• Galaxy : Bien plus qu'un gestionnaire de workflows

  24 avril 2012

  -

  par

  Nisaea

  dans Astuce

  

  Qu'est-ce que Galaxy ? Galaxy est une appli­ca­tion web écrite en Python des­ti­née à faci­li­ter la mani­pu­la­tion et l'analyse des don­nées, dans le cadre de la recherche bio­mé­di­cale. Elle per­met d'utiliser des logi­ciels habi­tuel­le­ment exé­cu­tés en ligne de com­mande de manière gra­phique, grâce à un sys­tème de plu­gins (« outils ») en XML et de tem­plates Mako. Ces […]

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• Alignements multiples : Calculer la conservation

  22 avril 2012

  -

  par

  Guillaume Collet

  dans Découverte

  

  Après le pre­mier billet de Yoann intro­dui­sant les logi­ciels prin­ci­paux per­met­tant de pro­duire des ali­gne­ments mul­tiples, je suis très heu­reux de conti­nuer cette série d'articles en vous par­lant du cal­cul de la conser­va­tion. Enten­dons-nous bien, je ne pré­tends pas vous don­ner la for­mule ultime per­met­tant de cal­cu­ler à coup sûr un score de conser­va­tion. De […]

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• Présentation de l'association JeBiF

  20 avril 2012

  -

  par

  max

  dans Découverte

  

  En bio­in­for­ma­tique, nous sommes sou­vent ame­nés à col­la­bo­rer avec d’autres équipes, dans d’autres labo­ra­toires… Connaître les dif­fé­rentes asso­cia­tions, socié­tés, réseaux, grou­pe­ments ou autres peut être utile. C'est à ce titre là que je sou­haite par­ta­ger mes connais­sances et mes inté­rêts et vous pré­sen­ter l'association JeBiF dont je suis membre. Présentation de JebiF RSG-France Que signifie JeBiF ? […]

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• Revue de presse : Le printemps, les oiseaux et … la biblio

  18 avril 2012

  -

  par

  Malicia

  dans Journal Club

  

  Je dois l'avouer : ce mois est un cau­che­mar. Il y avait une tonne de choses pas­sion­nantes ! Alors, le choix d'en lais­ser cer­tains en dehors m'a cau­sé des nuits blanches… Je plai­sante. J'en ai choi­si donc quelques-unes espé­rant que le mélange gour­mand et cro­quant fasse de l'ombre aux émis­sions culi­naires de M6 (clin d'oeil aux Gui­gnols). […]

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• GPGPU, le "supercalculateur" du pauvre

  16 avril 2012

  -

  par

  Mica

  dans Découverte

  

  En bio­in­for­ma­tique, nous sommes sou­vent ame­nés à tra­vailler avec des don­nées à grande échelle. Il suf­fit de voir le nombre de publi­ca­tions incluant les termes “large-scale”, “exten­sive” ou encore “high-through­put” pour s’en rendre compte. Dans la majo­ri­té des cas, on est satis­fait du déve­lop­pe­ment d’un outil quand celui-ci fait son job cor­rec­te­ment en se sou­ciant […]

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• Présentation du Master Bioinformatique de Bordeaux

  12 avril 2012

  -

  par

  nallias

  dans Formation

  

  Présentation Foyer du fon­da­teur de #bioin­fo-fr (ain­si que quelques habi­tués), le Mas­ter de Bio­In­for­ma­tique de l’Université Bor­deaux 1 existe depuis 2003. Les cours sont dis­pen­sés à la fois sur le cam­pus Pessac/​Talence (uni­ver­si­té de Bor­deaux 1) et le cam­pus Car­reire (uni­ver­si­té de Bor­deaux Sega­len). Ces deux cam­pus se par­tagent res­pec­ti­ve­ment les cours du domaine infor­ma­tique […]

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• Débuter avec l'API Ensembl (Perl)

  11 avril 2012

  -

  par

  tadaima

  dans Découverte

  

  But : Décou­vrir com­ment on peut accé­der très sim­ple­ment aux infor­ma­tions d'Ensembl à l'aide d'un script Perl. Niveau : débu­tant. Pré-requis : Avoir des notions de Perl allant jusqu'à l'utilisation de librai­ries. Avoir accès à une machine où les librai­ries Perl d'Ensembl sont ins­tal­lées. Par­mi les sites agré­geant de l'information bio­lo­gique, Ensem­bl four­nit une API (Appli­ca­tion Pro­gram­ming Inter­face) […]

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• Edito

  5 avril 2012

  -

  par

  Yoann M.

  dans Editorial

  Et bien voi­la, notre pre­mier mois d'existence vient de pas­ser. Encore une fois, mer­ci à vous pour votre toute jeune et fraîche fidé­li­té, nous espè­rons pou­voir vous conten­ter ain­si encore pen­dant long­temps ! L'heure est venue de faire place aux chiffres, car les chiffres parlent tou­jours mieux que des mots.D'après notre outil d'analyse voi­ci ce qu'il […]

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