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GGMM 2013 : le bilan
Lire la suite : GGMM 2013 : le bilanVotre super reporter s'est rendu à deux congrès au mois de Mai, que vous avez pu suivre en direct via des live-tweets. Pour ceux qui ont raté le coche et pour les autre aussi, voici un résumé de ce qui s'est passé durant le premier congrès. GGMM, pour Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire, est un congrès […]
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Suivez le guide : en quête de HMM
Lire la suite : Suivez le guide : en quête de HMMBases Théoriques : Une chaîne de Markov , ça vous dit quelque chose ? Une classe de modèles de Markov, appelée Modèle de Markov Caché (Hidden Markov Model, HMM), est un modèle mathématique permettant de segmenter un signal observé en régions (états cachés) définis par le modèle. Lequel est composé de quatre éléments : N états, une matrice d’émissions, des conditions […]
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Questions à… Olivier Gascuel
Lire la suite : Questions à… Olivier GascuelA la veille des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique, Mathématiques (JOBIM), nous avons trouvé intéressant de revenir à la création de cette conférence. Pour cela, nous avons rencontré Olivier Gascuel, directeur de recherches CNRS au Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), médaille d'argent du CNRS en 2009, qui nous emmène avec lui […]
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JOBIM2013, nous voilà !
Lire la suite : JOBIM2013, nous voilà !L'été est enfin là (si si…) et comme chaque année les JOBIM reviennent ! Cette année cela se passera à Toulouse du 1er au 4 juillet, et nous y serons. Nous aurons même l'honneur de vous présenter le blog pendant quelques minutes dès le premier jour aux alentours de 16h30. Nous essayerons de live tweeter la […]
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Fusionner des fichiers entre eux : la commande join
Lire la suite : Fusionner des fichiers entre eux : la commande joinLangage : shell Commande présentée : join Niveau : débutant Présentation de la commande join La commande join est disponible nativement sur les systèmes d'exploitation GNU/Linux. Il s'agit d'une commande POSIX et elle est donc présente sur tous les systèmes d'exploitation UNIX et UNIX-Like. La plupart des gens utilisent cette commande pour récupérer les lignes communes entre deux […]
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J'ai lu : Statistiques pour statophobes
Lire la suite : J'ai lu : Statistiques pour statophobesBonjour à tous. J'aimerais partager avec vous un ouvrage qui a changé ma vie professionnelle, à plusieurs niveaux. En lieu et place d'une introduction, je vous offre quelques morceaux choisis, avec lesquels mes talents de rédactrice ne peuvent pas espérer lutter. Abstract : "Une introduction au monde des tests statistiques à l'intention des étudiants qui n'y […]
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Jouez avec vos données : utilisez un ORM
Lire la suite : Jouez avec vos données : utilisez un ORMIl y a quelques temps, je vous ai parlé de base de données, un super moyen pour structurer vos données. Vous êtes maintenant j'en suis sûr, des professionnels du SELECT, des JOIN et autres ALTER. C'est bien, très bien même, mais maintenant je vais vous apprendre à vous en passer. Et oui, la ligne de […]
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DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de la régulation de l'expression des gènes
Lire la suite : DNase-seq, FAIRE-seq, ChIP-seq, trois outils d'analyse de la régulation de l'expression des gènesLa régulation de la transcription est un processus indispensable aux cellules pour permettre leur différenciation, exprimer leur spécificité, assurer leur développement, leur prolifération ou encore pour leur permettre de s'adapter à un environnement. L'étude de la régulation de la transcription passe par l'identification d'éléments clés gouvernant ces processus biologiques.Ces éléments de régulations se distinguent en […]
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