Bioinfo-fr.net

TurboGears, petite mise en bouche

1 juin 2012

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par

Yoann M.

dans Découverte

TurboGears, Django ou encore Ruby on Rails. Qui n'a jamais entendu parler d'un de ces Frameworks Web de nos jours ? Mais vous y êtes-vous déjà intéressé un peu de plus près ? Cet article sera l'occasion de s'y mettre par exemple ! Késako ? Commençons donc par le commencement : qu'est ce qu'un "web meta framework" ? C'est un kit de composants logiciels structurels qui sert à créer les fondations ainsi que les grandes lignes de tout ou d’une partie d'une application web. Cette technologie est de plus en plus utilisée et mérite qu'on s'y attarde un petit peu. Elle est analogue aux CMS…
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La modélisation moléculaire

31 mai 2012

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par

Gophys

dans Découverte

La modélisation moléculaire est un ensemble de méthodes permettant d'expliquer comment fonctionne le vivant. En effet, le vivant est une succession d’interactions entre différentes molécules : protéines, ADN, ARN, membranes, etc. Ces molécules interagissent les unes par rapport aux autres en fonction de plusieurs paramètres : leurs formes, leurs propriétés chimiques et leur environnement. La modélisation moléculaire permet de prédire la structure de certaines molécules ainsi que leurs interactions les unes avec les autres.
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Trouver un emploi/une thèse en bioinformatique : quelques pistes

24 mai 2012

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par

Estel

dans Astuce, Formation

Parmi les lecteurs de Bioinfo-fr, il y a très probablement des étudiants de M2 qui, absorbés par leur stage de fin d'année, n'ont pas encore vraiment réfléchi à ce qu'ils voudraient faire à la rentrée ; des thésards dont la soutenance approche et qui aimeraient faire un post-doc à l'étranger ; ou encore des ingénieurs dont le CDD touche à sa fin et qui sont à la recherche d'un autre emploi. Pour les aider dans leur quête du Graal, j'ai compilé dans cet article plusieurs sites et listes de diffusion proposant des offres de stage/thèse/postdoc/emploi en bioinformatique. Cette liste étant loin d'être…
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Bien commencer en bioinformatique

23 mai 2012

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par

Aurélien C.

dans Découverte

"Je n'y connais rien en informatique", "C'est trop compliqué pour moi" ou "Je ne sais pas par où commencer" sont des phrases qui nous servent souvent d'excuse pour ne pas nous lancer dans le grand bain de la bioinformatique. Biologiste de formation, j'ai moi-même à plusieurs reprises repoussé l'échéance avant de sauter, ne sachant comment m'y prendre ou voulant commencer directement par des choses trop complexes. Cet article est donc là pour vous aider à vous lancer, trouver par où commencer et vous donner des indications sur ce que vous pourriez arriver à faire en assez peu de temps. Je…
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Filtre de Bloom

18 mai 2012

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par

Nico M.

dans Découverte

Comme vous le savez sans doute, la génomique tend à générer de plus en plus de données grâce à une forte réduction des coûts (cf graphique ci dessous). Depuis peu de temps, la génération des données n’est plus forcement le point limitant d’une étude, mais c’est l’analyse des données qui devient vraiment longue et coûteuse. De ce fait, les nouveaux logiciels que nous autre, bio-informaticien(ne)s, sommes amené(e)s à développer doivent prendre cette évolution en compte. Si on peut parfois accepter de prendre 128Go de RAM et laisser tourner un logiciel pendant une semaine, il est quand même plus agréable de…
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J'ai lu : Bioinformatique - Principe d'utilisation des outils

16 mai 2012

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par

Guillaume Collet

dans J'ai lu

Dans l'édito du mois de mai, nous vous avons promis une nouvelle rubrique J'ai lu. Et donc, le mois dernier, j'ai lu pour vous "Bio-informatique - Principes d'utilisation des outils" dont voici la revue. Bioinformatique Principes d'utilisation des outils Ouvrage coordonné par Denis Tagu et Jean-Loup Risler, publié en 2010 aux éditions Quæ dans la collection Savoir faire. Sujet Tout est dans le titre mais je laisse néanmoins la parole aux éditions Quæ : "Comprendre les outils informatiques à disposition ainsi que leurs principes de fonctionnement afin de choisir celui qui est le plus approprié au besoin ponctuel du biologiste." © Éditions Quæ. Résumé…
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À la découverte de BioMart !

10 mai 2012

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par

Nolwenn

dans Découverte

Dans le cadre de mon travail, j'ai récemment découvert un outil formidable pour la consultation et la récupération de données à partir de certaines banques : BioMart. Après avoir passé la frustration de devoir utiliser l'interface du service fourni pour télécharger les différentes données dont j'avais besoin, je me suis renseignée davantage sur ce logiciel. De façon simpliste, on peut définir BioMart comme un programme que l'on peut trouver sur certaines banques sous la forme d'un service web. En cherchant davantage, surprise : cette application peut être utilisée aussi bien pour créer sa propre base de données (étant données les spécifications de l'interface) que…
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Edito : Retour sur le mois d'avril

9 mai 2012

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Bonjour à toutes et tous 🙂 Vous êtes toujours nombreux à nous visiter et nous vous en remercions ! Même si l'arrivée de nouveaux visiteurs a quelque peu baissé pendant le mois d'avril, le nombre de ceux qui reviennent sur le site a augmenté : nous avons donc des aficionados fidèles. Firefox et Chrome continuent à se partager pratiquement le gâteau navigateur, comptabilisant 56% et 33% des technologies, respectivement. La nouveauté est ce mois-ci du côté des appareils mobiles : on a eu quelques visites en provenance de smartphones et tablettes. Vous venez le plus souvent sur la page d'accueil pour vous diriger…
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