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Ce qu'il faut voir sur une carte de contact chromosomique
Lire la suite : Ce qu'il faut voir sur une carte de contact chromosomiqueVous ne connaissez pas le Hi-C ? Avant de commencer cette lecture, peut être vous faut-il la base, précédemment expliquée (maladroitement certes, premier article oblige) sur cet autre article. Sur la fin de mon stage de Master 2, j'ai eu la joie de revenir faire un tour dans les cartes de contacts chromosomiques (Hi-C) pour diverses raisons. […]
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Rust, un super héros au secours de la bio-informatique ?
Lire la suite : Rust, un super héros au secours de la bio-informatique ?Rust est la traduction du mot "rouille" en anglais, ainsi qu'un jeu vidéo de survie post-apocalyptique, mais c'est aussi un langage de programmation. Et vous devez maintenant vous demander : Encore un autre langage, mais pourquoi ? Les origines En 2006 Graydon Hoare, un développeur chez Mozilla, commence un projet personnel, un nouveau langage de programmation […]
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Promiscuité enzymatique, ou comment gérer l'annotation des enzymes
Lire la suite : Promiscuité enzymatique, ou comment gérer l'annotation des enzymesN'importe quel bioinformaticien, débutant ou confirmé, s'est confronté au moins une fois dans sa vie à ce problème : l'annotation d'une séquence. Vous me direz, faciiiiiile ! Il y a désormais des tonnes d'outils qui permettent, très rapidement en plus, de trouver une fonction pour une séquence ! Alors, déjà, il y a BLAST, InterPro, Pfam, PRIAM, HMMER, … […]
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Cartographie des formations en bioinformatique en France
Lire la suite : Cartographie des formations en bioinformatique en FranceL'origine du projet : Dans le cadre d'un projet tutoré du master de Bioinformatique de Rennes, nous avons mis en place un pipeline d'analyse des mails envoyés par la SFBI durant l'année 2014. Plusieurs modules ont été développés sous la forme de scripts Python, par un ou plusieurs étudiants. Je me chargeais de développer un module capable de générer des cartes […]
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S'outiller et s'organiser pour mieux travailler
Lire la suite : S'outiller et s'organiser pour mieux travaillerTL;DR La reproductibilité, c’est la vie (dans le monde scientifique) ! Tout résultat doit pouvoir être reproduit. La technologie permet de faciliter la recherche de reproductibilité. Les cahiers de laboratoire papiers ne sont plus du tout adaptés à la recherche actuelle et au besoin de reproductibilité. Je préconise donc d’utiliser git et GitHub, de bien […]
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Questions à… Laurent Mouchard
Lire la suite : Questions à… Laurent MouchardAvec un peu beaucoup de retard, retrouvez la retranscription de la TOBi organisée par JeBiF en mai 2016 avec Laurent Mouchard, maître de conférence à l'Université de Rouen et modérateur de la liste bioinfo. Nous le remercions d'être venu nous raconter la petite histoire de la bioinformatique ! . Laurent Mouchard : Je suis vieux… J'ai donc eu le temps […]
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Automne 2016
Lire la suite : Automne 2016L'automne est là, le deuil de l'été est maintenant fait et nous sommes prêts à finir l'année en beauté. De beaux articles sont en préparation et de ce qu'on a déjà vu, ça promet d'être du lourd ! En parallèle, nous avons pour projet d'enrichir l'expérience bioinfo-fr.net. Forts de nos quelques années d'existence, nous avons maintenant […]
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