Auteur/autrice : Nisaea

Nisaea

Ingé Inria Bordeaux, je mets des conteneurs sur une baleine en espérant que ça tienne.

J'écris aussi des articles ici, quand je peux. Enfin je fais du peu que je mieux.

Ses publications :

  • Le Master de Bordeaux s'internationalise !

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    Nisaea
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    Le Master de Bordeaux s'internationalise !

    Le Mas­ter Bio­in­for­ma­tique de Bor­deaux pro­pose à pré­sent 3 par­cours, dès la ren­trée 2016–2017 : Le par­cours "Bio­lo­gie Com­pu­ta­tion­nelle" est cen­tré sur l'acquisition de com­pé­tences en déve­lop­pe­ment logi­ciel et les métho­do­lo­gies de ges­tion de don­nées incluant la modé­li­sa­tion, la simu­la­tion de pro­ces­sus et l'ana­lyse d'images bio­lo­giques. Le par­cours "Du Génome aux Eco­sys­tèmes" est foca­li­sé sur l'utilisation…

  • Formaliser ses protocoles avec Snakemake

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    Nisaea
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    Formaliser ses protocoles avec Snakemake

    Vous avez dit protocole ? Qui dit bio­lo­gie et bio­in­for­ma­tique dit pro­to­cole expé­ri­men­tal. C'est le cœur de la démarche scien­ti­fique, et un for­ma­lisme adap­té est la clef pour assu­rer la repro­duc­ti­bi­li­té des expé­riences, et ain­si garan­tir la vali­da­tion des décou­vertes par la com­mu­nau­té. En paillasse, les solu­tions pour for­ma­li­ser et conser­ver les pro­to­coles sont plu­tôt natu­rel­le­ment…

  • J'ai lu : Statistiques pour statophobes

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    Nisaea
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    J'ai lu : Statistiques pour statophobes

    Bon­jour à tous. J'aimerais par­ta­ger avec vous un ouvrage qui a chan­gé ma vie pro­fes­sion­nelle, à plu­sieurs niveaux. En lieu et place d'une intro­duc­tion, je vous offre quelques mor­ceaux choi­sis, avec les­quels mes talents de rédac­trice ne peuvent pas espé­rer lut­ter. Abs­tract : "Une intro­duc­tion au monde des tests sta­tis­tiques à l'intention des étu­diants qui n'y…

  • Lâchez vos coms !

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    Nisaea
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    Lâchez vos coms !

    Je sou­hai­te­rais par­ta­ger avec vous dans ce billet quelques petites choses qui relèvent plus de l'anecdote per­son­nelle que de l'article sérieux. J'espère que vous ne m'en vou­drez pas si je prends le risque de bais­ser un peu le niveau de ce blog, mais ça fait un moment que le sujet me trot­tait en tête. Les…

  • Mendeley : Une solution multi-plateforme pour organiser sa bibliographie

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    Nisaea
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    Mendeley : Une solution multi-plateforme pour organiser sa bibliographie

    Je pro­fite de l'élan ini­tié par max dans son excellent article, "com­ment orga­ni­ser sa veille en bio­in­for­ma­tique", pour vous par­ler un peu d'un logi­ciel que j'ai décou­vert récem­ment, et qui m'a été d'une aide consi­dé­rable dans mon tra­vail biblio­gra­phique. Orga­ni­ser et ali­men­ter une veille effi­cace implique une recherche biblio­gra­phique régu­lière, donc lire, éva­luer, gar­der ou…

  • De l'intérêt des disciplines transversales

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    Nisaea
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    De l'intérêt des disciplines transversales

    La bio­in­for­ma­tique fait par­tie de ce qu'on appelle les dis­ci­plines trans­ver­sales, ces dis­ci­plines qui forment un trait d'union entre les dis­ci­plines dites clas­siques. Avec l'avancée des nou­velles tech­no­lo­gies et l'étendues des connais­sances qu'elles per­mettent d'acquérir, il devient de plus en plus néces­saire de repen­ser les dif­fé­rents domaines scien­ti­fiques, tant leur cloi­son­ne­ment his­to­rique perd en per­ti­nence.…

  • Galaxy : Bien plus qu'un gestionnaire de workflows

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    Nisaea
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    Galaxy : Bien plus qu'un gestionnaire de workflows

    Qu'est-ce que Galaxy ? Galaxy est une appli­ca­tion web écrite en Python des­ti­née à faci­li­ter la mani­pu­la­tion et l'analyse des don­nées, dans le cadre de la recherche bio­mé­di­cale. Elle per­met d'utiliser des logi­ciels habi­tuel­le­ment exé­cu­tés en ligne de com­mande de manière gra­phique, grâce à un sys­tème de plu­gins (« outils ») en XML et de tem­plates Mako. Ces…