Bioinfo-fr.net

Rust, un super héros au secours de la bio-informatique ?

9 novembre 2016

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par

David Picard

dans Découverte

Rust est la traduction du mot "rouille" en anglais, ainsi qu'un jeu vidéo de survie post-apocalyptique, mais c'est aussi un langage de programmation. Et vous devez maintenant vous demander : Encore un autre langage, mais pourquoi ? Les origines En 2006 Graydon Hoare, un développeur chez Mozilla, commence un projet personnel, un nouveau langage de programmation qu'il va nommer Rust. Trois ans plus tard, le langage est jugé suffisamment mature pour intéresser Mozilla, qui décide de le prendre sous son aile. Confrontés aux problèmes de sécurité du C++, notamment au niveau de la gestion de la mémoire, les ingénieurs en charge…
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Promiscuité enzymatique, ou comment gérer l'annotation des enzymes

19 octobre 2016

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par

Bunny

dans Découverte, Opinion

N'importe quel bioinformaticien, débutant ou confirmé, s'est confronté au moins une fois dans sa vie à ce problème : l'annotation d'une séquence. Vous me direz, faciiiiiile ! Il y a désormais des tonnes d'outils qui permettent, très rapidement en plus, de trouver une fonction pour une séquence ! Alors, déjà, il y a BLAST, InterPro, Pfam, PRIAM, HMMER, … et bien d'autres ! Puis il y a tellement de séquences déjà annotées dans des bases de données manuellement curées comme SwissProt que l'annotation fonctionnelle n'est plus vraiment un problème ! Bon, vous vous doutez bien que si on écrit un article sur l'annotation fonctionnelle sur ce blog, c'est que…
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Quand le bioinfo gère une bdd et est musicien

18 octobre 2016

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par

Gwenaelle

dans En image

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Cartographie des formations en bioinformatique en France

12 octobre 2016

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par

Marine B

dans Formation

L'origine du projet : Dans le cadre d'un projet tutoré du master de Bioinformatique de Rennes, nous avons mis en place un pipeline d'analyse des mails envoyés par la SFBI durant l'année 2014. Plusieurs modules ont été développés sous la forme de scripts Python, par un ou plusieurs étudiants. Je me chargeais de développer un module capable de générer des cartes à partir des données extraites des mails par d'autres modules. Au cours du développement du module de cartographie j'ai pu développer un module capable à partir de fichiers tabulés de générer deux cartes : Ayant pu développer rapidement ce module, Olivier Dameron, l'un des deux tuteurs, m'a…
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S'outiller et s'organiser pour mieux travailler

5 octobre 2016

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par

bebatut

dans Astuce, Opinion

TL;DR La reproductibilité, c’est la vie (dans le monde scientifique) ! Tout résultat doit pouvoir être reproduit. La technologie permet de faciliter la recherche de reproductibilité. Les cahiers de laboratoire papiers ne sont plus du tout adaptés à la recherche actuelle et au besoin de reproductibilité. Je préconise donc d’utiliser git et GitHub, de bien organiser ses projets et d’utiliser des cahiers de laboratoire électroniques. Un des principes essentiels de la méthode scientifique est la reproductibilité, i.e. la capacité pour tous de reproduire toute expérience ou étude tout en obtenant des résultats similaires. C’est la pierre angulaire de la Recherche (Sandve,…
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Questions à… Laurent Mouchard

28 septembre 2016

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par

Julien Fumey

dans Entretien

Avec un peu beaucoup de retard, retrouvez la retranscription de la TOBi organisée par JeBiF en mai 2016 avec Laurent Mouchard, maître de conférence à l'Université de Rouen et modérateur de la liste bioinfo. Nous le remercions d'être venu nous raconter la petite histoire de la bioinformatique ! . Laurent Mouchard : Je suis vieux… J'ai donc eu le temps d'accumuler un parcours un peu particulier. J'ai commencé par être prof de maths au lycée, et puis cela ne me plaisant pas, j'ai commencé à faire de l'informatique (DEA + maîtrise). Je n'étais toujours pas satisfait de ce que je faisais, et du coup je…
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Automne 2016

23 septembre 2016

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

L'automne est là, le deuil de l'été est maintenant fait et nous sommes prêts à finir l'année en beauté. De beaux articles sont en préparation et de ce qu'on a déjà vu, ça promet d'être du lourd ! En parallèle, nous avons pour projet d'enrichir l'expérience bioinfo-fr.net. Forts de nos quelques années d'existence, nous avons maintenant le recul nécessaire pour tenter de passer à la vitesse supérieure. Plusieurs axes d'améliorations sont actuellement à l'étude en interne et nous avons bon espoir de vous satisfaire avec nos nouvelles idées de Geekus biologicus. Nous ne manquerons pas de vous tenir au courant des…
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C'est l'enfeR.

21 septembre 2016

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par

Guillaume Devailly

dans Astuce, Didacticiel, Opinion

Certains bio-informaticiens ne jurent que par R (j'en fais partie). Je suis amoureux de sa simplicité (sic), son élégance (re-sic), sa documentation et ses innombrables packages tous plus utiles les uns que les autres. Et surtout c'est le seul langage que je maîtrise un peu convenablement, alors forcément je trouve tous les autres langages nuls, en toute objectivité. Et pourtant R est universellement reconnu comme étant un langage de programmation ésotérique. Il a fallu tout le talent de Patrick Burns et de son livre pour que j'ouvre enfin les yeux et découvre qu'en fait R, c'est l'enfer. Descendez donc avec…
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