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AMBB : Colloque « Les futurs de la bio-informatique »
Lire la suite : AMBB : Colloque « Les futurs de la bio-informatique »L’Association du Master Bio-informatique de Bordeaux (AMBB) organise son premier colloque sur la thématique : « Les futurs de la bio-informatique ». Il aura lieu Jeudi 08 Décembre 2016 de 13H à 17H30 dans l’amphithéâtre B du bâtiment A29 sur le campus de Talence de l’Université de Bordeaux (351 Cours de la Libération, 33800 Talence). Cette demi-journée a […]
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Nextflow, pour votre prochain pipeline ?
Lire la suite : Nextflow, pour votre prochain pipeline ?Pour commencer Vous savez déjà tout sur les pipelines et les bonnes pratiques de développement. Vous faites bien évidemment de la recherche reproductive. Vous travaillez peut-être avec un cluster. Vous avez écrit votre propre pipeline en Bash, Python ou même en Perl qui gérait les appels à différents scripts et outils (voire même l'appel à […]
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Ce qu'il faut voir sur une carte de contact chromosomique
Lire la suite : Ce qu'il faut voir sur une carte de contact chromosomiqueVous ne connaissez pas le Hi-C ? Avant de commencer cette lecture, peut être vous faut-il la base, précédemment expliquée (maladroitement certes, premier article oblige) sur cet autre article. Sur la fin de mon stage de Master 2, j'ai eu la joie de revenir faire un tour dans les cartes de contacts chromosomiques (Hi-C) pour diverses raisons. […]
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Rust, un super héros au secours de la bio-informatique ?
Lire la suite : Rust, un super héros au secours de la bio-informatique ?Rust est la traduction du mot "rouille" en anglais, ainsi qu'un jeu vidéo de survie post-apocalyptique, mais c'est aussi un langage de programmation. Et vous devez maintenant vous demander : Encore un autre langage, mais pourquoi ? Les origines En 2006 Graydon Hoare, un développeur chez Mozilla, commence un projet personnel, un nouveau langage de programmation […]
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Promiscuité enzymatique, ou comment gérer l'annotation des enzymes
Lire la suite : Promiscuité enzymatique, ou comment gérer l'annotation des enzymesN'importe quel bioinformaticien, débutant ou confirmé, s'est confronté au moins une fois dans sa vie à ce problème : l'annotation d'une séquence. Vous me direz, faciiiiiile ! Il y a désormais des tonnes d'outils qui permettent, très rapidement en plus, de trouver une fonction pour une séquence ! Alors, déjà, il y a BLAST, InterPro, Pfam, PRIAM, HMMER, … […]
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Cartographie des formations en bioinformatique en France
Lire la suite : Cartographie des formations en bioinformatique en FranceL'origine du projet : Dans le cadre d'un projet tutoré du master de Bioinformatique de Rennes, nous avons mis en place un pipeline d'analyse des mails envoyés par la SFBI durant l'année 2014. Plusieurs modules ont été développés sous la forme de scripts Python, par un ou plusieurs étudiants. Je me chargeais de développer un module capable de générer des cartes […]
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S'outiller et s'organiser pour mieux travailler
Lire la suite : S'outiller et s'organiser pour mieux travaillerTL;DR La reproductibilité, c’est la vie (dans le monde scientifique) ! Tout résultat doit pouvoir être reproduit. La technologie permet de faciliter la recherche de reproductibilité. Les cahiers de laboratoire papiers ne sont plus du tout adaptés à la recherche actuelle et au besoin de reproductibilité. Je préconise donc d’utiliser git et GitHub, de bien […]
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