Bioinfo-fr.net

Packrat ou comment gérer ses packages R par projet

22 mars 2017

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par

Gwenaelle

dans Didacticiel

Je vais m'arrêter là, je pense que vous avez compris que la gestion de packages sous R est une source d'erreurs faciles. Mais pas d'inquiétude : Packrat fait tout ça , Packrat est simple, Packrat vous veut du bien ! Packrat ? Kézako ? Packrat c'est un petit package R. "Encore un ?!" vous allez me dire, oui mais il va vous simplifier la vie car il va rendre vos projets R : Mais ! Mais ! Pourquoi tu ne fais pas un environnement virtuel, une VM ? Eh bien pour plusieurs raisons : Comment ça marche ? Si vous êtes comme la plupart des gens organisés (hep hep hep ! Revenez même si vous…
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Comment fixer les problèmes de déploiement et de durabilité des outils en bioinformatique ? Indice : conda !

16 mars 2017

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par

bebatut

dans Astuce, Découverte, Opinion

La diversité des questions que se posent nos amis biologistes entraîne une diversité des données : génomiques, images, etc. De plus, ces données sont générées à des vitesses folles. Pour manipuler les données et extraire les informations utiles, des solutions et outils bioinformatiques sont nécessaires. De nombreux outils existent déjà pour répondre à de nombreuses questions. Mais parfois, de nouveaux outils sont nécessaires pour répondre à une question spécifique. Intervient alors le développement d'un nouvel outil bioinformatique. Développer et distribuer un outil bioinformatique Lorsque vous développez un outil bioinformatique, vous le faites dans le but premier de répondre à une question.…
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Conda le meilleur ami du bioinformaticien

8 mars 2017

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par

sacha schutz

dans Découverte

Conda, le meilleur ami du bioinformaticien Conda est un package manager écrit en python, comme pypi. Mais contrairement à celui-ci, il permet d'installer des programmes écrits dans d'autres langages. Notamment vos outils bioinformatiques préférés par l’intermédiaire du dépôt bioconda. C'est-à-dire que tous vos outils, que ce soit samtools, bwa, bowtie, trimmomatic, fastqc et j'en passe, sont disponibles et mis à jour par l’intermédiaire de conda.Par ailleurs, conda permet l'utilisation d’environnement virtuel à l'instar de virtualenv (que les utilisateurs de python connaissent bien), vous évitant tous problèmes de dépendances. C'est donc un outil 2 en 1, que nous vous proposons d'explorer dans…
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Petit panel des journées bioinformatiques organisées par les masters en France !

1 mars 2017

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par

Maria Pommeret

dans Actualité

En collaboration avec JeBiF et dans le cadre des bioinformations , nous mettons aujourd'hui des initiatives locales de masters à l'honneur ! Plusieurs masters ont, petit à petit, structuré leurs activités et créé des journées dédiées à la bioinformatique. Nous partagerons (sans modération 😉 ) les retours que nous ont fournis 3 villes : Rennes, Montpellier et Bordeaux. Chacun de ces articles est la version complète de ceux proposés dans les bioinformations du mois de mars prochain, qui, pour des raisons éditoriales, ne permettent pas de restituer l'intégralité de ces retranscriptions. Nous ne sommes pas les auteur.e.s de ces articles, ils sont précisés en début de…
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Tour d'horizon des outils de visualisation des réseaux biologiques

23 février 2017

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par

Bunny

dans Découverte

Après les différentes méthodes d'analyse et de représentation de réseaux métaboliques biologiques, je vais vous parler des différents outils de visualisation. Car oui, la visualisation d'un réseau ou de ses sous-parties peut être le début de son analyse, car elle permet de se rendre compte de sa topologie, de sa complexité, sa connectivité… En biologie, on peut mettre sous la forme d'un réseau à peu près n'importe quel type de données à condition qu'elles présentent des relations entre elles. Mais, comme d'habitude, il y a des types de réseaux qui sont plus utilisés que d'autres. Parmi les plus courants (liste très loin…
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Dessiner vos gènes à partir d'un GFF3

15 février 2017

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par

sacha schutz

dans Brèves, Découverte

Je découvre à l'instant genometools, un outil multifonction qui est capable de générer une image représentant des annotations sur un génome de référence. Idéal par exemple, si vous voulez vous passer d'un genome browser comme UCSC ou Ensembl pour incruster des images dans votre rapport. Installation Vous pouvez récupérer et compiler le code source depuis le site officiel. Pour ma part j'ai directement récupéré le binaire après un échec de compilation. Les binaires sont disponibles eux aussi sur le site. Un exemple La commande <gt sketch> génère une image à partir d'un fichier GFF3. C'est un fichier plus complet que le format BED qui contient pour…
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LaTeX : les flottants !

1 février 2017

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par

Maria Pommeret

dans Didacticiel

Chose promise, chose due dans le précédent article voilà les flottants dans LaTeX Les flottants sont l'ensemble des éléments qui perturbent le flot du texte (pour faire simple) et désignent classiquement les tables et les figures ;on peut définir des environnements custom de flottants, mais on y reviendra dans un autre article ;). Les flottants « nagent » dans le texte, et vont se positionner là où il faut pour que la lecture soit fluide. Cela a un avantage certain de beauté et de cohérence par rapport à de bêtes tableaux et de bêtes graphiques inclus sans pouvoir bouger :). Accrochez-vous, vous allez découvrir plein…
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2017, on y est !

31 janvier 2017

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

L'ensemble de l'équipe de bioinfo-fr.net vous souhaite une excellente année 2017 et plein de réussites pro et perso (oui, on a attendu le dernier jour de janvier pour vous dire ça 🙂 ). Nous avons prévu quelques nouveautés à venir dans le courant de l'année. Nous essayons de faire au mieux et au plus rapide pour vous présenter tout cela. Un très bon début d'année à tous et merci pour votre soutien !
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