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  • Métagénomique : différences fondamentales avec la génomique

    —

    par

    Nico M.
    dans
    Métagénomique : différences fondamentales avec la génomique

    Qu'est ce que la métagénomique ?  Depuis quelques années, la méta­gé­no­mique semble s'installer de plus en plus par­mi les sciences du vivant. Bien que plu­sieurs tech­niques et modi ope­ran­di se cachent der­rière le terme "méta­gé­no­mique", on peut y appo­ser une défi­ni­tion géné­rale : la méta­gé­no­mique vise à étu­dier l'ensemble des génomes issus d'un même milieu ain­si que…

  • Récupérer la fiche d'un gène avec les Eutils du NCBI

    —

    par

    Nolwenn
    dans

    En bio­in­for­ma­tique il n'est pas rare que l'on ait besoin d’accéder à des infor­ma­tions dis­po­nibles sur des bases de don­nées inter­na­tio­nales, nous ver­rons ici le cas de la banque Gene du NCBI. Avant de s'intéresser à la récu­pé­ra­tion d'une fiche d'un gène en pas­sant par les Eutils, un peu de théo­rie et d'explications sur une fiche…

  • Edito

    —

    par

    nahoy
    dans

    Bon­jour. Après deux semaines d'existence, bioin­fo-fr donne nais­sance à une rubrique : le jour­nal-club. Cette rubrique men­suelle nous donne l'occasion de sélec­tion­ner cer­tains papiers scien­ti­fiques d'intérêt bio­in­for­ma­tique. Je vous laisse décou­vrir plus en détails le pre­mier volet. l’équipe bioin­fo-fr

  • Revue de presse : les articles de février que vous avez (peut-être) lus

    —

    par

    Malicia
    dans
    Revue de presse : les articles de février que vous avez (peut-être) lus

    Ce billet est le pre­mier de notre nou­velle rubrique Jour­nal Club (JC pour les intimes). Le JC est le moment où on parle de papiers récents proches des thé­ma­tiques de recherche des gens de l'équipe. La bio-infor­ma­tique n'échappe pas à cette tra­di­tion : étant un domaine en constante évo­lu­tion et pas­sion­nante ébul­li­tion, un tas d'études et nou­velles…

  • Transformer une sortie de Blast xml en format GenBank

    —

    par

    Aurélien C.
    dans

    Bon­jour, et bien­ve­nu dans mon pre­mier article concer­nant mon script Perl Blast2Gb​.pl. Ce der­nier illustre par­fai­te­ment ce qu'on peut faire faci­le­ment et rapi­de­ment avec un script Perl : du trai­te­ment de texte. Cet outil per­met de faci­li­ter la vie et de trans­for­mer une tâche labo­rieuse en un trai­te­ment rapide et effi­cace. En effet, qui ne s'est…

  • Edito

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    par

    nahoy
    dans

    Bon­jour. Aujourd'hui est un grand jour. Nous ouvrons le site bioin­fo-fr. Depuis quelque temps, nous for­mons une équipe éparse de bio­in­for­ma­ti­ciens fran­co­phones à tra­vers le monde. Chaque jour, nous échan­geons des idées, points de vue, par­ta­geons nos expé­riences com­munes à tra­vers cer­tains groupes de dis­cus­sions (prin­ci­pa­le­ment le chan­nel IRC #bioin­fo-fr sur Free­node où vous pou­vez nous…

  • Les langages de programmation

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    par

    Gophys
    dans
    Les langages de programmation

    Bon­jour à tous et toutes, j'ai l'honneur d'écrire l'un des tout pre­miers articles du blog Bioin­fo-fr. Étant (presque) plus pas­sion­né par l'informatique que par la bio­lo­gie, je vais vous expli­quer l'un des outils les plus impor­tants pour un bio­in­for­ma­ti­cien : la pro­gram­ma­tion. En effet, il n'existerait pas de bio­in­for­ma­tique sans infor­ma­tique et donc sans pro­gram­ma­tion. Pour…