• Edito : Retour sur le mois d'avril

  9 mai 2012

  -

  par

  Malicia

  dans Editorial

  

  Bon­jour à toutes et tous 🙂 Vous êtes tou­jours nom­breux à nous visi­ter et nous vous en remer­cions ! Même si l'arrivée de nou­veaux visi­teurs a quelque peu bais­sé pen­dant le mois d'avril, le nombre de ceux qui reviennent sur le site a aug­men­té : nous avons donc des afi­cio­na­dos fidèles. Fire­fox et Chrome conti­nuent à se […]

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• Étude de la régulation de l'épissage alternatif

  4 mai 2012

  -

  par

  Isabelle S. (ZaZo0o)

  dans Découverte

  

  Je vais vous expo­ser dans cet articles un exemple de col­la­bo­ra­tion entre bio­lo­gistes et bio­in­for­ma­ti­ciens afin de répondre à un pro­blème bio­lo­gique com­plexe : l'étude de la régu­la­tion de l'épissage alter­na­tif. Je vais vous pré­sen­ter dans un pre­mier temps le contexte bio­lo­gique, à savoir ce qu'est l'épissage et com­ment il est régu­lé. Puis je vais vous […]

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• Analyse des données de séquençage à ARN

  26 avril 2012

  -

  par

  ademcan

  dans Découverte

  

  Depuis quelques années, le domaine du séquen­çage de l'information géné­tique est ren­tré dans une nou­velle ère : “le séquen­çage de seconde géné­ra­tion”. Cette avan­cée tech­no­lo­gique a per­mis une ana­lyse plus en pro­fon­deur de l'ADN et l'ARN. Nous pou­vons citer par­mi ces nou­velles tech­no­lo­gies le ChIP-seq (Chro­ma­tine Immu­no Pre­ci­pi­ta­tion sequen­cing) ou RNA-seq (Séquen­çage à ARN). Le pro­jet […]

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• Commandline Tips : Extraction du x‑ième champ d'un fichier organisé en colonne

  26 avril 2012

  -

  par

  Leo_01

  dans Astuce

  But : Dans un fichier orga­ni­sé en colonne, extraire la (ou les) colonne(s) qui nous inté­ressent Pré­re­quis : Savoir uti­li­ser grep est un plus. Dif­fi­cul­té : 1/​5 (Facile) Nous sou­hai­tons dans le fichier PDB 6CSC  extraire la pre­mière et la qua­trième colonne des lignes débu­tant par le mot clef "ATOM" Pré­pa­ra­tion des don­nées : La pre­mière chose à faire […]

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• Galaxy : Bien plus qu'un gestionnaire de workflows

  24 avril 2012

  -

  par

  Nisaea

  dans Astuce

  

  Qu'est-ce que Galaxy ? Galaxy est une appli­ca­tion web écrite en Python des­ti­née à faci­li­ter la mani­pu­la­tion et l'analyse des don­nées, dans le cadre de la recherche bio­mé­di­cale. Elle per­met d'utiliser des logi­ciels habi­tuel­le­ment exé­cu­tés en ligne de com­mande de manière gra­phique, grâce à un sys­tème de plu­gins (« outils ») en XML et de tem­plates Mako. Ces […]

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• Alignements multiples : Calculer la conservation

  22 avril 2012

  -

  par

  Guillaume Collet

  dans Découverte

  

  Après le pre­mier billet de Yoann intro­dui­sant les logi­ciels prin­ci­paux per­met­tant de pro­duire des ali­gne­ments mul­tiples, je suis très heu­reux de conti­nuer cette série d'articles en vous par­lant du cal­cul de la conser­va­tion. Enten­dons-nous bien, je ne pré­tends pas vous don­ner la for­mule ultime per­met­tant de cal­cu­ler à coup sûr un score de conser­va­tion. De […]

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• Présentation de l'association JeBiF

  20 avril 2012

  -

  par

  max

  dans Découverte

  

  En bio­in­for­ma­tique, nous sommes sou­vent ame­nés à col­la­bo­rer avec d’autres équipes, dans d’autres labo­ra­toires… Connaître les dif­fé­rentes asso­cia­tions, socié­tés, réseaux, grou­pe­ments ou autres peut être utile. C'est à ce titre là que je sou­haite par­ta­ger mes connais­sances et mes inté­rêts et vous pré­sen­ter l'association JeBiF dont je suis membre. Présentation de JebiF RSG-France Que signifie JeBiF ? […]

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• Revue de presse : Le printemps, les oiseaux et … la biblio

  18 avril 2012

  -

  par

  Malicia

  dans Journal Club

  

  Je dois l'avouer : ce mois est un cau­che­mar. Il y avait une tonne de choses pas­sion­nantes ! Alors, le choix d'en lais­ser cer­tains en dehors m'a cau­sé des nuits blanches… Je plai­sante. J'en ai choi­si donc quelques-unes espé­rant que le mélange gour­mand et cro­quant fasse de l'ombre aux émis­sions culi­naires de M6 (clin d'oeil aux Gui­gnols). […]

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