Bioinfo-fr.net

Quelques publications importantes récentes autour de la chromatine

22 mars 2018

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par

Léopold Carron

dans Journal Club

Pour ceux qui travaillent sur la structure 3D de l'ADN et son comportement dans le noyau cellulaire, l'année 2017 a été une riche année. Comprendre les liens entre une séquence d'ADN et son repliement reste aujourd'hui un enjeu majeur pour cette communauté. Pour tous ceux qui ne savent pas ce qui se passe dans notre petit monde, nous allons parler aujourd'hui de quelques publications sorties au cours de 2017 et début 2018 sur le sujet. L'objectif n'est pas de vous faire une revue bibliographique complète sur le sujet (sinon je ferais une revue scientifique hum…) mais simplement de vous partager…
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6 ans… et des questions !

12 mars 2018

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Vous ne le saviez peut-être pas mais nous venons de souffler fièrement notre sixième bougie ! 6 ans ! Que de savoir autour de la bioinformatique partagé ! Merci à toutes et à tous pour vos soutiens sans faille. On voulait marquer le coup cette année : nous avons donc mis en place un questionnaire orienté autour du quotidien d'un(e) bioinformaticien(ne). L'idée est de proposer une photo du paysage bioinfo francophone en 2018. Si comme on l'espère cela vous plait, on essayera de reproduire l'expérience à l'international ! Trêve de blabla, ça se passe ici : https://framaforms.org/questionnaire-bioinfo-fr-2018-1518110073 Le questionnaire est anonyme et nous n'avons aucun accès…
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Inkscape pour biologistes

8 mars 2018

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par

Florian Jeanneret

dans Didacticiel

Fini les rectangles pour faire des protéines ou les images pixelisées chopées sur des sites douteux ! Dans 10 minutes vous serez un pro d'Inkscape qui est un logiciel gratuit pour "dessiner" avec une prise en main très rapide permettant de réaliser des figures vectorielles, non construites en pixels, pouvant être alors redimensionnées à l'infini en conservant toutes leurs qualités visuelles.Cet article est une retranscription de mon tutoriel Inkscape réalisé tout en diaporamas(pdf), à vous de voir la forme qui vous va le mieux. Ayant appris avec d'autres tutoriels et notamment avec ce magnifique article je m'en suis inspiré tout en ayant…
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Apprivoiser l'ami ursidé de Python : Pandas

8 février 2018

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par

Pierre Marijon

dans Découverte, Didacticiel

Durant mon stage de M2, j’ai eu l’occasion de chatouiller ce drôle d’animal qu’est pandas. En effet, j’ai travaillé sur des données de protéomique contenues dans des fichiers tabulés. Il s'agissait de comparer la présence des protéines ou leur expression dans différents échantillons. Les abondances relatives (la variable étudiée) étaient indiquées pour les différentes protéines identifiées (plusieurs milliers et correspondant aux lignes du fichier) dans les différents échantillons analysés (correspondant aux colonnes). J’ai donc dû manipuler ces données tabulées pour en tirer des conclusions vis-à-vis du comportement des protéines selon les différents échantillons. Je viens ainsi vous présenter ce qu’est…
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Et surtout : la bonne année !

17 janvier 2018

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Bonne année 2018 à vous tous les Geekus biologicus !D'une pierre deux coups : nos vœux et la reprise des publications. N'hésitez pas à venir toquer à la porte si jamais l'envie vous prend de rédiger un ou plusieurs articles ! Merci encore pour vos encouragements et votre suivi ! Gwenaëlle, Isabelle, Yohan et Yoann pour l'ensemble de l'équipe bioinfo-fr.net
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Les commandements du stagiaire en bioinformatique

17 janvier 2018

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par

Yoann M.

dans Opinion

La période des stages n'est pas loin et toi, jeune étudiant(e) bioinformaticien(ne) - futur(e) stagiaire, te demandes comment choisir parmi toutes ces annonces. Pas de panique, c'est tout à fait normal de se poser toute une ribambelle de questions, nous y sommes tous passés. La bonne nouvelle c'est que c'est ton jour de chance : les réponses se trouvent (normalement) dans ce billet. À la recherche du stage : Motivation, mon amie La première des choses à cocher dans ta checklist c'est la motivation. Si tu en es arrivé à ce stade c'est que tu as forcément un goût plus ou moins…
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Fêtes de fin d'année et hibernation annuelle

22 décembre 2017

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Les premiers flocons de neige sont tombés, le vin chaud emplit les narines, les sapins conquièrent les salons, et un certain barbu envahit notre environnement. En cette fin d'année, voici pour nous le moment de faire notre courte hibernation pour préparer la transition vers la nouvelle année. Nous tenions cependant, avant de partir, à remercier les auteurs des 30 articles parus cette année, merci de toujours donner de votre temps pour alimenter ce blog consulté pas moins de 155 000 fois cette année ! Merci aussi à vous chers lecteurs de nous suivre, mais n'oubliez jamais que vous pouvez participer également…
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Qu'est-ce qu'un site d'initiation de la transcription ?

21 décembre 2017

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par

Guillaume Devailly

dans Découverte

Comment je me suis posé la question. Chez les eucaryotes, l'ADN est organisé en domaines plus ou moins compactés, avec des taux de transcription plus ou moins élevés, et qui sont marqués différentiellement par un certain nombre de marques épigénétiques (méthylation de l'ADN, modifications post-traductionnelles des histones, variants d'histones, etc.). Il est fréquent d'essayer de corréler le niveau d'expression des gènes avec la présence ou l'absence d'une marque épigénétique à proximité des sites d’initiations de la transcription (raccourcis en TSS, pour transcription start sites). Par exemple, pour reprendre la carte de chaleur de la figure 1C de l'article présentant la…
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