Bioinfo-fr.net

European Molecular Biology Laboratory (EMBL)

25 septembre 2013

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par

Akira

dans Découverte, Formation

Voici un article d'un nouveau genre sur bioinfo-fr : après les lieux pour vous former à la bioinformatique, voici les lieux où postuler pour un stage ou pour travailler une fois votre diplôme en poche. Et aujourd'hui je m'attaque à une grosse pièce puisque je vais vous parler de l'EMBL (European Molecular Biology Laboratory ). Un peu d'histoire-géo Créé en 1974 par une organisation intergouvernementale composée de 10 pays (Allemagne, Autriche, Danemark, France, Israël, Italie, Pays-Bas, Royaume-Unis, Suède et Suisse), l'EMBL comprend aujourd'hui 20 états membres (pour la liste complète : EMBL sur wikipédia). Une partie de l'argent public de ces pays, destiné…
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J'ai lu : Concepts et méthodes en phylogénie moléculaire

18 septembre 2013

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par

Guillaume Collet

dans J'ai lu

La phylogénie n'était pas ma matière préférée lors de mon master de bioinformatique, mais j'ai depuis pris le temps de m'y intéresser et je dois avouer que c'est un domaine passionnant. Le livre que je vous présente aujourd'hui est intitulé "Concepts et méthodes en phylogénie moléculaire," écrit par Guy Perrière et Céline Brochier-Armanet, publié dans la collection IRIS chez Springer. Sujet La phylogénie moléculaire consiste à analyser les séquences biologiques afin de reconstruire un arbre phylogénétique. Nous avons déjà abordé ce sujet dans plusieurs articles, en particulier dans celui-ci. Cet ouvrage propose un panorama des méthodes permettant de construire…
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L'analyse de données RNA-seq : mode d'emploi

11 septembre 2013

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par

Julien Delafontaine

dans Découverte

Un jour, un biologiste se pointe chez vous avec d'une part un disque dur externe dans la main, d'autre part l'air soucieux. Il veut que vous analysiez ses données RNA-seq. Le disque, c'est parce qu'il a environ 50Gb de données à vous transmettre ; l'air soucieux, c'est parce qu'elles ont coûté dans les 15'000 euros, et qu'il espère que pour une fois il a pas trop foiré ses manips. Il compte sur vous, vu qu'il n'a aucune idée de ce qu'il a entre les mains, mais il veut des p-valeurs en sortie, et des petites, s'il vous plaît. Son but peut…
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C'est la rentrée !

5 septembre 2013

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Septembre est là ! Nous espérons que l'été a été bon pour vous tous et c'est en exclusivité que nous avons l'honneur et le plaisir de vous présenter enfin notre deuxième version du blog. Nous espérons du fond du cœur que les nouveautés vous plairont. Nous remercions encore une fois notre ZaZo0o qui a mis énormément de temps et de cœur dans tout ça. Vous pourrez également enfin vous amuser à découvrir qui se cache derrière l'équipe de bioinfo-fr.net en visitant notre toute nouvelle et toute belle page équipe ! Quant aux publications, elles reprendront de plus belle à partir de la…
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Les vacances

5 août 2013

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

L'été est enfin arrivé et nous allons prendre des vacances bien méritées. Ne vous inquiétez pas, nous serons de retour en septembre avec de nouveaux articles toujours plus intéressants sur le FBA, l'EMBL ou encore un tutoriel sur l'analyse de données RNAseq, mais nous n'en dirons pas plus car ils sont encore en préparation. Nous ne voudrions pas mettre la pression à nos rédacteurs chevronnés. En effet, il faut l'avouer : la bioinformatique au bord de la piscine, ce n'est pas facile… Nous partons donc un mois au soleil, sans nouvelles, mais nous allons en profiter pour brosser notre page équipe…
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JOBIM2013 : le bilan

1 août 2013

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par

Article Collaboratif

dans Conférence

Ça y est, les JOBIM 2013 ont eu lieu. Cela se passait à Toulouse au Centre des Congrès Pierre Baudis. Ce fut une semaine bien chargée et bioinformatiquement très intéressante. Les sessions plénières ainsi que les parallèles ont rencontré un certain succès. Cette année les conférenciers invités étaient au nombre de six : Simon Anders (EMBL, Heildelberg), Christine Brun (TAGC, Marseille), Laurent Duret (LBBE, Lyon), Jean-Loup Faulon (Université d'Evry), Roderic Guigo (CRG, Barcelone) et Pedro Mendes (Université de Manchester). Nous noterons dès à présent l'effort d'une petite majorité des orateurs à présenter en anglais. Cela pourrait paraître logique au vu de…
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L'indice de Jaccard, pas qu'une histoire de mailles…

18 juillet 2013

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par

Guillaume Collet

dans Découverte

J'ai utilisé dernièrement l'indice de Jaccard pour comparer des ensembles de mots. Comme c'est une mesure assez classique et plutôt utile, j'ai décidé de vous en parler un peu. Donc voici une introduction à l'indice de Jaccard, à ne pas confondre avec le pull Jacquard, ce n'est pas du tout la même chose. L'indice de Jaccard est une mesure simple de similarité entre deux ensembles d'objets proposée par Paul Jaccard en 1901 [1,2]. Il consiste à diviser le nombre d'objets en commun par le nombre d'objets distincts dans les deux ensembles, autrement dit le cardinal de l'intersection divisé par le…
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GGMM 2013 : le bilan

10 juillet 2013

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par

Gophys

dans Conférence

Votre super reporter s'est rendu à deux congrès au mois de Mai, que vous avez pu suivre en direct via des live-tweets. Pour ceux qui ont raté le coche et pour les autre aussi, voici un résumé de ce qui s'est passé durant le premier congrès. GGMM, pour Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire, est un congrès qui se tient tous les deux ans, et qui a pour objectif… la modélisation moléculaire. Un congrès de pur bioinformatique donc. Cette année, le congrès s'est déroulé pendant 3 jours à Saint-Pierre d'Oléron. Pour ceux qui ne sont pas familiers avec les concepts de modélisation moléculaire,…
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