• Astuce : ajouter des options dans un script Bash avec getopt

  5 octobre 2012

  -

  par

  Nolwenn

  dans Astuce

  

  But : com­prendre le fonc­tion­ne­ment de getopt en Bash pour évi­ter la mul­ti­pli­ca­tions de script là où un seul géné­rique pour­rait suf­fire. Pré­re­quis : savoir faire des scripts Bash, connaître la sub­sti­tu­tion de com­mande et savoir mani­pu­ler les argu­ments. Dif­fi­cul­té : 2 (moyen) Pour ceux qui codent en Perl, vous connais­sez déjà sûre­ment le module GetOpt et plus […]

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• Travailler avec des bases de données publiques

  27 septembre 2012

  -

  par

  Nolwenn

  dans Découverte

  

  Dans un pré­cé­dent article, inti­tu­lé "Base de don­nées — notions" de nahoy, nous vous avons pré­sen­té ce qu'est une base de don­nées et le prin­cipe de fonc­tion­ne­ment. Si vous n'avez aucune notion en base de don­nées, ou si vous sou­hai­tez une piqûre de rap­pel, je vous invite chau­de­ment à lire cet excellent article avant de […]

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• Métagénomique et Graphique de Recrutement : chercher l'aiguille dans la botte de foin !

  19 septembre 2012

  -

  par

  NiGoPol

  dans Découverte

  

  Un inté­rêt cer­tain se déve­loppe pour la com­pré­hen­sion d'écosystèmes com­plexes comme les eaux, les sols ou encore les micro­biomes (plus de 90% des cel­lules du corps humain sont en fait les bac­té­ries qui peuplent son tube diges­tif). Plu­sieurs dif­fi­cul­tés se posent : Face à une tâche aus­si ingrate que pas­sion­nante, les cher­cheurs ont trou­vé une solu­tion […]

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• Cours de R pour débutant pressé (introduction)

  19 septembre 2012

  -

  par

  Aurélien C.

  dans Suivez l'guide

  

  Bon­jour à tous ! Aujourd’hui, je vous pro­pose un pre­mier petit cours/​tutoriel de niveau « débu­tant », d’une série d’au moins 3, pour apprendre à faire quelques gra­phiques avec R et vous la péter devant vos col­lègues encore à gra­pher sous Excel. Ce tuto­riel s’adresse aux gens qui n’ont jamais codé, qui ne connaissent pas grand-chose à la […]

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• Comment organiser sa veille en Bioinformatique ?

  14 septembre 2012

  -

  par

  max

  dans Découverte

  Libre­ment tra­duit, com­plé­té et adap­té de l’article “How to Stay Cur­rent in Bioinformatics/​Genomics” par Ste­phen Tur­ner. Ste­phen est "assis­tant pro­fes­sor" (c'est à dire pro­fes­seur non encore titu­la­ri­sé) en san­té publique, et direc­teur du bio­in­for­ma­tics core de l'Université de Vir­gi­nie, et tient le blog Get­ting Things Done in Gene­tics & Bio­in­for­ma­tics Research. Plu­sieurs per­sonnes ayant deman­dé à Ste­phen com­ment il res­tait […]

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• Une question d'équilibre

  12 septembre 2012

  -

  par

  Guillaume Collet

  dans Opinion

  

  De nom­breux articles de bio­in­for­ma­tique com­mencent par une phrase du genre : "Les mul­tiples pro­jets de séquen­çage et les pro­grès tech­no­lo­giques réa­li­sés ces der­nières années per­mettent aujourd'hui de pro­duire une énorme masse de don­nées bio­lo­giques." Cette phrase sert en géné­ral à intro­duire l'utilisation d'algorithme plus rapide, le trai­te­ment en paral­lèle des don­nées, ou leur uti­li­sa­tion mas­sive afin d'extraire de […]

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• Venez écrire avec nous !

  10 septembre 2012

  -

  par

  Yoann M.

  dans Contribuer

  

  À vos crayons, trousses et car­tables ! La ren­trée est bien là et il va fal­loir ran­ger les ser­viettes de plages et les tubes de crème solaire. Atten­tion à ne pas rame­ner du sable sur votre cla­vier, ça ris­que­rait de coin­cer… Nous vous avons pré­pa­ré pas mal de nou­veau­tés qui arri­ve­ront dans le cou­rant des mois de […]

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• L'Encyclopédie ENCODE : coup de génie ou coup de pub ?

  7 septembre 2012

  -

  par

  Malicia

  dans Découverte, Opinion

  

  Vous avez pro­ba­ble­ment enten­du le buzz du web ou remar­qué la sou­daine aug­men­ta­tion d'articles autour du pro­jet ENCODE (déco­dage du génome humain et de ses élé­ments fonc­tion­nels). En 24 heures, il y a eu une quan­ti­té invrai­sem­blable de com­mu­ni­qués de presse, billets de blogs et articles grand public dans les médias anglo­phones (et je passe […]

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