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  • CrĂ©er une documentation automatique avec Doxygen et Sphinx en CI/​CD GitLab

    —

    par

    Samuel Ortion
    dans
    CrĂ©er une documentation automatique avec Doxygen et Sphinx en CI/​CD GitLab

    Je me suis amu­sĂ© Ă  Ă©crire une mini librai­rie C++ pour l'algĂšbre linĂ©aire (matrices et vec­teurs, 
) et j'ai eu envie de gĂ©né­rer une docu­men­ta­tion Ă  par­tir du code source. Je me suis ren­sei­gnĂ© un peu et j'ai dĂ©cou­vert Doxy­gen, un outil Ă©crit en C++ qui per­met de gĂ©né­rer de la docu­men­ta­tion Ă  par­tir des


  • FrĂ©quences des dinuclĂ©otides dans le gĂ©nome d'organismes modĂšles

    —

    par

    Guillaume Devailly
    dans
    Fréquences des dinucléotides dans le génome d'organismes modÚles

    L'analyse de sĂ©quences est au cƓur de nom­breux domaines de la bio-infor­ma­tique. Le billet du jour s'intĂ©ressera aux sĂ©quences ADN, en se pro­po­sant de comp­ter la fré­quence en dinu­clĂ©o­tides dans quelques gĂ©nomes d'organismes modĂšles (avec une petite arriĂšre-pen­sĂ©e der­riĂšre la tĂȘte). Qu'est-ce qu'un dinuclĂ©otide ? L'ADN double brins est clas­si­que­ment struc­tu­rĂ© sous forme de double hĂ©lice,


  • Bioin​fo​-fr​.net dĂ©barque sur Discord

    —

    par

    Gwenaelle
    dans
    Bioin​fo​-fr​.net dĂ©barque sur Discord

    TLDR ; pour les impa­tients, c'est par lĂ  : https://​bioin​fo​-fr​.net/​d​i​s​c​ord On sait, on sait, ça fait des annĂ©es qu'on nous rĂ©pĂšte que notre IRC c'est un truc de vieux bar­bus, que plus per­sonne ne veut s'y mettre, que c'est dĂ©pas­sĂ©. On y pense depuis un moment Ă  rajou­ter ce nou­veau canal de com­mu­ni­ca­tion, mais il nous fal­lait


  • Installer Overleaf pour des documents LaTeX collaboratifs sur votre serveur

    —

    par

    Samuel Ortion
    dans
    Installer Overleaf pour des documents LaTeX collaboratifs sur votre serveur

    Over­leaf est le suc­ces­seur de Sha­re­La­TeX, il rĂ©sulte de la fusion de l'ancienne ver­sion d'Overleaf avec Sha­re­La­TeX. Il per­met d'Ă©diter des docu­ments LaTeX en col­la­bo­ra­tif [1]. L'interface se divise en trois par­ties. Un ban­deau pour navi­guer dans les fichiers du pro­jet, un Ă©di­teur de texte avec colo­ra­tion syn­taxique, et sug­ges­tion de com­mandes LaTeX au fur


  • Manipulation d'intervalles gĂ©nomiques dans R

    —

    par

    Jonathan Kitt
    dans
    Manipulation d'intervalles génomiques dans R

    Introduction Nous avons abor­dĂ©, dans le pré­cé­dent article de cette sĂ©rie, les bases de la mani­pu­la­tion d'intervalles dans R. Ce deuxiĂšme article a pour objec­tif de mon­trer com­ment mani­pu­ler des inter­valles gĂ©no­miques. Au niveau le plus basique, un inter­valle est dĂ©fi­ni par deux nombres entiers posi­tifs dĂ©li­mi­tant son dĂ©but et sa fin. Nous allons pou­voir


  • Putain, 10 ans !

    —

    par

    Gwenaelle
    dans
    Putain, 10 ans !

    Voi­lĂ  une dĂ©cen­nie que ce blog existe, et mĂȘme deux ans de plus pour le canal IRC qui Ă©tait sa genĂšse ! Ce pro­jet a Ă©tĂ© ren­du pos­sible grĂące Ă  une com­mu­nau­tĂ© d'une tren­taine d'auteurs ini­tia­le­ment moti­vĂ©s pour faire dĂ©cou­vrir la bioin­fo au monde fran­co­phone et rĂ©pondre aux ques­tions les plus fré­quentes qu'ils pou­vaient entendre. La


  • Qu'est-ce qu'un bon fichier Lisez-moi.txt

    —

    par

    Pierre Marijon
    dans
    Qu'est-ce qu'un bon fichier Lisez-moi.txt

    Vous venez de finir votre outil sur lequel vous tra­vaillez depuis 1 semaine/​1 mois/​1 an/​10 ans (rayez la men­tion inutile) qui va rĂ©vo­lu­tion­ner votre domaine. Votre code est ver­sion­nĂ©, for­ma­tĂ©, com­men­tĂ©, docu­men­tĂ©, tes­tĂ©, les rĂ©sul­tats sont Ă©va­luĂ©s selon le gold stan­dard de la dis­ci­pline sur des jeux de don­nĂ©es repré­sen­ta­tifs de la rĂ©a­li­tĂ©, votre publi­ca­tion


  • Mets ta main dans la boite

    —

    par

    Gwenaelle
    dans
    Mets ta main dans la boite

    Qu'il y a‑t-il dans la boĂźte ? Spoi­ler : ça sera beau­coup moins dou­lou­reux que dans le film, c'est une pro­messe ! 🙂 Lorsque nous pro­po­sons de venir Ă©crire sur le blog, nous avons sou­vent comme rĂ©ponse "Mais je ne sau­rais mĂȘme pas de quoi par­ler !".Pour­tant, cher lec­teur ou lec­trice, nous sommes per­sua­dĂ©s que ce que tu


  • De beaux outils pour la rentrĂ©e

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    par

    Gwenaelle
    dans

    Comme chaque annĂ©e, le blog rentre en dĂ©ca­lĂ© pour mieux se res­sour­cer ! Nos auteurs sont Ă  bloc et on espĂšre voir de nom­breux contri­bu­teurs les rejoindre pour tou­jours plus d'articles de qua­li­tĂ©. Que vous soyez Ă©tu­diant, tech­ni­cien, ingé­nieur, cher­cheur, auto­di­dacte, vous pou­vez tous venir nous par­ler de votre champ de recherche, d'une nou­veau­tĂ© lue, d'un