Bioinfo-fr.net

Exclusif : Bioinfo-fr au Congrès sur le microbiome humain #IHMC2012

20 mars 2012

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par

Malicia

dans Conférence, Découverte

Le Congrès international sur le microbiome humain 2012 (International Human Microbiome Congress 2012) a commencé hier, le 19 mars 2012, au Palais Brongniart à Paris. Bioinfo-fr était présent, évidemment 😉 Voici une petite mise en bouche. Qu'est-ce que le microbiome humain ? Il s'agit de l'ensemble de la flore bactérienne du corps humain. Lorsque l'on parle du microbiome intestinal, on fait donc référence à la flore bactérienne du système digestif, encore appelée flore intestinale. Vous pouvez tranquillement lire l'article Wikipédia sur le sujet, il est assez bien écrit et documenté. Pour un rappel de ce qu'est la métagénomique, je vous recommande…
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Présentation du master BIBS d'Orsay (Paris XI)

20 mars 2012

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par

Hautbit

dans Formation

Cet article ouvre une catégorie sur les formations de bioinformatique en France (et pourquoi pas ailleurs). Je vais donc vous parler du Master que j'ai suivi : le master Bioinformatique et Biostatistiques (BIBS) d'Orsay (Paris XI) co-habilité par l’École Polytechnique. Ce master à plusieurs années mais il a sa forme actuelle pour la 2ème année consécutive. La bioinformatique est, comme la biologie, très vaste. En effet pour chaque domaine de la biologie on peut trouver des besoins en bioinformaticiens. Les précédents articles ont déjà parlé de l'analyse de données de séquençage (génomique, protéomique, métagénomique, etc.) et certains parmi les suivants parleront…
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JOBIM 2012 : interview exclusive des organisateurs

19 mars 2012

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par

Julien Fumey

dans Entretien

Tous les ans, les bioinformaticiens francophones de tout horizons sont conviés à JOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques). Nous avons profité de la proximité des deux principaux organisateurs de l'évènement de cette année pour aller les rencontrer et leur poser quelques questions… Sylvain P. : "Bonjour Pierre Peterlongo et Claire Lemaitre, vous organisez cette année les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, avant de commencer pourriez-vous vous présenter s'il vous plait?" Claire Lemaitre : Je suis Chargée de Recherche à l'INRIA depuis un an, en bioinformatique. Mes thématiques de recherche sont la génomique comparée, la comparaison de séquences,…
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Edito

19 mars 2012

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Bonjour à tous, Nouvelle semaine qui commence et donc nouveaux articles en prévision. Tout d'abord merci à tous pour votre intérêt.À titre d'information, nous avons dénombré quelques 1100 visiteurs uniques le jour de l'annonce sur la liste de la SFBI. Merci encore à eux pour ce fantastique moyen de diffusion.Notre objectif est donc de vous intéresser et de vous faire revenir. Nous vous autorisons également à en parler autour de vous !Voici le "menu" de cette semaine : En espérant que ça vous plaise nous vous souhaitons une excellente semaine. l'équipe bioinfo-fr.net.
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Alignements multiples : quels logiciels choisir ?

15 mars 2012

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par

Yoann M.

dans Découverte

Le but de cet article est de faire gagner du temps à vous, bioinformaticiens, qui comme moi auront un jour à travailler sur ce large sujet que sont les alignements multiples (ou MSA pour Multiple Sequence Alignements). Dans le cadre de mon travail, j’ai eu à réaliser des alignements de séquences sur un nombre de séquences important et assez longues. Dans un premier temps, j'ai songé à appliquer mes connaissances acquises durant ma formation universitaire (Master de Bioinformatique de Bordeaux au passage, un peu de pub ne fera pas de mal à cette excellente formation française). Mais, après deux ou trois…
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Métagénomique : différences fondamentales avec la génomique

13 mars 2012

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par

Nico M.

dans Découverte

Qu'est ce que la métagénomique ? Depuis quelques années, la métagénomique semble s'installer de plus en plus parmi les sciences du vivant. Bien que plusieurs techniques et modi operandi se cachent derrière le terme "métagénomique", on peut y apposer une définition générale : la métagénomique vise à étudier l'ensemble des génomes issus d'un même milieu ainsi que les interactions entre ces génomes. Par exemple, on peut prélever un échantillon de sol ou d'eau de mer et regarder d'un seul coup tous les micro-organismes vivant dans ce milieu. Or, comme une très grande proportion des micro-organismes n'est pas cultivable en milieu contrôlé (plus…
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Récupérer la fiche d'un gène avec les Eutils du NCBI

8 mars 2012

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par

Nolwenn

dans Découverte

En bioinformatique il n'est pas rare que l'on ait besoin d’accéder à des informations disponibles sur des bases de données internationales, nous verrons ici le cas de la banque Gene du NCBI. Avant de s'intéresser à la récupération d'une fiche d'un gène en passant par les Eutils, un peu de théorie et d'explications sur une fiche type s'impose. Pourquoi choisir d'utiliser les Eutils ? Bien qu'il soit possible de jouer avec la construction d'une URL afin de récupérer la fiche d'un gène au format texte ou XML directement sur le serveur officiel, le NCBI préconise plutôt l'utilisation du serveur Eutils, qui est un…
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Edito

7 mars 2012

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Bonjour. Après deux semaines d'existence, bioinfo-fr donne naissance à une rubrique : le journal-club. Cette rubrique mensuelle nous donne l'occasion de sélectionner certains papiers scientifiques d'intérêt bioinformatique. Je vous laisse découvrir plus en détails le premier volet. l’équipe bioinfo-fr
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