• J’ai lu : Bioinformatique – Génomique et post-génomique

  11 juillet 2012

  -

  par

  nallias

  dans J'ai lu

  

  Suite à l'article de Guillaume, voi­ci le deuxième article de la rubrique J’ai lu, por­tant sur le livre « Bio­in­for­ma­tique – Géno­mique et post-géno­mique ». Bioinformatique – Génomique et post-génomique Ouvrage de Fré­dé­ric Dar­del et Fran­çois Képès, pro­fes­seurs à l'École poly­tech­nique, publié en 2002 aux Édi­tions École poly­tech­nique. Une par­tie de l’œuvre est dis­po­nible sur google docs. © Édi­tions École […]

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• Les éléments transposables : de l’appellation "ADN poubelle" à leur étude.

  2 juillet 2012

  -

  par

  Hautbit

  dans Découverte

  

  Les élé­ments trans­po­sables sont des séquences d'ADN mobiles dont l'existence à été mise en évi­dence par Bar­ba­ra McClin­tock dans les années 40 chez le maïs. Ces séquences sont pré­sentes dans toutes les branches de l'arbre du vivant et peuvent repré­sen­ter une grande par­tie du génome (envi­ron 40% du génome chez l'Homme et jusqu'à 90% chez […]

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• Introduction à Circos

  26 juin 2012

  -

  par

  Mica

  dans Découverte

  

  La visua­li­sa­tion de don­nées est un pro­blème récur­rent dans un grand nombre de dis­ci­plines. En bio­in­for­ma­tique, il est sou­vent dif­fi­cile de repré­sen­ter de manière effi­cace des quan­ti­tés mas­sives de don­nées. Une « bonne » repré­sen­ta­tion gra­phique doit être adap­tée au type de don­nées que l’on sou­haite visua­li­ser et sur­tout aux résul­tats que l’on sou­haite mettre en évi­dence. Par […]

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• Command line Tips : passage de variable dans awk

  22 juin 2012

  -

  par

  tadaima

  dans Astuce

  

  But : Dans un fichier orga­ni­sé en colonnes, nous allons extraire les lignes conte­nant un mot (don­né en argu­ment) dans une colonne fixée à l'avance (1ère colonne). Pré­re­quis : Connaître un peu le shell (pour l'exercice). Dif­fi­cul­té : 2/​5 (Facile) Exer­cice : Pour agré­men­ter la note, on extrai­ra dans quatre fichiers dis­tincts les lignes conte­nant les quatre mots les […]

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• Bioconductor

  15 juin 2012

  -

  par

  Akira

  dans Découverte

  

  Bioconductor Voi­là le sujet que l'on va abor­der ensemble aujourd'hui. On va voir ce que c'est, à quoi cela sert, com­ment l'installer et bien-sûr l'utiliser. Qu'est-ce donc ? Je décri­rais Bio­con­duc­tor comme un pro­jet par­ti­ci­pa­tif. Il est libre d'accès et son déve­lop­pe­ment dépend de ce que la com­mu­nau­té veut bien y appor­ter. L'objectif est simple, offrir […]

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• Edito — Un peu de nouvelles

  13 juin 2012

  -

  par

  Yoann M.

  dans Editorial

  Le mois de juin est main­te­nant bien enta­mé, nous gar­dons notre vitesse de croi­sière et espé­rons que cela vous convient tou­jours. JOBIM arrive à grand pas, nous remer­cions d'ailleurs les orga­ni­sa­teurs qui nous offrent du temps de parole pen­dant l'événement. Nous tra­vaillons actuel­le­ment sur la pré­sen­ta­tion qui sera faite là-bas et nous vous encou­ra­geons vive­ment […]

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• Data Visualisation ou l'art de se faire comprendre

  13 juin 2012

  -

  par

  Isabelle S. (ZaZo0o)

  dans Astuce, Découverte

  

  De nos jours il faut com­prendre et se faire com­prendre vite et bien. Une bonne pré­sen­ta­tion, un bon article ou bien un bon pos­ter se dis­tingue non seule­ment par un conte­nu per­ti­nent mais aus­si par des illus­tra­tions effi­caces. On peut avoir la meilleure idée du monde, si on ne sait pas la mettre en valeur […]

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• SQL Tips : Les transactions

  7 juin 2012

  -

  par

  Leo_01

  dans Astuce

  

  But : Com­prendre ce qu'est une tran­sac­tion au sens SQL du terme, savoir l'utiliser : les avan­tages, les limi­ta­tions. J'aborderai super­fi­ciel­le­ment la notion de degré d'isolation. Pré­re­quis : Savoir faire des requêtes. Dif­fi­cul­té : 1 (Facile) Tout d'abord une défi­ni­tion volon­tai­re­ment simple : une tran­sac­tion est un ensemble d'une ou plu­sieurs requêtes SQL regrou­pées au sein d'un bloc qui est […]

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