• C'est l'enfeR.

  21 septembre 2016

  -

  par

  Guillaume Devailly

  dans Astuce, Didacticiel, Opinion

  

  Cer­tains bio-infor­ma­ti­ciens ne jurent que par R (j'en fais par­tie). Je suis amou­reux de sa sim­pli­ci­té (sic), son élé­gance (re-sic), sa docu­men­ta­tion et ses innom­brables packages tous plus utiles les uns que les autres. Et sur­tout c'est le seul lan­gage que je maî­trise un peu conve­na­ble­ment, alors for­cé­ment je trouve tous les autres lan­gages nuls, […]

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• Team Pétanque !

  27 juillet 2016

  -

  par

  Nolwenn

  dans Editorial

  

  L'été est enfin là et bien là, du coup nous allons en pro­fi­ter pour faire notre pause annuelle de publi­ca­tions. Nous vous avons pro­duit tout un tas d'articles que vous pour­rez lire et re-lire sur la plage entre deux Galas, même si, disons-le tout de suite, Bioin­fo-Fr est plus cool à consul­ter 🙂 ! Vous […]

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• Ajoutez une interface graphique à votre script en 4 lignes avec Gooey

  6 juillet 2016

  -

  par

  ClemBuntu

  dans Suivez l'guide

  

  Vous venez de ter­mi­ner votre ana­lyse bio-infor­ma­tique. Pour cette der­nière, vous avez réa­li­sé un script qui pour l'instant, il faut le dire, n'est pas du tout réuti­li­sable par une tierce per­sonne. Même vous dans 6 mois vous n'êtes pas sûr de vous sou­ve­nir de ce que vous avez fait. Pour­tant, l'un des inté­rêts de la […]

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• Analyse de réseaux : du degré des noeuds aux centralités

  29 juin 2016

  -

  par

  Bunny

  dans Didacticiel

  

  Le deuxième article sur la repré­sen­ta­tion du méta­bo­lisme et son ana­lyse ! Pour rap­pel, le pre­mier volet est ici ! Un grand nombre de phé­no­mènes bio­lo­giques peuvent être repré­sen­tés sous la forme d'un réseau. Qui n'a jamais enten­du par­ler de réseaux d'intéraction pro­téine-pro­téine (fameux réseaux "PPI"), de réseaux de gènes ou encore de réseaux méta­bo­liques ? En fait, […]

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• État de l'emploi bioinformatique en France : analyse des offres de la SFBI (2ème partie)

  22 juin 2016

  -

  par

  Lins`

  dans Actualité, Didacticiel, Opinion

  

  Nous revoi­là pour la suite de notre pre­mier article sur l'analyse des offres de la SFBI. On vous avait pro­mis une ana­lyse de l'évolution du mar­ché, et c'est ce dont nous allons par­ler dans cet article. Je vous ren­voie au pre­mier article si vous vou­lez plus d'informations sur l'origine des don­nées et la dis­po­ni­bi­li­té du […]

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• Software Carpentry ou la transmission de bonnes pratiques en informatique

  16 juin 2016

  -

  par

  bebatut

  dans Découverte, Opinion

  Avec l’augmentation de la capa­ci­té des ordi­na­teurs et de la qua­li­té des algo­rithmes, l’informatique prend une place de plus en plus impor­tante dans la vie de tous les jours, mais aus­si dans la recherche. Cela est ren­du aus­si pos­sible grâce à la pro­gram­ma­tion et aux amé­lio­ra­tions des lan­guages, des outils et des pra­tiques. Les déve­lop­peurs sont […]

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• Snakemake aller plus loin avec la parallélisation

  9 juin 2016

  -

  par

  lelouar

  dans Didacticiel

  

  Bon­jour à tous, bien­ve­nue dans un nou­vel épi­sode de tuto­riels sur Sna­ke­make (épi­sode pré­cé­dent). Aujourd'hui nous allons voir ensemble com­ment paral­lé­li­ser faci­le­ment par la don­née grâce à Sna­ke­make. L'idée géné­rale consiste à décou­per les fichiers bruts au début de notre pipe­line et de les ras­sem­bler après les étapes lourdes en cal­cul. Nous allons éga­le­ment voir com­ment […]

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• Le Master de Bordeaux s'internationalise !

  1 juin 2016

  -

  par

  Nisaea

  dans Formation

  

  Le Mas­ter Bio­in­for­ma­tique de Bor­deaux pro­pose à pré­sent 3 par­cours, dès la ren­trée 2016-2017 : Le par­cours "Bio­lo­gie Com­pu­ta­tion­nelle" est cen­tré sur l'acquisition de com­pé­tences en déve­lop­pe­ment logi­ciel et les métho­do­lo­gies de ges­tion de don­nées incluant la modé­li­sa­tion, la simu­la­tion de pro­ces­sus et l'ana­lyse d'images bio­lo­giques. Le par­cours "Du Génome aux Eco­sys­tèmes" est foca­li­sé sur l'utilisation […]

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