Bioinfo-fr.net

La réalité augmentée en bioinformatique

11 décembre 2012

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par

ademcan

dans Didacticiel

Maintenant que je suis redescendu de mon nuage, je vais pouvoir vous expliquer comment je m'y suis pris pour ajouter de la réalité augmentée (RA) sur mon poster et gagner le prix du meilleur poster lors de l'ECCB12 (European Conference in Computational Biology). Vous pensez peut-être que j'exagère un peu en disant "redescendre de mon nuage" mais j'ai vraiment eu des retours que je n'avais même pas imaginé. Pour moi, il s'agissait d'un simple "délire" de geek. Un « délire » qui a été annoncé, lors de la cérémonie du prix du meilleur poster, comme "Le poster du futur". L'idée m'est venue…
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Questions à… Jean-François Gibrat

6 décembre 2012

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par

Julien Fumey

dans Entretien

Nous lançons aujourd'hui une nouvelle rubrique sur Bioinfo-Fr.net : Questions à… C'était un projet que nous avions en tête depuis un moment, le voilà concrétisé. Dans cette rubrique, vous trouverez des interviews de chercheurs en bioinformatique mais aussi d'ingénieurs, de doctorants, de post-doctorants, de chefs d'entreprise, etc. Bref, de toutes les personnes qui font de la bioinformatique. Nous espérons que ces discussions vous seront aussi intéressantes à lire qu'elles nous ont été agréables à mener.
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J'ai lu : Apprentissage artificiel

4 décembre 2012

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par

Bunny

dans J'ai lu

Apprentissage Artificiel - Concepts et algorithmes Ouvrage d'Antoine Cornuéjols et Laurent Miclet, deuxième édition parue en 2010 aux éditions EYROLLES. Sujet Un recueil sur les différentes méthodes d'apprentissage artificiel (plus communément appelé "apprentissage machine" ou pour les anglophones "machine learning"). Résumé Les auteurs abordent, au fil des chapitres, un panel assez varié de méthodes et d'algorithmes de "machine learning". Après un petit historique de la discipline, qui se retrouve ainsi à l’interface de la cybernétique et des sciences cognitives, on attaque doucement mais sûrement les différentes façons d'appréhender l'apprentissage machine. Les méthodes sont regroupées en quatre principaux chapitres : Certains chapitres…
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Edito : du neuf, du neuf et du neuf !

29 novembre 2012

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par

Les admin·e·s

dans Editorial

Vous êtes de plus en plus nombreux à nous suivre chaque jour (en moyenne 200 visiteurs par jour) et nous vous en remercions. Lors de notre réunion de rentrée, nous avons décidé de faire de cette fin d'année une fin d'année mouvementée. Bientôt la fin du monde, on aurait tort de ne pas en profiter ! À partir d'aujourd'hui, et durant le mois de décembre plusieurs nouveautés vont apparaître : Bonne lecture et merci pour votre fidélité 🙂
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Cours de R pour débutant pressé, deuxième épisode

29 novembre 2012

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par

Aurélien C.

dans Suivez l'guide

Voici donc la suite de mon premier cours de R pour débutants pressés où nous avions vu les bases. Je vous invite à le lire si vous ne l’avez pas déjà fait. Aujourd’hui le but est de s’approcher de la biologie et de traiter d’un cas concret. Nous avons des données de différents éléments fonctionnels du génome de D. melanogaster et leurs proportions de conservation et de contrainte évolutive. Nous souhaitons représenter la proportion dans laquelle chaque élément est contraint ou pas. Pour cela, nous allons faire un graphique en barre ou barplot, avec barres d'erreurs. Ce que nous allons voir aujourd'hui peut…
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La nuit de l'info 2012

22 novembre 2012

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par

Yoann M.

dans Conférence

On vient de tomber sur cette information chez bioinfo-fr.net et on a décidé de la faire suivre au plus vite. Vous trouverez l'essentiel des renseignements sur le site officiel de la manifestation. La nuit de l'info 2012 est lancée. Le principe ? Si vous êtes étudiant et que vous avez le sens du défi (ou que vous êtes insomniaque) il vous faudra constituer une équipe, lui donner un joli nom et l'inscrire sur l'un des 28 sites répertoriés (vous avez jusqu'au 30 novembre 23h59, déjà trop tard pour Toulouse et Strasbourg qui ont déjà clôturés les inscriptions). Chaque site dispose d'un…
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Chercher des motifs dans un fichier

20 novembre 2012

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par

Nolwenn

dans Astuce

Langage : shellCommandes présentées : grep, split (succintement)Niveau : débutant Présentation de la commande grep La commande grep est disponible nativement sur la plupart des systèmes d'exploitation GNU/Linux. La plupart des utilisateurs utilisent cette commande pour rechercher un mot ou un groupe de mots, que nous appellerons motif (pattern en anglais), dans un fichier texte. Cependant cette commande ne se limite pas à du simple cas par cas.Grep recherche le motif en parcourant tout le fichier texte du début jusqu'à la fin. Ainsi, autant pour un fichier de quelques lignes, le résultat sera quasi immédiat, autant pour un fichier de plusieurs milliers de…
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Mendeley : Une solution multi-plateforme pour organiser sa bibliographie

15 novembre 2012

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par

Nisaea

dans Découverte, Opinion

Je profite de l'élan initié par max dans son excellent article, "comment organiser sa veille en bioinformatique", pour vous parler un peu d'un logiciel que j'ai découvert récemment, et qui m'a été d'une aide considérable dans mon travail bibliographique. Organiser et alimenter une veille efficace implique une recherche bibliographique régulière, donc lire, évaluer, garder ou mettre de côté des articles scientifiques. Beaucoup d'entre eux. Or, les articles se présentant sous format PDF, distribué par des sources variées et ne répondant à quasiment aucun standard à part ceux qui définissent le formalisme de rédaction et de production, on se retrouve très…
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