Bioinfo-fr.net

Présentation du Master Bioinformatique de Bordeaux

12 avril 2012

-

par

nallias

dans Formation

Présentation Foyer du fondateur de #bioinfo-fr (ainsi que quelques habitués), le Master de BioInformatique de l’Université Bordeaux 1 existe depuis 2003. Les cours sont dispensés à la fois sur le campus Pessac/Talence (université de Bordeaux 1) et le campus Carreire (université de Bordeaux Segalen). Ces deux campus se partagent respectivement les cours du domaine informatique et biologique, en partenariat avec le LaBRI (Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique). Formation Cette formation en 2 ans ne demande de pré-requis ni en informatique ni en algorithmique, étant plutôt axée sur l'apprentissage de l'informatique par des étudiants en biologie. Cela ne signifie pas…
Lire la suite : Présentation du Master Bioinformatique de Bordeaux
Débuter avec l'API Ensembl (Perl)

11 avril 2012

-

par

tadaima

dans Découverte

But : Découvrir comment on peut accéder très simplement aux informations d'Ensembl à l'aide d'un script Perl. Niveau : débutant. Pré-requis : Avoir des notions de Perl allant jusqu'à l'utilisation de librairies. Avoir accès à une machine où les librairies Perl d'Ensembl sont installées. Parmi les sites agrégeant de l'information biologique, Ensembl fournit une API (Application Programming Interface) Perl qui permet de développer des programmes (en Perl donc) pour accéder à cette information. L'API Ensembl est très complète et on ne s'intéressera ici qu'aux classes et méthodes de plus haut niveau. Il est possible d'utiliser des fonctions plus proches des bases de données,…
Lire la suite : Débuter avec l'API Ensembl (Perl)
Edito

5 avril 2012

-

par

Les admin·e·s

dans Editorial

Et bien voila, notre premier mois d'existence vient de passer. Encore une fois, merci à vous pour votre toute jeune et fraîche fidélité, nous espèrons pouvoir vous contenter ainsi encore pendant longtemps ! L'heure est venue de faire place aux chiffres, car les chiffres parlent toujours mieux que des mots.D'après notre outil d'analyse voici ce qu'il ressort de ce mois de Mars : En guise de petit cadeau pour vous remercier, nous vous présentons avec tout plein de fierté le nouveau design du blog (qui n'est pas encore tout à fait fini, mais on fait ce qu'on peut pendant notre temps libre…
Lire la suite : Edito
La métagénomique et les défis pour la bioinformatique au goût #IHMC2012

4 avril 2012

-

par

Malicia

dans Conférence

On vous avait dit il y a peu qu'on allait vous parler du Congrès international sur le microbiome humain (International Human Microbiome Congress 2012). Pour quelques raisons, votre humble serviteure a tardé avec son forfait. Mais voici que c'est maintenant chose faite : nous espérons que la frustration sera vite oubliée 😉 Je vous avais déjà présenté le Congrès, donc je ne le referai pas ici. L'objet de ce billet est de discuter quelques points intéressants du point de vue de la bioinformatique (ce n'est pas un scoop vu le blog que vous lisez actuellement). Le premier jour de la conférence…
Lire la suite : La métagénomique et les défis pour la bioinformatique au goût #IHMC2012
Reconstruction automatique de réseaux métaboliques

3 avril 2012

-

par

Sylvain P.

dans Découverte

Le nombre de génomes séquencés croît aujourd'hui exponentiellement. Il est probable que d'ici peu de temps chacun d'entre nous puisse avoir la séquence de son propre génome pour une poignée de dollars en quelques jours seulement. On peut d'ailleurs se référer à ce récent débat vidéo, dans lequel intervient notamment le professeur Denis Duboule (généticien à l'École Polytechnique Fédérale de Lausanne), pour avoir plus d'informations au sujet des séquençages haut débit, des risques que cela comporte pour chacun d'entre nous, des précautions à prendre vis-à-vis du "tout séquençage". Du point de vue de la recherche, de très nombreux organismes sont…
Lire la suite : Reconstruction automatique de réseaux métaboliques
Présentation de l'IUT Génie Biologique option Bioinformatique d'Aurillac

27 mars 2012

-

par

Akira

dans Formation

Voici pour cette nouvelle semaine le deuxième article sur les formations de bioinformatique en France. Je vais vous présenter l'IUT Génie Biologique option Bioinformatique d'Aurillac, rattaché à l'université d’Auvergne. Cette formation en deux ans est, à ma connaissance, la seule qui permet de commencer la bioinformatique à la sortie du lycée. Les étudiants viennent majoritairement de terminale S (aucun prérequis en informatique n'est demandé) et la sélection se fait sur dossier. Le nombre de places étant réduit (~50), il existe une certaine compétition pour y entrer. Objectifs Le DUT (Diplôme Universitaire de Technologie) se prépare en deux ans et doit…
Lire la suite : Présentation de l'IUT Génie Biologique option Bioinformatique d'Aurillac
Edito

26 mars 2012

-

par

Les admin·e·s

dans Editorial

Nouvelle semaine, nouveaux articles. Cette semaine encore nous accorderons une place à l'une des formations bioinformatique disponible en France. Il s'agira de l'IUT Bioinformatique d'Aurillac. Notre reporter d'excellence devrait également nous faire un petit résumé de ce qui s'est passé à l’International Human Microbiome Congress 2012. Vous êtes maintenant de plus en plus nombreux à visiter le blog et nous vous en remercions. Continuez de faire passer le message autour de vous. De plus nous souhaitons également être à votre écoute, donc n'hésitez pas à réagir sur nos articles par le biais des commentaires et même à proposer des idées…
Lire la suite : Edito
SQL Tips : Créer une table avec le résultat d'une requête

23 mars 2012

-

par

Leo_01

dans Astuce

But : Notre but dans cette exemple est de pouvoir travailler sur une copie des lignes ayant une longueur comprisent entre 10 et 400. Mais cette astuce peux aussi être utilisée pour : Créer un clone d'une table, figer les données à un instant donné, travailler sur un sous ensemble de données, simplifier un ordre sql, etc. Prérequis : Savoir afficher le(s) champs d'une table correspondant aux valeurs choisies (clause WHERE). Difficulté : 1 (Facile) L'ordre SQL permettant de créer une table pré-remplie est le suivant : CREATE TABLE nom_table AS requete; Exemple : code_pdb length code_uniprotkb 1F88 348 P02699 3IYO 666 Q1AHV0 3HYD 7…
Lire la suite : SQL Tips : Créer une table avec le résultat d'une requête