Fréquences des dinucléotides dans le génome d'organismes modèles
L'analyse de séquences est au cœur de nombreux domaines de la bio-informatique. Le billet du jour s'intéressera aux séquences ADN, en se proposant de compter... Lire la suite.
Pourquoi certains fichiers FASTQ finissent par 001 ?
Sur le chan IRC du blog, un de nos membres se demandait pourquoi les noms de fichiers FASTQ devait finir par _001.fastq sur la plateforme de cloud computing d'Illumina... Lire la suite.
Créer des Heatmaps à partir de grosses matrices en R
En génomique, et sans doute dans tout un tas d'autres domaines omiques ou big data, nous essayons souvent de tracer des grosses matrices sous forme d'heatmap. Par... Lire la suite.
Blagues de bioinformaticiens
Plutôt que de vous coller un poisson en papier dans le dos en ce 1er Avril 2020 (de toute façon c'est difficile avec le confinement), je vous propose plutôt une... Lire la suite.
Sept problèmes fascinants posés par les récepteurs olfactifs
Le cinquième va vous étonner ! Introduction : l'olfaction, un sens assez bien compris et compréhensible L’olfaction n'est peut-être pas le plus... Lire la suite.
Qu'est-ce qu'un site d'initiation de la transcription ?
Comment je me suis posé la question. Chez les eucaryotes, l'ADN est organisé en domaines plus ou moins compactés, avec des taux de transcription plus ou moins... Lire la suite.
Les bases de données de séquençage : GEO, SRA, ENA, ArrayExpress
De nos jours, lors de la publication de résultats, il est nécessaire de rendre public les éventuelles données de séquençage générées. Si un faible... Lire la suite.
Les éléments répétés du génome humain : aperçu rapide avec R et le tidyverse
Dans un précédent article, nous avions regardé le fichier d'annotation des gènes du génome humain d’après Gencode. J'avais utilisé pour cela la puissante... Lire la suite.
dplyr et le génome humain
Introduction Non, ne fuyez pas tout de suite, chers lecteurs, tout va s'éclaircir : dplyr, c’est plyr pour les data.frame (les tableaux de données). Attendez,... Lire la suite.
C'est l'enfeR.
Certains bio-informaticiens ne jurent que par R (j'en fais partie). Je suis amoureux de sa simplicité (sic), son élégance (re-sic), sa documentation et ses... Lire la suite.