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Automatiser le parcours et la manipulation d’arbres phylogénétiques avec le module Bio.Phylo de BioPython

23 avril 2015

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par

bebatut

dans Didacticiel

La génomique comparative permet d'étudier l'évolution d'organismes par comparaison de leur génome. La représentation de la proximité entre les organismes, élément essentiel de la génomique comparative, repose sur des arbres phylogénétiques. Mais comment manipuler ces arbres facilement ? Quand il n’y en a qu’un, pas de problème : on utilise un visualisateur comme ceux proposés dans l’article sur les arbres phylogénétiques. Cependant, avec plusieurs centaines ou milliers d’arbres, les traitements manuels doivent être remplacés par des routines. Pour cela, des boîtes à outils pour travailler avec l’information phylogénétique sont disponibles et largement utilisées : Ape de R, Bio::Phylo (Vos et al, 2011) de BioPerl, ……
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L'annotation de régions génomiques et les analyses d’enrichissement

16 avril 2015

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par

Jsobel

dans Astuce, Découverte, Didacticiel, Suivez l'guide

Les annotations sont essentielles lors d'analyses fonctionnelles à large échelle sur le génome. Lorsque l’on pratique des analyses en génomique, basées sur des techniques comme le RNA-seq ou le ChIP-seq, on se retrouve avec respectivement une liste de transcrits ou de pics (régions génomiques). Dans le cas des analyses de ChIP-seq, on souhaite caractériser les gènes cibles du facteur de transcription étudié sur tout le génome (genome-wide), pour comprendre la fonction biologique de ce facteur. Dans le cas du RNA-seq, on obtient une liste de transcrits différentiellement exprimés dont on souhaite caractériser la fonction. Dans cet article nous allons utiliser plusieurs librairies R pour…
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RNA-seq : plus de profondeur ou plus d'échantillons ?

8 avril 2015

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par

I. Stévant

dans Astuce

Lorsque l'on se lance dans l'aventure du séquençage haut débit de transcriptome, on est amené à se poser LA question, oui LA, celle que l'on redoute à peu près tous quand on a un budget serré : À quelle profondeur dois-je séquencer mes échantillons ? Toutes les publications s'accordent à le dire, plus on a de réplicats, plus on a de puissance statistique pour détecter les gènes différentiellement exprimés. Or, même si les coûts de séquençage ont raisonnablement baissé, il n'est toutefois pas offert à tout le monde de séquencer des dizaines (voire des centaines) d'échantillons. Si votre projet se focalise sur…
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SARTools : l'analyse différentielle pour tous

1 avril 2015

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par

waqueteu

dans Découverte, Didacticiel

Un article court aujourd’hui pour présenter SARTools, un outil d’analyse différentielle de données de RNA-seq. Plus qu’un outil, SARTools est plutôt un pipeline simplifié pour traiter des données d’analyses réalisées dans un plan d’expérience assez basique. En effet le cadre d’utilisation de SARTools est volontairement limité aux plans d’expérience simples, à savoir des comparaisons de deux (ou plus) conditions/mutants avec au moins deux réplicats par condition. Cela dit, ce type de plan représente la majorité des expériences réalisées et permettra de traiter une grande partie des données de RNA-seq. Le pré-requis, malgré tout, est que les différentes conditions ou mutations…
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Ecole doctorale Française en Bio-informatique : Les dates à ne pas manquer

26 mars 2015

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par

Léopold Carron

dans Actualité, Suivez l'guide

En France, pour faire une thèse, il faut dans la plus grande partie des cas candidater à une école doctorale. Ces écoles, souvent assignées à une ville ou à une région, ont chacune leurs propres emplois du temps et leurs propres règles. Nous vous proposons ici une liste des dates à ne pas manquer pour s'inscrire à certaines d'entre elles. /!\ : Les dates présentées ici sont celles de l'année 2015 à condition que le site web associé à l'école soit à jour. Nous avons tentés ici de donner toutes les informations que nous connaissons mais n'ayant pas eu l'occasion de…
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iPath partout !

18 mars 2015

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par

Nico M.

dans Découverte, Suivez l'guide

Depuis quelques mois j'utilise un outil nommé iPath2.0 qui peut être très utile pour certains. Présentation de l'outil iPath2.0 est un outil en ligne, accessible à l'adresse http://pathways.embl.de/iPath2.cgi. Son principal intérêt est la visualisation et l'analyse de voies métabolique.
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Former et se former en bioinformatique avec GOBLET !

11 mars 2015

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par

Nolwenn

dans Brèves, Découverte

Dans cet article, je vous présenterai un nouveau site qui peut être intéressant aussi bien pour les étudiants que pour les enseignants, voire également pour les bioinformaticiens déjà en fonction. Ici je ne vous noierai pas sous les lignes de code, mais je vous décrirai ce que le portail GOBLET vous propose en terme d'exercice. Prêts ? À vos claviers ! À propos de GOBLET GOBLET, the Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education and Training, est une fondation dont les mission sont, entre autres, de : Il s'agit donc d'une plateforme sur laquelle étudiants et enseignants peuvent lire ou déposer des liens vers…
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L'analyse en composantes principales (avec R)

4 mars 2015

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par

Julien Delafontaine

dans Découverte, Didacticiel

L'ACP, ou Analyse en Composantes Principales, est une méthode d'exploration de données qui consiste à réduire la dimensionnalité du problème pour en extraire l'essentiel. Par une projection dans un espace plus petit, on réduit le nombre de variables, et si on réduit suffisamment on peut en faire un outil de diagnostic graphique. Comme c'est une projection, il est important de comprendre qu'on perd de l'information dans le processus, mais cela permet d'interpréter plus facilement les données. Table des matières : La méthode En pratique, on part d'un tableau avec N lignes représentant les individus mesurés - par exemple 1000 souris -…
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