiste. C'est donc un ouvrage très orienté outils et analyses. Sujet De nos jours, un biologiste souhaitant analyser des séquences de protéines nouvellement produites passera forcément par des outils bioinformatiques. Comme tout le monde n'a pas un ingénieur bioinformaticien sous la main, la connaissance des méthodes et outils disponibles devient cruciale…
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Fabriquer un trackhub dans UCSC

6 novembre 2013

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par

Yoann M.

dans Astuce

J'ai décidé de partager avec vous la petite astuce du moment que j'ai découverte grâce à Jonathan et que j'ai incorporée dans mon travail actuel (merci encore à lui, il a lu toute l’infâme documentation de UCSC). Le navigateur génomique (pour ne pas dire genome browser) de UCSC nous autorise donc à générer et visualiser des "trackhubs". Qu'est ce qu'un trackhub ? On parle de trackhub quand on regroupe plusieurs fichiers génomiques dans un même dossier qui peut être ensuite partagé sur UCSC ou avec d'autres personnes par exemple. On pourra empiler des tracks (pistes) venant du même organisme et du…
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Un bookmarklet pour accéder plus facilement aux publications

30 octobre 2013

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par

max

dans Astuce

Si vous êtes au CNRS, ou à l'Inserm, vous êtes probablement familiers avec BiblioInserm ou BiblioVIE, les portails d’informations et d’accès aux revues de ces institutions. Le portail BiblioInserm Le portail BiblioVIE Ces portails vous permettent d’accéder par exemple à PUBMED et d’y chercher des articles, sous réserve d’avoir un identifiant et le mot de passe associé (souvent par labo, ou par équipe). En utilisant les services BiblioInserm ou BiblioVIE pour vous rendre sur PUBMED, vous passez par un proxy qui vous identifie et vous accompagne dans vos recherches bibliographiques. Sur le site Pubmed avec le Proxy Qui se…
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Julia : le successeur de R ?

23 octobre 2013

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par

Julien Delafontaine

dans Découverte

Actuellement le langage R est incontournable pour qui veut manipuler des données en bioinformatique, en particulier pour l'analyse statistique. Mais un successeur est en passe de s'imposer : Julia, combinant puissance du langage avec les fonctionnalités de R, et comblant les nombreux défauts de ce dernier - mais plus encore ! Voici une présentation de ce tout nouveau langage. À l'origine La principale raison du succès de R est le système de "packages" qui a permis à chaque labo d'écrire et de rendre facilement récupérable le code qui résout son problème particulier. Aujourd'hui c'est la grande force de R : vous avez un…
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Analyses rapides de fichiers

16 octobre 2013

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par

Nolwenn

dans Astuce

Langage : shell, sous GNU/Linux Commandes présentées :wc, awk, sed, tr, head, nl, cut Niveau : débutant Dans le cadre de notre travail, nous sommes souvent amenés à manipuler de nombreux fichiers contenant des milliers de lignes et des dizaines de champs. Dans ces cas-là, nous avons souvent tendance à virer à la paranoïa et à vouloir nous assurer que nos fichiers sont bien formatés et contiennent bien le nombre de lignes, champs ou éléments attendus. Dans ce billet, je vous propose de découvrir ou redécouvrir quelques commandes simples pour analyser rapidement des fichiers.
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Tests Statistiques : suivez l'guide

9 octobre 2013

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par

Delphine-L

dans Suivez l'guide

Introduction : Pourquoi des tests statistiques ? Les tests statistiques sont de puissants outils d’aide à la décision pour le chercheur, qui lui permettent de vérifier des hypothèses expérimentales, avec un certain seuil de probabilité. Ces tests sont simples à appliquer, mais parfois moins simples à comprendre. C’est pourquoi nous allons étudier ensemble ces tests pas à pas afin que vous puissiez comprendre quel test utiliser pour vos données, comment l’appliquer et comment utiliser ces résultats. Que nous apprennent les tests ? Les tests permettent de vérifier une hypothèse biologique. Les hypothèses biologiques sont formulées de telle façon que la réponse soit du type…
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Questions à… Virginie Martiny

2 octobre 2013

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par

Julien Fumey

dans Entretien

C'est la rentrée, les vacances sont terminées et les étudiants reprennent le chemin des bancs de la fac, tandis que les enseignants-chercheurs repassent devant le tableau noir pour transmettre leurs connaissances. C'est aussi la période où une partie des étudiants franchissent la dernière ligne droite : la remise du manuscrit de thèse et la soumission devant un jury. C'est pourquoi nous interviewons une doctorante au MTi (Molécule Thérapeutique in silico) INSERM, Paris Diderot, qui se prépare à décrocher l'ultime diplôme et qui a accepté de revenir sur son parcours : Virginie Martiny. Pierre Thevenet (PT) : Bonjour Virginie. Tout d'abord, merci d'avoir accepté de…
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RSG Suisse

1 octobre 2013

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par

Jsobel

dans Découverte, Formation

Création du groupe régional Suisse des étudiants (SC-RSG Switzerland) appartenant à la société internationale de biologie computationnelle (ISCB) Bonjour à tous, Par la présente, je vous annonce la création du groupe régional Suisse du conseil des étudiants appartenant à la société internationale de biologie computationnelle. La Bioinformatique est largement implantée en Suisse grâce à l’institut Suisse de Bioinformatique (SIB), ses nombreux laboratoires affiliés ainsi que ses infrastructures avec notamment Vital-it, Swiss-prot et CALIPHO, entre autres. Le SIB a pour vocation de former et d’employer les bio-informaticiens en Suisse dans de nombreuses institutions, à savoir, les universités de Genève, Lausanne, Bâle,…
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