Auteur/autrice : Guillaume Collet

Guillaume Collet

Je suis actuellement en post-doc dans l'équipe DYLISS de L'IRISA à Rennes. Je travaille sur la reconstruction automatique de réseaux métaboliques. Plus particulièrement, je m'intéresse aux aspects fouille de connaissance, combinatoire, base de données en graphe. Mais dans un passé pas si lointain, je me suis aussi intéressé aux séquences de protéines, à leur alignement et à la prédiction de leur structures.

Ses publications :

  • L'indice de Jaccard, pas qu'une histoire de mailles…

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    par

    Guillaume Collet
    dans
    L'indice de Jaccard, pas qu'une histoire de mailles…

    J'ai uti­li­sé der­niè­re­ment l'indice de Jac­card pour com­pa­rer des ensembles de mots. Comme c'est une mesure assez clas­sique et plu­tôt utile, j'ai déci­dé de vous en par­ler un peu. Donc voi­ci une intro­duc­tion à l'indice de Jac­card, à ne pas confondre avec le pull Jac­quard, ce n'est pas du tout la même chose. L'indice de…

  • Les identifiants : a (name)space oddity

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    par

    Guillaume Collet
    dans
    Les identifiants : a (name)space oddity

    Sur Bioin​fo​-fr​.net, nous avons plu­sieurs fois par­lé des bases de don­nées bio­lo­giques. Que ce soit du point de vue de la ges­tion, de l'exploitation ou même du sto­ckage phy­sique. J'aimerai reve­nir aujourd'hui sur un sou­ci qui se pré­sente sou­vent lors de l'exploitation de plu­sieurs bases de don­nées : les iden­ti­fiants. Un objet bio­lo­gique dans une base…

  • Questions à… Jean-François Gibrat

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    par

    Guillaume Collet
    dans
    Questions à… Jean-François Gibrat

    Nous lan­çons aujourd'hui une nou­velle rubrique sur Bioin​fo​-Fr​.net : Ques­tions à… C'était un pro­jet que nous avions en tête depuis un moment, le voi­là concré­ti­sé. Dans cette rubrique, vous trou­ve­rez des inter­views de cher­cheurs en bio­in­for­ma­tique mais aus­si d'ingénieurs, de doc­to­rants, de post-doc­to­rants, de chefs d'entreprise, etc. Bref, de toutes les per­sonnes qui font de la bio­in­for­ma­tique. Nous…

  • Les matrices de substitution

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    par

    Guillaume Collet
    dans
    Les matrices de substitution

    Dans les pre­miers billets de ce blog, nous avons pré­sen­té les ali­gne­ments mul­tiples de séquences d'une part du point de vue des logi­ciels et ensuite du cal­cul de la conser­va­tion. Je vous pro­pose aujourd'hui de reve­nir sur un point impor­tant : les matrices de sub­sti­tu­tion. Com­men­çons par une défi­ni­tion très simple : une matrice de sub­sti­tu­tion per­met,…

  • Une question d'équilibre

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    par

    Guillaume Collet
    dans
    Une question d'équilibre

    De nom­breux articles de bio­in­for­ma­tique com­mencent par une phrase du genre : "Les mul­tiples pro­jets de séquen­çage et les pro­grès tech­no­lo­giques réa­li­sés ces der­nières années per­mettent aujourd'hui de pro­duire une énorme masse de don­nées bio­lo­giques." Cette phrase sert en géné­ral à intro­duire l'utilisation d'algorithme plus rapide, le trai­te­ment en paral­lèle des don­nées, ou leur uti­li­sa­tion mas­sive afin d'extraire de…

  • JOBIM 2012 : le bilan

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    par

    Guillaume Collet
    dans
    JOBIM 2012 : le bilan

    Les Jour­nées Ouvertes Bio­lo­gie, Infor­ma­tique et Mathé­ma­tiques (JOBIM) se sont tenues du 3 au 6 juillet 2012 à l'Université de Rennes 1 et plu­sieurs membres de Bioin­fo-Fr y par­ti­ci­paient. Nous avons donc sou­hai­té vous faire par­ta­ger cette confé­rence, d'une part sur Twit­ter via le hash­tag #JOBIM2012 mais aus­si sur notre blog. Afin de rendre la…

  • J'ai lu : Bioinformatique — Principe d'utilisation des outils

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    par

    Guillaume Collet
    dans
    J'ai lu : Bioinformatique — Principe d'utilisation des outils

    Dans l'édito du mois de mai, nous vous avons pro­mis une nou­velle rubrique J'ai lu. Et donc, le mois der­nier, j'ai lu pour vous "Bio-infor­ma­tique — Prin­cipes d'utilisation des outils" dont voi­ci la revue. Bioinformatique Principes d'utilisation des outils Ouvrage coor­don­né par Denis Tagu et Jean-Loup Ris­ler, publié en 2010 aux édi­tions Quæ dans la col­lec­tion Savoir…

  • Alignements multiples : Calculer la conservation

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    par

    Guillaume Collet
    dans
    Alignements multiples : Calculer la conservation

    Après le pre­mier billet de Yoann intro­dui­sant les logi­ciels prin­ci­paux per­met­tant de pro­duire des ali­gne­ments mul­tiples, je suis très heu­reux de conti­nuer cette série d'articles en vous par­lant du cal­cul de la conser­va­tion. Enten­dons-nous bien, je ne pré­tends pas vous don­ner la for­mule ultime per­met­tant de cal­cu­ler à coup sûr un score de conser­va­tion. De…