Bioinfo-fr.net

dplyr et le génome humain

25 janvier 2017

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par

Guillaume Devailly

dans Suivez l'guide

Introduction Non, ne fuyez pas tout de suite, chers lecteurs, tout va s'éclaircir : dplyr, c’est plyr pour les data.frame (les tableaux de données). Attendez, j’y viens, plyr, c’est un package R pour appliquer (apply) des fonctions. Donc, dplyr (prononcez “diplir”), c’est un package R, pour appliquer des fonctions à un tableau de données. Et ça, mes amis, c'est super cool. Rendez-vous service : imprimez immédiatement cette feuille d’astuces le concernant (pdf, 0.5Mo). En couleur. En fait imprimez en 10, et donnez en 8 à vos collègues, et mettez en une chez vous, et une sur votre lieu de travail. dplyr est…
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Nowel approche…

19 décembre 2016

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

… et avec lui son lot de festivités et festins en tout genre à venir ! Le blog s'est encore enrichi cette année de nombreux et beaux articles, et ce grâce à la participation de tous nos auteur.e.s et relecteur.trice.s toujours au top ! Merci à eux pour leur travail. Et si jamais vous, oui vous qui lisez ces quelques lignes êtes prêt à sauter le pas, c'est par ici (à l'adresse contribuer) 😀 La qualité des articles était au rendez vous, depuis le succès de l'analyse des offres SFBI volet 1 et volet 2, en passant par le débat sur les…
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La magie de LXD

14 décembre 2016

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par

Yoann M.

dans Découverte, Didacticiel

Écrire un pipeline en bioinformatique, c'est bien ! Le rendre portable c'est encore mieux ! Les bioinformaticiens oublient souvent ce dernier point et rare sont les pipelines qui marchent du premier coup. À vrai dire les circonstances ne sont pas en leur faveur. Un pipeline c'est plein de dépendances d'applications dans telle ou telle version, qu'il faut souvent compiler à la main. Sans oublier les différentes versions de langages comme Python 2 et Python 3. On aimerait bien une fois le pipeline construit, figer le système et le partager avec les utilisateurs, sans qu'ils aient à se soucier de l'installation. Eh bien…
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LaTeX : le premier document !

7 décembre 2016

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par

Maria Pommeret

dans Didacticiel, Suivez l'guide

On s'est rendu compte sur #bioinfo-fr et sur #jebif (les canaux IRC sur freenode) qu'au cours des rédactions de rapports de stage ou même de thèse on avait plein de questions portant sur LaTeX et on a décidé qu'on allait se fendre de quelques articles sur LaTeX pour avoir une suite de liens appropriés à donner pour répondre aux questions. 🙂 Alors voilà le premier article, très basique, qui reprend tout (presque) au début pour prendre de bonnes habitudes. Si vous cherchez de grandes explications sur ce qu'est LaTeX, comment ça marche à l'intérieur ou des explications très poussées, passez…
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Automatiser la récupération de données biologiques : version avancée

30 novembre 2016

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par

Fabrice Jossinet

dans Didacticiel

Dans cette version avancée, nous allons nous intéresser à une autre manière de récupérer des données depuis un site internet : via l'utilisation de formulaires. Les formulaires, ce sont ces pages avec plein de champs à remplir et que vous soumettez ensuite pour vous créer un compte, contacter votre hotline ou que sais-je. Leur utilisation permet de contourner une limitation importante de la soumission d'informations via des adresses internet (ou URL pour "Uniform Resource Locator") : le volume de données (au fait, saviez-vous qu'un Geek ne crie pas, mais qu'il URL ? ;-)). En théorie, une adresse internet n'est pas limitée en taille (voir la section 3.2.1…
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AMBB : Colloque « Les futurs de la bio-informatique »

24 novembre 2016

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par

Yoann M.

dans Brèves, Conférence

L’Association du Master Bio-informatique de Bordeaux (AMBB) organise son premier colloque sur la thématique : « Les futurs de la bio-informatique ». Il aura lieu Jeudi 08 Décembre 2016 de 13H à 17H30 dans l’amphithéâtre B du bâtiment A29 sur le campus de Talence de l’Université de Bordeaux (351 Cours de la Libération, 33800 Talence). Cette demi-journée a pour but de donner l’occasion aux étudiants de biologie intéressés par le domaine de la bio-informatique de venir assister à des conférences de professionnels qui présenteront leurs différents parcours et montreront ainsi les différentes possibilités qui peuvent s’offrir dans la carrière d’un bio-informaticien. Seront présents :…
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Nextflow, pour votre prochain pipeline ?

23 novembre 2016

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par

max

dans Découverte

Pour commencer Vous savez déjà tout sur les pipelines et les bonnes pratiques de développement. Vous faites bien évidemment de la recherche reproductive. Vous travaillez peut-être avec un cluster. Vous avez écrit votre propre pipeline en Bash, Python ou même en Perl qui gérait les appels à différents scripts et outils (voire même l'appel à l'ordonnanceur). Vous développez un pipeline, ou le maintenez. Vous êtes intéressé par la découverte de nouveaux outils. Vous avez vu la lumière et vous êtes entrés. Bref, cet article est là pour vous. Ma petite expérience C'est un grand classique de réinventer la roue, et…
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Ce qu'il faut voir sur une carte de contact chromosomique

16 novembre 2016

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par

Léopold Carron

dans Didacticiel, Suivez l'guide

Vous ne connaissez pas le Hi-C ? Avant de commencer cette lecture, peut être vous faut-il la base, précédemment expliquée (maladroitement certes, premier article oblige) sur cet autre article. Sur la fin de mon stage de Master 2, j'ai eu la joie de revenir faire un tour dans les cartes de contacts chromosomiques (Hi-C) pour diverses raisons. Par amusement (on va le dire ainsi), j'ai joué avec les échelles de couleur afin d’étudier l'impact sur les images obtenues. Cette petite session d'orgie colorimétrique m’a fait réaliser quel impact le choix des couleurs pouvait avoir sur la compréhension qu'on a des résultats. Et…
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