Le blog participatif de bioinformatique francophone depuis 2012
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Reconstruction automatique de réseaux métaboliques
Le nombre de génomes séquencés croît aujourd'hui exponentiellement. Il est probable que d'ici peu de temps chacun d'entre nous puisse avoir la séquence de son propre génome pour une poignée de dollars en quelques jours seulement. On peut d'ailleurs se référer à ce récent débat vidéo, dans lequel intervient notamment le professeur Denis Duboule (généticien…
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Présentation de l'IUT Génie Biologique option Bioinformatique d'Aurillac
Voici pour cette nouvelle semaine le deuxième article sur les formations de bioinformatique en France. Je vais vous présenter l'IUT Génie Biologique option Bioinformatique d'Aurillac, rattaché à l'université d’Auvergne. Cette formation en deux ans est, à ma connaissance, la seule qui permet de commencer la bioinformatique à la sortie du lycée. Les étudiants viennent majoritairement…
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Edito
Nouvelle semaine, nouveaux articles. Cette semaine encore nous accorderons une place à l'une des formations bioinformatique disponible en France. Il s'agira de l'IUT Bioinformatique d'Aurillac. Notre reporter d'excellence devrait également nous faire un petit résumé de ce qui s'est passé à l’International Human Microbiome Congress 2012. Vous êtes maintenant de plus en plus nombreux à…
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SQL Tips : Créer une table avec le résultat d'une requête
But : Notre but dans cette exemple est de pouvoir travailler sur une copie des lignes ayant une longueur comprisent entre 10 et 400. Mais cette astuce peux aussi être utilisée pour : Créer un clone d'une table, figer les données à un instant donné, travailler sur un sous ensemble de données, simplifier un ordre sql, etc.…
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Présentation du master BIBS d'Orsay (Paris XI)
Cet article ouvre une catégorie sur les formations de bioinformatique en France (et pourquoi pas ailleurs). Je vais donc vous parler du Master que j'ai suivi : le master Bioinformatique et Biostatistiques (BIBS) d'Orsay (Paris XI) co-habilité par l’École Polytechnique. Ce master à plusieurs années mais il a sa forme actuelle pour la 2ème année consécutive.…
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JOBIM 2012 : interview exclusive des organisateurs
Tous les ans, les bioinformaticiens francophones de tout horizons sont conviés à JOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques). Nous avons profité de la proximité des deux principaux organisateurs de l'évènement de cette année pour aller les rencontrer et leur poser quelques questions… Sylvain P. : "Bonjour Pierre Peterlongo et Claire Lemaitre,…
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Edito
Bonjour à tous, Nouvelle semaine qui commence et donc nouveaux articles en prévision. Tout d'abord merci à tous pour votre intérêt. À titre d'information, nous avons dénombré quelques 1100 visiteurs uniques le jour de l'annonce sur la liste de la SFBI. Merci encore à eux pour ce fantastique moyen de diffusion. Notre objectif est donc…
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Alignements multiples : quels logiciels choisir ?
Le but de cet article est de faire gagner du temps à vous, bioinformaticiens, qui comme moi auront un jour à travailler sur ce large sujet que sont les alignements multiples (ou MSA pour Multiple Sequence Alignements). Dans le cadre de mon travail, j’ai eu à réaliser des alignements de séquences sur un nombre de séquences…