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L'analyse en composantes principales (avec R)
Lire la suite : L'analyse en composantes principales (avec R)L'ACP, ou Analyse en Composantes Principales, est une méthode d'exploration de données qui consiste à réduire la dimensionnalité du problème pour en extraire l'essentiel. Par une projection dans un espace plus petit, on réduit le nombre de variables, et si on réduit suffisamment on peut en faire un outil de diagnostic graphique. Comme c'est une […]
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3 ans de bioinformatique communautaire
Lire la suite : 3 ans de bioinformatique communautaireVoilà on l'a fait ! Nous venons d'acquérir notre Licence en blog bioinformatique mention communauté francophone de Geekus biologicus. Merci à tous de nous suivre, de promouvoir nos articles et d'interagir avec nous par le biais des commentaires. Nous avons volontairement stoppé la publication des articles en ce début d'année afin de nous concentrer sur la […]
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2015 : partage de connaissances
Lire la suite : 2015 : partage de connaissancesBioinfo-fr reprend du service pour une nouvelle année et souhaite que 2015 réalise vos vœux les plus chers ! Première parution de l'année : les Bioinformations. Le bulletin commun SFBI, JeBiF et bioinfo-fr vous informe sur les évènements à ne pas manquer et l'emploi en bioinformatique. Il vous donne également quelques astuces bien pratiques. Enfin, l'association JeBiF […]
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Joyeux code et bonnes analyses !
Lire la suite : Joyeux code et bonnes analyses !Toute l'équipe de bioinfo-fr.net se joint à moi pour vous souhaiter de très bonnes fêtes de fin d'année !On espère que vous avez été sages et gentils durant cette année qui s'achève et que le Papa Noël vous amènera plein de nouveaux projets, de nouvelles données et de nouvelles publications. Quant à nous, nous reviendrons avec […]
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De la nécessité d’une pratique collaborative en bioinformatique
Lire la suite : De la nécessité d’une pratique collaborative en bioinformatiqueDepuis l’avènement des algorithmes d’alignement de séquences jusqu’aux outils d’analyses de réseaux de protéines, la bioinformatique se cherche une définition et une place dans la science. Est-ce une discipline ? Est-ce un outil ? Quelle formation faut-il avoir pour être bioinformaticien ? Et à quoi ressemblerait idéalement un diplôme en bioinformatique ? On sera tous d’accord qu’il n’y a […]
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Open Refine
Lire la suite : Open RefineUn grand coup de balai Le nettoyage de données est un défi en bioinformatique. Entre les personnes qui veulent réinventer les standards et les personnes qui ne savent pas les suivre, nous nous trouvons souvent en train de nettoyer, de formater et de changer la structure de nos données pour qu'elles soient conformes à une […]
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Python fait la numba
Lire la suite : Python fait la numbaSuite à cet article, j'ai eu envie de comparer les temps d'exécution de Cython et Numba.Il est toujours intéressant de faire des tests de performances (benchmarks) de temps à autre, pour voir si on ne peut pas améliorer certains de nos algorithmes 🙂 Cython est un très bon moyen pour optimiser vos programmes, mais il […]
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Le recrutement en bioinfo
Lire la suite : Le recrutement en bioinfoOncle Sam le dit : "I want you". Et il n'est pas le seul. En cette période de crise, le marché de la bioinfo se porte plutôt pas trop mal. Cela dit, il y a beaucoup de candidats et on peut facilement passer à coté d'une offre si on ne fait pas attention à quelques détails. […]
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