Résultats de recherche pour « LaTeX »
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Nextflow, pour votre prochain pipeline ?
Pour commencer Vous savez déjà tout sur les pipelines et les bonnes pratiques de développement. Vous faites bien évidemment de la recherche reproductive. Vous travaillez peut-être avec un cluster. Vous avez écrit votre propre pipeline en Bash, Python ou même en Perl qui gérait les appels à différents scripts et outils (voire même l'appel à…
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Introduction à la structure secondaire des ARN
Quand j'étais étudiante en master, la grande majorité des cours de structure étaient réservés aux protéines, ce qui fait que la structure des ARN n'a pas été très développée au cours de mon cursus. Du coup, je vous livre ici une partie de ce que j'ai appris en stage. Définition 0 : ARN L'ARN (acide ribonucléique) est…
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Champs de force, énergie potentielle et autres joyeusetés en modélisation moléculaire
Introduction Cet article, d'une très longue série, a pour but de donner plus de détails et peut-être — qui sait — vous titiller suffisamment pour enjamber la barrière physique (au sens littéral) et rejoindre le fabuleux monde d'Oz de la bioinformatique structurale. Avant de commencer, je vous conseille de prendre du papier, un crayon, un…
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JOBIM 2015 : le bilan
Les Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques version 2015, organisées par l'Université d'Auvergne, se sont déroulées au Polydôme de Clermont-Ferrand du 6 au 9 juillet. Cette conférence était l'occasion de rassembler les communautés de diverses disciplines, dont la bioinformatique, la biomathématique et les biostatistiques. Les différents thèmes abordés étaient regroupés en sessions, chacune articulée autour d'un…
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Vers une meilleure encryption des données génétiques
La démocratisation du séquençage du génome humain, ouvrant les portes de la médecine personnalisée, provoque aussi beaucoup d'inquiétudes au sujet de la protection des données. La séquence unique de l'ADN d'un individu, en effet, peut indiquer entre autres les prédispositions à des maladies, la tolérance à diverses substances, les traits potentiels de la descendance, le…
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De la procrastination dans l'R
Connaissances requises Connaissances basiques en R. Si vous ne faites pas la différence entre un test exact de Fisher et le test du Chi‑2, cela ne devrait pas poser de problème. Euh, bah c'est tout ! Introduction Si l'on s'en réfère à la définition : Un informaticien, et a fortiori un bioinformaticien, fera tout pour mettre en œuvre des…
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SARTools : l'analyse différentielle pour tous
Un article court aujourd’hui pour présenter SARTools, un outil d’analyse différentielle de données de RNA-seq. Plus qu’un outil, SARTools est plutôt un pipeline simplifié pour traiter des données d’analyses réalisées dans un plan d’expérience assez basique. En effet le cadre d’utilisation de SARTools est volontairement limité aux plans d’expérience simples, à savoir des comparaisons de…
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Le recrutement en bioinfo
Oncle Sam le dit : "I want you". Et il n'est pas le seul. En cette période de crise, le marché de la bioinfo se porte plutôt pas trop mal. Cela dit, il y a beaucoup de candidats et on peut facilement passer à coté d'une offre si on ne fait pas attention à quelques détails.…
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L'analyse de données RNA-seq : mode d'emploi
Un jour, un biologiste se pointe chez vous avec d'une part un disque dur externe dans la main, d'autre part l'air soucieux. Il veut que vous analysiez ses données RNA-seq. Le disque, c'est parce qu'il a environ 50Gb de données à vous transmettre ; l'air soucieux, c'est parce qu'elles ont coûté dans les 15'000 euros, et…