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Comment organiser sa veille en Bioinformatique ?
Lire la suite : Comment organiser sa veille en Bioinformatique ?Librement traduit, complété et adapté de l’article “How to Stay Current in Bioinformatics/Genomics” par Stephen Turner. Stephen est "assistant professor" (c'est à dire professeur non encore titularisé) en santé publique, et directeur du bioinformatics core de l'Université de Virginie, et tient le blog Getting Things Done in Genetics & Bioinformatics Research. Plusieurs personnes ayant demandé à Stephen comment il restait […]
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Une question d'équilibre
Lire la suite : Une question d'équilibreDe nombreux articles de bioinformatique commencent par une phrase du genre : "Les multiples projets de séquençage et les progrès technologiques réalisés ces dernières années permettent aujourd'hui de produire une énorme masse de données biologiques." Cette phrase sert en général à introduire l'utilisation d'algorithme plus rapide, le traitement en parallèle des données, ou leur utilisation massive afin d'extraire de […]
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Venez écrire avec nous !
Lire la suite : Venez écrire avec nous !À vos crayons, trousses et cartables ! La rentrée est bien là et il va falloir ranger les serviettes de plages et les tubes de crème solaire. Attention à ne pas ramener du sable sur votre clavier, ça risquerait de coincer… Nous vous avons préparé pas mal de nouveautés qui arriveront dans le courant des mois de […]
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L'Encyclopédie ENCODE : coup de génie ou coup de pub ?
Lire la suite : L'Encyclopédie ENCODE : coup de génie ou coup de pub ?Vous avez probablement entendu le buzz du web ou remarqué la soudaine augmentation d'articles autour du projet ENCODE (décodage du génome humain et de ses éléments fonctionnels). En 24 heures, il y a eu une quantité invraisemblable de communiqués de presse, billets de blogs et articles grand public dans les médias anglophones (et je passe […]
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Introduction à l'analyse d'images
Lire la suite : Introduction à l'analyse d'imagesCe nouvel article a pour but de donner une brève introduction à l’analyse d’images numériques en bioinformatique. Je préfère prévenir tout de suite, je ne suis pas expert en la matière mais c’est un domaine que je trouve très intéressant et dont il est toujours utile d’avoir quelques notions, pour retoucher vos magnifiques photos de […]
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Astuce programmation BioPython : Parser les multi-genbank et les multi-FASTA produits par Batch Entrez
Lire la suite : Astuce programmation BioPython : Parser les multi-genbank et les multi-FASTA produits par Batch EntrezPrérequis : Savoir 'un peu' se servir d'un shell et avoir installé Python et son module Bio. But : Redécouper des multi-genbank ou des multi-FASTA en un fichier par entrée. Difficulté : 2/5 (Facile) Principe : Le NCBI propose un outil très pratique pour récupérer facilement des jeux de données diversifiés : BatchEntrez, vous trouverez plus d'information ici. On télécharge ainsi un […]
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Les arbres phylogénétiques : construction et interprétation
Lire la suite : Les arbres phylogénétiques : construction et interprétationAprès avoir discuté des alignements multiples (MSA), il s'avérait logique de vous présenter l'étape suivante : la construction d'arbres phylogénétiques. Je précise que je ne parlerai ici que de phylogénie moléculaire. Le but de la phylogénie est de comprendre les relations de parenté, de retracer l’historique évolutif d’un gène, d’une famille de gènes ou d’une espèce. Les […]
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