Auteur/autrice : Nolwenn
Ses publications :
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Jouer avec l'API de KEGG
Il n'est pas rare que nous ayons un jour besoin de récupérer des informations de la base de données KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes). Cette base de données fournit un nombre conséquent d'informations sur les génomes et les réseaux de gènes mais également sur les voies métaboliques ou les maladies. Dans ces cas…
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Team Pétanque !
L'été est enfin là et bien là, du coup nous allons en profiter pour faire notre pause annuelle de publications. Nous vous avons produit tout un tas d'articles que vous pourrez lire et re-lire sur la plage entre deux Galas, même si, disons-le tout de suite, Bioinfo-Fr est plus cool à consulter 🙂 ! Vous…
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L'équipe va se dorer la pilule !
Ça y est, nous y sommes ! La fin de l'été s'annonce, nous sommes de moins en moins nombreux dans les bureaux, c'est l'heure de partir sur les plages, ou en montagne, ou dans une contrée virtuelle. Bref, vous l'aurez compris, le blog se met en pause pour le mois d'Août 🙂 ! Mais ne vous…
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Python, dessine-moi un graphe
Derrière ce titre énigmatique, qui n'aura pas été sans vous rappeler la fameuse phrase du Petit Prince d'Antoine de Saint Exupéry, se cache un module pour Python qui dira sûrement quelque chose à nos lecteurs assidus spécialisés dans les graphes : pygraphviz ! Ce module a été créé autour de GraphViz et vous permet ainsi de faire…
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JOBIM2015, c'est reparti !
L'année dernière l'ECCB incluait les JOBIM, « soulageant » les français assistant à ces deux conférences d'un déplacement et de frais en plus. Cette année, nous reprenons nos bonnes vieilles habitudes ! Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ouvriront leurs portes à Clermont-Ferrand du Lundi 6 Juillet, au Jeudi 9 Juillet. Comme à notre habitude, nous…
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Former et se former en bioinformatique avec GOBLET !
Dans cet article, je vous présenterai un nouveau site qui peut être intéressant aussi bien pour les étudiants que pour les enseignants, voire également pour les bioinformaticiens déjà en fonction. Ici je ne vous noierai pas sous les lignes de code, mais je vous décrirai ce que le portail GOBLET vous propose en terme d'exercice.…
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Watson, un système expert en diagnostic
Le 11 Février 2013, le magazine Numérama annonçait un partenariat commercial signé aux États-Unis par l'entreprise informatique IBM. Cet article présente tout particulièrement le système expert Watson dont nous vous avions fait une brève description lors de notre compte-rendu sur l'ECCB 2012. Dans ce billet, je me propose de vous présenter rapidement Watson et les…
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Parser des fichiers HTML en Python
Langage : Python Bibliothèques : bioservices, HTMLParser, re (partiellement) Niveau : débutant-intermédiaire Dans un article précédent, je vous ai présenté le module bioservices en Python. Au cours de mon travail j'ai été amenée à récupérer des informations sur les termes Gene Ontology, et notamment sur les relations entre différents termes. Cependant, les formats de fichiers récupérés sont différents…
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Bioservices, un module Python très utile
Dans notre domaine si vaste, il existe de nombreuses bases de données (cf. Bases de données, notions par nahoy), et parmi ces bases, un certain nombre d'entre elles propose un service web pour accéder à leurs données à partir d'un script. Le problème principal qui peut nous freiner, ou nous faire peur, lorsque l'on se…