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Les mystérieuses cités d'or
La bioinformatique est un domaine de recherche donc, avec régulièrement de nouveaux logiciels et très souvent* votre premier contact avec ce nouveau logiciel se fait via la forge logiciel GitHub. Sur GitHub la première chose que l'utilisateur voit c'est le Readme (pour plus de détails sur ce fichier aller lire cet excellent billet de blog).…
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Bioinformatique et IA : un premier pas
Intelligence Artificielle, Machine Learning, Deep-Learning, quid du Data-Scientist Intelligence artificielle (IA), Machine learning (Apprentissage machine, pour les francophones), Deep-learning (Apprentissage profond), autant de termes si étrangers et familiers à la fois… Comment se retrouver dans cette jungle de termes techniques ? Commençons par définir ce qu'est l'IA. Base de science-fiction pour certains, source d'inquiétudes pour d'autres,…
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De bioinformaticien à data scientist, un simple pas ?
Nombreux parmi nous se retrouvent un jour en fin de master/thèse ou postdoc de bioinformatique. A ce moment là, dans les difficultés de la recherche d'emplois on vient à se demander : "Et si je postulais à toutes ces offres de data scientist ?"Dans ces lignes, je vais donner mon avis de manière libre, sur pourquoi…
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Créer une documentation automatique avec Doxygen et Sphinx en CI/CD GitLab
Je me suis amusé à écrire une mini librairie C++ pour l'algèbre linéaire (matrices et vecteurs, …) et j'ai eu envie de générer une documentation à partir du code source. Je me suis renseigné un peu et j'ai découvert Doxygen, un outil écrit en C++ qui permet de générer de la documentation à partir des…
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Fréquences des dinucléotides dans le génome d'organismes modèles
L'analyse de séquences est au cœur de nombreux domaines de la bio-informatique. Le billet du jour s'intéressera aux séquences ADN, en se proposant de compter la fréquence en dinucléotides dans quelques génomes d'organismes modèles (avec une petite arrière-pensée derrière la tête). Qu'est-ce qu'un dinucléotide ? L'ADN double brins est classiquement structuré sous forme de double hélice,…
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Bioinfo-fr.net débarque sur Discord
TLDR ; pour les impatients, c'est par là : https://bioinfo-fr.net/discord On sait, on sait, ça fait des années qu'on nous répète que notre IRC c'est un truc de vieux barbus, que plus personne ne veut s'y mettre, que c'est dépassé. On y pense depuis un moment à rajouter ce nouveau canal de communication, mais il nous fallait…
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Installer Overleaf pour des documents LaTeX collaboratifs sur votre serveur
Overleaf est le successeur de ShareLaTeX, il résulte de la fusion de l'ancienne version d'Overleaf avec ShareLaTeX. Il permet d'éditer des documents LaTeX en collaboratif [1]. L'interface se divise en trois parties. Un bandeau pour naviguer dans les fichiers du projet, un éditeur de texte avec coloration syntaxique, et suggestion de commandes LaTeX au fur…
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Manipulation d'intervalles génomiques dans R
Introduction Nous avons abordé, dans le précédent article de cette série, les bases de la manipulation d'intervalles dans R. Ce deuxième article a pour objectif de montrer comment manipuler des intervalles génomiques. Au niveau le plus basique, un intervalle est défini par deux nombres entiers positifs délimitant son début et sa fin. Nous allons pouvoir…
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Putain, 10 ans !
Voilà une décennie que ce blog existe, et même deux ans de plus pour le canal IRC qui était sa genèse ! Ce projet a été rendu possible grâce à une communauté d'une trentaine d'auteurs initialement motivés pour faire découvrir la bioinfo au monde francophone et répondre aux questions les plus fréquentes qu'ils pouvaient entendre. La…