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Comment organiser son travail ?
Lire la suite : Comment organiser son travail ?L'organisation du travail peut sembler facile, ce n'est pas toujours le cas, surtout lorsque l'on est impliqué dans 2 ou 3 projets à la fois. Comment se souvenir de ce que l'on a fait il y a un mois alors même que l'on ne sait plus ce que l'on a fait la veille ? Où sont […]
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Questions à… Ioannis Xenarios
Lire la suite : Questions à… Ioannis XenariosIl s'agit de notre deuxième interview et après Jean-François Gibrat nous avons décidé d'aller nous promener un peu en Suisse. Nous y avons rencontré Ioannis Xenarios, directeur des groupes Vital-IT et Swiss-Prot du SIB : institut Suisse de Bioinformatique, mais aussi professeur à l'Université de Lausanne, et nous en avons profité pour lui poser quelques questions. […]
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SQLite
Lire la suite : SQLiteDans un précédent article, nous vous avons parlé des bases de données, leur importance et leur intérêt. Ici je vais vous parler de SQLite, une bibliothèque donnant accès à un moteur de base de données relationnelle qui vous permettra de travailler avec du SQL et cela sans avoir besoin de configurer ou d'installer quoi que […]
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Clusters et pipelines avec LSF
Lire la suite : Clusters et pipelines avec LSFAujourd'hui petit mash-up de deux articles précédemment publiés dans nos colonnes. Comme je l'avais promis, je vais vous présenter ma méthode pour faire du pipelining avec le gestionnaire de ressources de notre cluster. Si vous n'avez pas compris la phrase précédente, je vous invite à aller (re-)lire l'article sur les pipelines et celui sur les […]
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Un tour d'horizon des bases de données consacrées au métabolisme
Lire la suite : Un tour d'horizon des bases de données consacrées au métabolismeLa toute première activité enzymatique a été découverte par Anselme Payen, un chimiste industriel français qui a piqué, grâce à son génie, la domination du marché de borax aux néerlandais. C'était une α‑amylase, isolée à partir d'un extrait de malt, et capable de découper l'amidon en glucose. Nommée initialement diastase (synonyme d'"enzyme" à l'heure actuelle), […]
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Les identifiants : a (name)space oddity
Lire la suite : Les identifiants : a (name)space odditySur Bioinfo-fr.net, nous avons plusieurs fois parlé des bases de données biologiques. Que ce soit du point de vue de la gestion, de l'exploitation ou même du stockage physique. J'aimerai revenir aujourd'hui sur un souci qui se présente souvent lors de l'exploitation de plusieurs bases de données : les identifiants. Un objet biologique dans une base […]
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Lâchez vos coms !
Lire la suite : Lâchez vos coms !Je souhaiterais partager avec vous dans ce billet quelques petites choses qui relèvent plus de l'anecdote personnelle que de l'article sérieux. J'espère que vous ne m'en voudrez pas si je prends le risque de baisser un peu le niveau de ce blog, mais ça fait un moment que le sujet me trottait en tête. Les […]
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J'ai lu : Information is Beautiful 2nd Edition
Lire la suite : J'ai lu : Information is Beautiful 2nd EditionSuite à l'article Data Visualisation ou l’art de se faire comprendre (et à un voyage opportun à Londres), j'ai investi dans THE livre de référence en data visualisation. Information is Beautiful 2nd Edition Cet ouvrage de David McCandless, publié en décembre 2012 (1ere édition 2010) aux éditions Collins n'est disponible qu'en anglais. Sujet Le sujet […]
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