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Étude de la régulation de l'épissage alternatif

4 mai 2012

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par

I. Stévant

dans Découverte

Je vais vous exposer dans cet articles un exemple de collaboration entre biologistes et bioinformaticiens afin de répondre à un problème biologique complexe : l'étude de la régulation de l'épissage alternatif. Je vais vous présenter dans un premier temps le contexte biologique, à savoir ce qu'est l'épissage et comment il est régulé. Puis je vais vous décrire les méthodes de biologie moléculaires permettant de détecter d'une part les événements épissages alternatifs (puces à exons, RNAseq), et d'autre part les liaisons protéines/ARN (iCLIP). Enfin, je vous présenterai les méthodes d'intégration de ces données pour répondre à la question : comment une protéine influence…
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Analyse des données de séquençage à ARN

26 avril 2012

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par

ademcan

dans Découverte

Depuis quelques années, le domaine du séquençage de l'information génétique est rentré dans une nouvelle ère : “le séquençage de seconde génération”. Cette avancée technologique a permis une analyse plus en profondeur de l'ADN et l'ARN. Nous pouvons citer parmi ces nouvelles technologies le ChIP-seq (Chromatine Immuno Precipitation sequencing) ou RNA-seq (Séquençage à ARN). Le projet de thèse que je mène en ce moment porte sur l'étude de l'évolution de l'épissage alternatif ainsi que ses éléments régulateurs chez les vertébrés. Pour mener à bien cette étude nous avons récemment généré dans notre laboratoire une très grosse quantité de données de séquençage…
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Commandline Tips : Extraction du x-ième champ d'un fichier organisé en colonne

26 avril 2012

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par

Leo_01

dans Astuce

But : Dans un fichier organisé en colonne, extraire la (ou les) colonne(s) qui nous intéressent Prérequis : Savoir utiliser grep est un plus. Difficulté : 1/5 (Facile) Nous souhaitons dans le fichier PDB 6CSC extraire la première et la quatrième colonne des lignes débutant par le mot clef "ATOM" Préparation des données : La première chose à faire est d'extraire les lignes contenant avec mot clef "ATOM", pour cela nous allons utiliser grep. L'utilisation la plus simple de cet utilitaire demande deux arguments qui sont la chaîne recherchée et le fichier à fouiller. Le lecteur attentif aura remarqué que des guillemets sont présents…
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Galaxy : Bien plus qu'un gestionnaire de workflows

24 avril 2012

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par

Nisaea

dans Astuce

Qu'est-ce que Galaxy ? Galaxy est une application web écrite en Python destinée à faciliter la manipulation et l'analyse des données, dans le cadre de la recherche biomédicale. Elle permet d'utiliser des logiciels habituellement exécutés en ligne de commande de manière graphique, grâce à un système de plugins (« outils ») en XML et de templates Mako. Ces outils sont particulièrement puissants car ils peuvent exécuter n'importe quel langage ou programme. Ainsi, même si les outils proposés par défaut sont massivement adaptés au traitement et à l'analyse des données génomiques (SAMtools, ClustalW, EMBOSS, Bowtie, etc.), il est tout à fait possible d'utiliser le…
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Alignements multiples : Calculer la conservation

22 avril 2012

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par

Guillaume Collet

dans Découverte

Après le premier billet de Yoann introduisant les logiciels principaux permettant de produire des alignements multiples, je suis très heureux de continuer cette série d'articles en vous parlant du calcul de la conservation. Entendons-nous bien, je ne prétends pas vous donner la formule ultime permettant de calculer à coup sûr un score de conservation. De toutes façons, cette formule n'existe sans doute pas. Je vous propose plutôt de revenir sur la notion de conservation, puis de faire un tour d'horizon des différentes approches utilisées pour la mesurer. Ce billet étant quelque peu technique par endroit, il s'adresse plutôt à des…
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Présentation de l'association JeBiF

20 avril 2012

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par

max

dans Découverte

En bioinformatique, nous sommes souvent amenés à collaborer avec d’autres équipes, dans d’autres laboratoires… Connaître les différentes associations, sociétés, réseaux, groupements ou autres peut être utile. C'est à ce titre là que je souhaite partager mes connaissances et mes intérêts et vous présenter l'association JeBiF dont je suis membre. Présentation de JebiF RSG-France Que signifie JeBiF ? JeBiF est le sigle pour Jeunes Bioinformaticiens de France. C’est une association de loi 1901 fondée en décembre 2008. Le siège de l’association se trouve actuellement à Bordeaux, mais sera vraisemblablement déplacé sur Paris dans un futur proche. La structure de l’association est nationale, ce qui permet le…
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Revue de presse : Le printemps, les oiseaux et … la biblio

18 avril 2012

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par

Malicia

dans Journal Club

Je dois l'avouer : ce mois est un cauchemar. Il y avait une tonne de choses passionnantes ! Alors, le choix d'en laisser certains en dehors m'a causé des nuits blanches… Je plaisante. J'en ai choisi donc quelques-unes espérant que le mélange gourmand et croquant fasse de l'ombre aux émissions culinaires de M6 (clin d'oeil aux Guignols). Bonne lecture ! Quelques papiers intéressants sont parus en avril dans Nature Methods. Je voudrais en aborder quelques-uns un peu plus en détails ici. Ils traitent de diverses facettes du séquençage. Ainsi, une brève présentation du "magnetic sequencing" m'a faite rêver :). En gros, au lieu…
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GPGPU, le "supercalculateur" du pauvre

16 avril 2012

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par

Mica

dans Découverte

En bioinformatique, nous sommes souvent amenés à travailler avec des données à grande échelle. Il suffit de voir le nombre de publications incluant les termes “large-scale”, “extensive” ou encore “high-throughput” pour s’en rendre compte. Dans la majorité des cas, on est satisfait du développement d’un outil quand celui-ci fait son job correctement en se souciant assez peu de son optimisation. Il est donc assez courant de lancer des tâches de plusieurs heures sur des giga-octets de données pour réaliser des analyses. Cela ne veut pas dire que bioinformaticien rime avec bourrin (enfin si, la, en l’occurrence, ça rime…), mais les quantités de…
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