Bioinfo-fr.net

Les éléments transposables : de l’appellation "ADN poubelle" à leur étude.

2 juillet 2012

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par

Hautbit

dans Découverte

Les éléments transposables sont des séquences d'ADN mobiles dont l'existence à été mise en évidence par Barbara McClintock dans les années 40 chez le maïs. Ces séquences sont présentes dans toutes les branches de l'arbre du vivant et peuvent représenter une grande partie du génome (environ 40% du génome chez l'Homme et jusqu'à 90% chez le blé). L'universalité et la mobilité de ces séquences accréditent l'idée que les éléments transposables jouent un rôle dans l'évolution et la plasticité des génomes, ce qui est prouvé dans le maïs où un gène impliqué dans la pigmentation est dans certains cas inhibé par…
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Introduction à Circos

26 juin 2012

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par

Mica

dans Découverte

La visualisation de données est un problème récurrent dans un grand nombre de disciplines. En bioinformatique, il est souvent difficile de représenter de manière efficace des quantités massives de données. Une « bonne » représentation graphique doit être adaptée au type de données que l’on souhaite visualiser et surtout aux résultats que l’on souhaite mettre en évidence. Par exemple, l’histogramme est un bon moyen d'étudier la répartition d’une variable, un graphe est un moyen de visualisation efficace pour représenter des interactions, etc. En complément du très bon article de ZaZo0o sur la visualisation de données, je souhaitais vous présenter un petit outil que j'ai…
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Command line Tips : passage de variable dans awk

22 juin 2012

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par

tadaima

dans Astuce

But : Dans un fichier organisé en colonnes, nous allons extraire les lignes contenant un mot (donné en argument) dans une colonne fixée à l'avance (1ère colonne). Prérequis : Connaître un peu le shell (pour l'exercice). Difficulté : 2/5 (Facile) Exercice : Pour agrémenter la note, on extraira dans quatre fichiers distincts les lignes contenant les quatre mots les plus représentés du fichier PDB ci-dessous (un mot, un fichier). On pourra nommer les fichiers sous la forme "mot.txt". PDB 6CSC
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Bioconductor

15 juin 2012

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par

Akira

dans Découverte

Bioconductor Voilà le sujet que l'on va aborder ensemble aujourd'hui. On va voir ce que c'est, à quoi cela sert, comment l'installer et bien-sûr l'utiliser. Qu'est-ce donc ? Je décrirais Bioconductor comme un projet participatif. Il est libre d'accès et son développement dépend de ce que la communauté veut bien y apporter. L'objectif est simple, offrir aux biologistes, un ensemble de programmes pour l'analyse de données, faciles à mettre en place et à utiliser. Le support principal choisi est le langage R, qui est à la fois un langage de programmation et un environnement pour l'analyse statistique des données (pour en…
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Edito - Un peu de nouvelles

13 juin 2012

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Le mois de juin est maintenant bien entamé, nous gardons notre vitesse de croisière et espérons que cela vous convient toujours. JOBIM arrive à grand pas, nous remercions d'ailleurs les organisateurs qui nous offrent du temps de parole pendant l'événement. Nous travaillons actuellement sur la présentation qui sera faite là-bas et nous vous encourageons vivement à venir nous rencontrer si vous avez des questions ou autres à propos du site. La présentation aura lieu le mercredi 4 juillet à 16h15, juste avant le départ pour Saint-Malo. En espérant vous y voir nombreux, l'équipe de bioinfo-fr.net se joint à moi pour…
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Data Visualisation ou l'art de se faire comprendre

13 juin 2012

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par

I. Stévant

dans Astuce, Découverte

De nos jours il faut comprendre et se faire comprendre vite et bien. Une bonne présentation, un bon article ou bien un bon poster se distingue non seulement par un contenu pertinent mais aussi par des illustrations efficaces. On peut avoir la meilleure idée du monde, si on ne sait pas la mettre en valeur elle peut tout simplement passer à la trappe. Cet article a pour but de mettre en avant l'importance de bien présenter ses idées par des schémas et autres graphiques percutants et de rappeler que la forme influe tout autant sur l'audience que le fond. Il…
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SQL Tips : Les transactions

7 juin 2012

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par

Leo_01

dans Astuce

But : Comprendre ce qu'est une transaction au sens SQL du terme, savoir l'utiliser : les avantages, les limitations. J'aborderai superficiellement la notion de degré d'isolation. Prérequis : Savoir faire des requêtes. Difficulté : 1 (Facile) Tout d'abord une définition volontairement simple : une transaction est un ensemble d'une ou plusieurs requêtes SQL regroupées au sein d'un bloc qui est exécuté sur un jeu de données. Le début d'une transaction est marqué par le mot clef BEGIN et la fin, en fonction de ce qu'on souhaite faire, par le mot clef ROLLBACK ou COMMIT. Tout les personnes ayant utilisé un serveur de base de données…
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Le séquençage, une histoire de générations

5 juin 2012

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par

nahoy

dans Découverte

L'ADN (Acide DésoxyriboNucléique) est une molécule présente dans toutes les cellules des êtres vivants. Elle renferme l'information nécessaire pour se développer et se reproduire. L'information en elle-même est codée par la suite de quatre différents acides nucléiques ordonnés d'une façon compréhensible pour l'organisme. Décrypter cette information est un enjeu majeur pour la recherche scientifique. Il aide à mieux comprendre et appréhender le fonctionnement des êtres vivants, comprendre certaines maladies et par conséquent les soigner. C'est aussi son décodage qui a permis l'essor de la phylogénie moderne. Le séquençage est le processus utilisé pour la découverte de cette séquence. Plusieurs méthodes…
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