Auteur/autrice : I. Stévant

Ses publications :

  • Bonnes fêtes de fin d'année !

    Bonnes fêtes de fin d'année !

    Chers bioin­fo-freurs et bioin­fo-freuses, nous vous sou­hai­tons de très bonne fêtes ! Que cette fin d'année soit aus­si douce et agréable qu'une bonne tasse de cho­co­lat chaud au coin du feu. De nôtre côté, nous disons au revoir avec la lar­mi­chette à l'oeil à notre co-fon­da­teur et admi­nis­tra­teur his­to­rique Yoann Mous­caz, qui part voguer sous d'autres…

  • C'est le printemps, on refait sa garde robe !

    C'est le printemps, on refait sa garde robe !

    Cela fait un an main­te­nant que la bou­tique du blog est dis­po­nible, il est temps de renou­ve­ler les modèles pour que vous puis­siez défi­ler fiè­re­ment dans la rue, dans vos labo, dans vos facs avec vos nou­veaux t‑shirts, tote bags, ou encore mugs et tapis de sou­ris. On vous pro­pose de nou­veaux modèles en plus :…

  • La transcriptomique spatiale

    La transcriptomique spatiale

    Non, on ne va pas par­tir faire du RNA-seq dans la sta­tion spa­tiale inter­na­tio­nale, ras­su­rez-vous. Je vais vous par­ler de cette (rela­ti­ve­ment) nou­velle tech­nique qui per­met en une seule expé­rience de mesu­rer l'expression des gènes et de loca­li­ser cette expres­sion dans un organe plus ou moins com­plexe. Pour faire une ana­lyse à large échelle du…

  • C'est la reprise !

    C'est la reprise !

    Les jours ral­longent et se réchauffent, nous sor­tons dou­ce­ment de la tor­peur hiver­nale pour te concoc­ter de nou­veaux articles. On ne le répé­te­ra jamais assez, Bioin­fo-fr est un blog com­mu­nau­taire, il vit grâce à la contri­bu­tion de plu­sieurs dizaines de béné­voles. Si tu es curieux et que tu veux en apprendre plus sur com­ment contri­buer,…

  • Traquer les régions ouvertes de l'ADN avec l'ATAC-seq

    Traquer les régions ouvertes de l'ADN avec l'ATAC-seq

    L'étude de la régu­la­tion de l'expression des gènes est une dis­ci­pline com­plexe qui recoupe des don­nées pro­ve­nant de divers types d'expériences. Dans un pré­cé­dent article, nous avions vu trois tech­niques de bio­lo­gie molé­cu­laire cou­plées à du séquen­çage haut débit clas­si­que­ment employées pour mettre en évi­dence les régions acces­sibles de l'ADN, et donc poten­tiel­le­ment des régions…

  • Représenter rapidement une ACP avec R et ggplot2

    Représenter rapidement une ACP avec R et ggplot2

    Je ne sais pas pour vous, mais moi, à chaque fois que j'assiste à une réunion de labo, il y a qua­si sys­té­ma­ti­que­ment un gra­phique d'ACP pour mon­trer les don­nées. Et à chaque fois, il s'agit d'un gra­phique de base, géné­ré avec R, avec la fonc­tion plot(), des cou­leurs qui piquent les yeux et des…

  • Inkscape : l'outil idéal pour vos figures et posters

    Inkscape : l'outil idéal pour vos figures et posters

    Je sais pas pour vous mais dans mon labo, le pre­mier réflexe de mes col­lègues lorsqu'il faut faire une figure ou un pos­ter c'est soit de dégai­ner la suite Ad*be, soit d'ouvrir P*werPoint. Quel est le pro­blème me direz-vous ? Outre le fait qu'ils soient très coû­teux pour le labo/l'université/l'entreprise où vous tra­vaillez, ces outils ne…

  • RNA-seq : plus de profondeur ou plus d'échantillons ?

    RNA-seq : plus de profondeur ou plus d'échantillons ?

    Lorsque l'on se lance dans l'aventure du séquen­çage haut débit de trans­crip­tome, on est ame­né à se poser LA ques­tion, oui LA, celle que l'on redoute à peu près tous quand on a un bud­get ser­ré : À quelle pro­fon­deur dois-je séquen­cer mes échan­tillons ? Toutes les publi­ca­tions s'accordent à le dire, plus on a de répli­cats,…

  • Introduction à la ligne de commande

    Introduction à la ligne de commande

    Lan­gage : Shell Niveau : Grand débu­tant Ce tuto­riel n'a ori­gi­nel­le­ment pas été écrit ni pour ce blog, ni pour des bio­in­for­ma­ti­ciens, (ni par moi), mais je pense qu'il a tout à fait sa place ici car il donne les clés pour que n'importe qui puisse se fami­lia­ri­ser avec la ligne de com­mande et sera sûre­ment très…